129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5293 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  91.08 
 
 		 383 aa  676    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  100 
 
 		 382 aa  777    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  82.83 
 
 		 350 aa  550  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  68.31 
 
 		 348 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  69.82 
 
 		 348 aa  478  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  69.88 
 
 		 375 aa  469  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  66.39 
 
 		 371 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  68.84 
 
 		 366 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  69.73 
 
 		 366 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  68.5 
 
 		 346 aa  455  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  64.87 
 
 		 368 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  70.73 
 
 		 338 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  69.3 
 
 		 340 aa  448  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  70.48 
 
 		 335 aa  448  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  68.36 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  70.43 
 
 		 338 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  69.82 
 
 		 338 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  68.29 
 
 		 338 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  55.56 
 
 		 362 aa  386  1e-106  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  60.37 
 
 		 332 aa  381  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  50 
 
 		 383 aa  365  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  51.36 
 
 		 349 aa  355  6.999999999999999e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  54.57 
 
 		 383 aa  345  6e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  51.64 
 
 		 383 aa  345  7e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  53.03 
 
 		 358 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  53.66 
 
 		 332 aa  335  7.999999999999999e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  53.47 
 
 		 342 aa  331  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  49.08 
 
 		 340 aa  330  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  54.05 
 
 		 335 aa  328  1.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  46.18 
 
 		 332 aa  322  5e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  55.52 
 
 		 340 aa  321  9.999999999999999e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  51.52 
 
 		 328 aa  319  3.9999999999999996e-86  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  42.64 
 
 		 347 aa  318  1e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  45.92 
 
 		 351 aa  317  3e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  52.74 
 
 		 328 aa  308  1.0000000000000001e-82  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  46.88 
 
 		 348 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  48.8 
 
 		 351 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  48.2 
 
 		 348 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  45.27 
 
 		 344 aa  272  6e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  47.15 
 
 		 348 aa  272  6e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  39.87 
 
 		 328 aa  271  1e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  45.35 
 
 		 336 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  46.59 
 
 		 349 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  45.65 
 
 		 344 aa  270  4e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  37.78 
 
 		 330 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  45.79 
 
 		 336 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  45.4 
 
 		 355 aa  267  2e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  39.24 
 
 		 328 aa  264  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  38.92 
 
 		 328 aa  264  2e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  45.65 
 
 		 337 aa  263  4.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  44.21 
 
 		 334 aa  262  6.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  45.8 
 
 		 347 aa  261  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  44.73 
 
 		 356 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  45.16 
 
 		 335 aa  256  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  43.88 
 
 		 352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  43.58 
 
 		 352 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  43.28 
 
 		 352 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  43.18 
 
 		 345 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  42.09 
 
 		 338 aa  247  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  44.48 
 
 		 390 aa  246  6e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  42.99 
 
 		 337 aa  244  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  42.49 
 
 		 365 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  44.85 
 
 		 354 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  42.22 
 
 		 351 aa  239  5e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  44.12 
 
 		 329 aa  238  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  41.72 
 
 		 337 aa  226  4e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  40.31 
 
 		 371 aa  225  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  37.22 
 
 		 338 aa  216  7e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  42.86 
 
 		 357 aa  214  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.38 
 
 		 1017 aa  165  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  32.04 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  34.64 
 
 		 330 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  34.31 
 
 		 330 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  34.31 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  33.22 
 
 		 330 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  28.04 
 
 		 327 aa  91.7  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  30.57 
 
 		 315 aa  90.9  4e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.23 
 
 		 321 aa  89  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.62 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  27.94 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  25.94 
 
 		 327 aa  67.4  0.0000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  25.27 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  24.21 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  23.75 
 
 		 328 aa  56.2  0.000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  31.36 
 
 		 452 aa  55.8  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  28.14 
 
 		 328 aa  55.8  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  28.81 
 
 		 454 aa  54.7  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  28.81 
 
 		 454 aa  54.7  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0462  metallo-beta-lactamase family protein  33.65 
 
 		 589 aa  52.8  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0168  metallo-beta-lactamase family protein  35.35 
 
 		 459 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1013  metallo-beta-lactamase family protein  35.35 
 
 		 603 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1339  metallo-beta-lactamase family protein  35.35 
 
 		 472 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2742  metallo-beta-lactamase family protein  35.35 
 
 		 472 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.213611  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2599  metallo-beta-lactamase family protein  35.35 
 
 		 472 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0195  metallo-beta-lactamase family protein  35.35 
 
 		 472 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  28.9 
 
 		 337 aa  51.6  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1105  beta-lactamase domain-containing protein  24.11 
 
 		 454 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2580  beta-lactamase domain protein  29.94 
 
 		 454 aa  50.8  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3227  beta-lactamase domain-containing protein  29.94 
 
 		 454 aa  50.8  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1728  beta-lactamase domain-containing protein  25.65 
 
 		 425 aa  50.4  0.00005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.254192  decreased coverage  0.00045837 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>