212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1406 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  100 
 
 		 313 aa  655    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  37.54 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  37.95 
 
 		 349 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  36.81 
 
 		 335 aa  202  7e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  37.18 
 
 		 344 aa  202  7e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  35.06 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  36.81 
 
 		 351 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  36.3 
 
 		 348 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  34.88 
 
 		 371 aa  198  9e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  36.6 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  36.22 
 
 		 337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  34.64 
 
 		 345 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  36.79 
 
 		 337 aa  196  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  35.18 
 
 		 365 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  36.04 
 
 		 348 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  34.63 
 
 		 351 aa  193  3e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  35.14 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  36.51 
 
 		 336 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  36.16 
 
 		 356 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  35.83 
 
 		 348 aa  192  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  36.27 
 
 		 357 aa  192  8e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  35.87 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  33.44 
 
 		 352 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  33.77 
 
 		 352 aa  187  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  36.16 
 
 		 390 aa  187  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  33.77 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  35 
 
 		 354 aa  186  4e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  35.14 
 
 		 334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  32.79 
 
 		 329 aa  179  4e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  33.12 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  30.56 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  33.95 
 
 		 348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  32.8 
 
 		 346 aa  166  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  33.33 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  33.01 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  33.98 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  34.19 
 
 		 362 aa  163  3e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  32.9 
 
 		 338 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  32.41 
 
 		 328 aa  162  6e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  31.9 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  30.72 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  30.94 
 
 		 338 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  32.14 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  31.92 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  32.67 
 
 		 355 aa  159  7e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  30.52 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  32.91 
 
 		 371 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  32.03 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  31.83 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  30.97 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  31.43 
 
 		 366 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  31.72 
 
 		 382 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  31.72 
 
 		 375 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  31.43 
 
 		 366 aa  152  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  28.62 
 
 		 328 aa  149  4e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  30.36 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  31.05 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  29.84 
 
 		 328 aa  146  4.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  30.45 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  31.7 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  30.16 
 
 		 335 aa  139  4.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  29.55 
 
 		 383 aa  136  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  29.22 
 
 		 383 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  31.33 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  29.05 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  27.36 
 
 		 342 aa  129  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  29.75 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  27.92 
 
 		 358 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  27.42 
 
 		 347 aa  119  4.9999999999999996e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  27.24 
 
 		 383 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.17 
 
 		 1017 aa  113  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  29.15 
 
 		 330 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  28.57 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  28.47 
 
 		 330 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  27.36 
 
 		 330 aa  99.8  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  27.1 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  27.69 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  26.86 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  24.76 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  27.76 
 
 		 616 aa  68.6  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  24.01 
 
 		 328 aa  65.5  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  23.31 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  29.61 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  26.32 
 
 		 317 aa  63.9  0.000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  21.99 
 
 		 591 aa  63.9  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  30.51 
 
 		 884 aa  62  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  27.07 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  26.06 
 
 		 793 aa  61.6  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2652  beta-lactamase domain-containing protein  22.66 
 
 		 453 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11992  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1938  beta-lactamase domain protein  26.89 
 
 		 821 aa  59.7  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.199019  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  26.81 
 
 		 337 aa  58.5  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  24.01 
 
 		 328 aa  58.2  0.0000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1989  beta-lactamase domain-containing protein  24.26 
 
 		 422 aa  57.8  0.0000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.881158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4103  beta-lactamase-like  27.66 
 
 		 539 aa  57.8  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2486  beta-lactamase domain-containing protein  31.06 
 
 		 467 aa  56.6  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000215978 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0787  beta-lactamase domain protein  26.34 
 
 		 584 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0019  beta-lactamase-like protein  25.74 
 
 		 813 aa  56.6  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  24.51 
 
 		 454 aa  55.8  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  24.51 
 
 		 454 aa  55.8  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0768  beta-lactamase domain protein  22.63 
 
 		 451 aa  55.5  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000108746  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>