123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2414 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  100 
 
 		 383 aa  765    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  98.69 
 
 		 383 aa  755    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  90.38 
 
 		 358 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  72.16 
 
 		 342 aa  483  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  67.27 
 
 		 335 aa  441  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  56.82 
 
 		 371 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  60.37 
 
 		 346 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  59.09 
 
 		 366 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  58.18 
 
 		 366 aa  381  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  59.45 
 
 		 375 aa  381  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  59.08 
 
 		 332 aa  377  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  52.52 
 
 		 349 aa  374  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  51.99 
 
 		 383 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  52.62 
 
 		 362 aa  366  1e-100  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  48.68 
 
 		 347 aa  367  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  54.28 
 
 		 348 aa  364  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  51.61 
 
 		 351 aa  363  3e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  55.45 
 
 		 348 aa  359  4e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  50.62 
 
 		 340 aa  347  1e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  56.71 
 
 		 344 aa  347  2e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  57.45 
 
 		 335 aa  347  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  57.5 
 
 		 338 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  57.5 
 
 		 338 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  51.64 
 
 		 382 aa  343  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  57.19 
 
 		 338 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  52.49 
 
 		 368 aa  341  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  55.69 
 
 		 340 aa  341  1e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  56.67 
 
 		 338 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  54.27 
 
 		 383 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  53.94 
 
 		 350 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  45.9 
 
 		 332 aa  320  3e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  48.18 
 
 		 328 aa  297  2e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  46.04 
 
 		 332 aa  288  9e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  50.31 
 
 		 348 aa  278  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  47.88 
 
 		 328 aa  275  7e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  47.56 
 
 		 340 aa  275  8e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  48 
 
 		 344 aa  274  2.0000000000000002e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  48.88 
 
 		 348 aa  265  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  37.66 
 
 		 328 aa  262  6.999999999999999e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  49.06 
 
 		 349 aa  262  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  46.6 
 
 		 344 aa  259  4e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  48.88 
 
 		 356 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  45.06 
 
 		 352 aa  253  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  46.56 
 
 		 348 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  36.71 
 
 		 328 aa  252  1e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  45.29 
 
 		 337 aa  250  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  44.93 
 
 		 352 aa  250  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  44.64 
 
 		 352 aa  250  4e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  47.28 
 
 		 351 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  46.33 
 
 		 347 aa  248  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  45.38 
 
 		 365 aa  248  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  45.19 
 
 		 345 aa  248  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  44.08 
 
 		 338 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  36.31 
 
 		 328 aa  247  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  46.91 
 
 		 334 aa  244  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  46.65 
 
 		 390 aa  238  1e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.86 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  45 
 
 		 351 aa  237  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  44.07 
 
 		 336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.53 
 
 		 329 aa  233  6e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  32.31 
 
 		 330 aa  232  7.000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  43.54 
 
 		 337 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  40.56 
 
 		 355 aa  230  3e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  43.81 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  42.64 
 
 		 371 aa  226  7e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  44.52 
 
 		 337 aa  218  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  42.68 
 
 		 354 aa  207  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  36.99 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  40.07 
 
 		 357 aa  195  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.12 
 
 		 1017 aa  143  4e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  29.22 
 
 		 313 aa  138  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  33.77 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.77 
 
 		 330 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  33.44 
 
 		 330 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  31.65 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  28.61 
 
 		 319 aa  93.2  6e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  26.61 
 
 		 314 aa  85.9  0.000000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  29.45 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  28.14 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  23.58 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  23.51 
 
 		 327 aa  61.2  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  23.78 
 
 		 317 aa  58.2  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  26.85 
 
 		 339 aa  53.9  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  24.91 
 
 		 317 aa  53.1  0.000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  32.77 
 
 		 452 aa  52.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  31.71 
 
 		 793 aa  52.8  0.00001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  24.77 
 
 		 428 aa  51.2  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  23.73 
 
 		 454 aa  50.8  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  23.73 
 
 		 454 aa  50.8  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1313  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  29.41 
 
 		 432 aa  50.1  0.00007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.920627  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6526  beta-lactamase domain-containing protein  30.83 
 
 		 468 aa  49.7  0.00009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  31.85 
 
 		 337 aa  49.7  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  28.45 
 
 		 422 aa  48.9  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1967  beta-lactamase-like  29.41 
 
 		 454 aa  48.5  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166456  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  31.68 
 
 		 452 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  28.7 
 
 		 485 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  28.57 
 
 		 468 aa  48.5  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6202  beta-lactamase domain-containing protein  28.81 
 
 		 470 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1105  beta-lactamase domain-containing protein  28.85 
 
 		 454 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  29.17 
 
 		 884 aa  47  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>