133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_02275 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  100 
 
 		 347 aa  728    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  73.37 
 
 		 351 aa  523  1e-147  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  54.38 
 
 		 383 aa  401  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  49.08 
 
 		 349 aa  373  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  48.62 
 
 		 348 aa  352  5e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  49.39 
 
 		 332 aa  351  1e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  48.93 
 
 		 348 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  49.54 
 
 		 340 aa  350  2e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  48.97 
 
 		 342 aa  350  2e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  48.68 
 
 		 383 aa  348  8e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  48.68 
 
 		 383 aa  348  9e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  47.99 
 
 		 346 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  48.48 
 
 		 362 aa  346  3e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  49.09 
 
 		 358 aa  346  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  46.32 
 
 		 371 aa  340  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  47.38 
 
 		 332 aa  338  9.999999999999999e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  46.08 
 
 		 375 aa  338  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  48.81 
 
 		 338 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  45.27 
 
 		 366 aa  332  6e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  44.67 
 
 		 366 aa  331  1e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  48.93 
 
 		 338 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  49.24 
 
 		 338 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  48.93 
 
 		 338 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  47.43 
 
 		 344 aa  323  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  47.38 
 
 		 340 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  47.18 
 
 		 335 aa  314  1.9999999999999998e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  46.48 
 
 		 335 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  43.47 
 
 		 328 aa  298  1e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.05 
 
 		 350 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  40.17 
 
 		 368 aa  294  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  42.64 
 
 		 382 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  42.22 
 
 		 383 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  42.33 
 
 		 332 aa  286  4e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  44.07 
 
 		 328 aa  280  2e-74  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  38.92 
 
 		 328 aa  261  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  38.24 
 
 		 328 aa  258  8e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  41.72 
 
 		 340 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  37.93 
 
 		 328 aa  253  5.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  37.7 
 
 		 330 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  37.3 
 
 		 355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  35.53 
 
 		 348 aa  225  9e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  35.38 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  35.89 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  35.19 
 
 		 344 aa  210  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  34.15 
 
 		 348 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  35.05 
 
 		 356 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  34.46 
 
 		 349 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  38.36 
 
 		 371 aa  206  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  36.22 
 
 		 337 aa  206  6e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  35.49 
 
 		 352 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  35.98 
 
 		 390 aa  203  4e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  33.54 
 
 		 351 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  33.54 
 
 		 348 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  33.53 
 
 		 354 aa  199  6e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  34.12 
 
 		 338 aa  199  9e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  33.75 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  33.94 
 
 		 352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  33.64 
 
 		 352 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  33.64 
 
 		 336 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  33.72 
 
 		 345 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  32.42 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  33.14 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  32.72 
 
 		 336 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  33.94 
 
 		 335 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  33.14 
 
 		 351 aa  188  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  31.8 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  32.82 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  32.22 
 
 		 357 aa  178  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  31.79 
 
 		 337 aa  175  8e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  29.73 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  28.53 
 
 		 330 aa  156  6e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  28.65 
 
 		 330 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  27.93 
 
 		 330 aa  153  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.35 
 
 		 1017 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  27.42 
 
 		 313 aa  119  6e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  28.16 
 
 		 321 aa  103  5e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  28.53 
 
 		 315 aa  102  9e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  27.47 
 
 		 319 aa  98.2  2e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  26.75 
 
 		 314 aa  97.1  4e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  24.92 
 
 		 327 aa  92  1e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  25.93 
 
 		 317 aa  89  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  24.85 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5670  hypothetical protein  20.86 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0729978 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  30.89 
 
 		 422 aa  57  0.0000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  23.62 
 
 		 884 aa  55.5  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  26.96 
 
 		 452 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  21.01 
 
 		 327 aa  55.1  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  25.89 
 
 		 328 aa  53.1  0.000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  29.23 
 
 		 616 aa  52.8  0.000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  28.7 
 
 		 454 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  28.7 
 
 		 454 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  23.28 
 
 		 428 aa  49.7  0.00007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0930  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  18.82 
 
 		 410 aa  49.3  0.00009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  28.23 
 
 		 793 aa  49.3  0.00009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02710  hypothetical protein  27.74 
 
 		 773 aa  48.9  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3460  beta-lactamase domain-containing protein  28.04 
 
 		 452 aa  48.9  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.857931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2652  beta-lactamase domain-containing protein  31.19 
 
 		 453 aa  48.1  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11992  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  30.61 
 
 		 591 aa  48.1  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0096  beta-lactamase-like  21.14 
 
 		 411 aa  47.4  0.0003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.619146  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  24.32 
 
 		 468 aa  47.8  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>