200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0750 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 356 aa  724    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  86.8 
 
 		 351 aa  610  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  84.44 
 
 		 349 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  87.92 
 
 		 348 aa  600  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  83.33 
 
 		 348 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  83.67 
 
 		 347 aa  588  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  80.86 
 
 		 390 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  70.43 
 
 		 345 aa  478  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  67.36 
 
 		 348 aa  473  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  69.18 
 
 		 365 aa  471  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  68.37 
 
 		 344 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  67.66 
 
 		 352 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  66.77 
 
 		 352 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  66.47 
 
 		 352 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  66.27 
 
 		 351 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  67.39 
 
 		 334 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  65.07 
 
 		 337 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  63.47 
 
 		 336 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  63.17 
 
 		 338 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.87 
 
 		 336 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  62.54 
 
 		 344 aa  424  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  62.09 
 
 		 335 aa  422  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.35 
 
 		 329 aa  418  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  61.38 
 
 		 337 aa  418  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  60.74 
 
 		 337 aa  393  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  61.33 
 
 		 354 aa  383  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  58.88 
 
 		 371 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  53.59 
 
 		 338 aa  373  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  59.34 
 
 		 357 aa  359  5e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  45.06 
 
 		 328 aa  276  3e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  48.18 
 
 		 375 aa  270  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  47.09 
 
 		 371 aa  268  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  44.86 
 
 		 366 aa  265  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  47.13 
 
 		 366 aa  263  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  46.56 
 
 		 332 aa  260  3e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  48.56 
 
 		 332 aa  259  7e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  45.68 
 
 		 328 aa  258  9e-68  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  43.82 
 
 		 368 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  46.13 
 
 		 346 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  46.43 
 
 		 338 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  47.19 
 
 		 340 aa  252  6e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  46.13 
 
 		 338 aa  252  7e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  47.53 
 
 		 358 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  41.79 
 
 		 362 aa  248  9e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  45.83 
 
 		 335 aa  246  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  45.65 
 
 		 338 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  43.48 
 
 		 348 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.27 
 
 		 383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  48.88 
 
 		 383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.73 
 
 		 382 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  48.88 
 
 		 383 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  43.45 
 
 		 348 aa  240  4e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  45.11 
 
 		 340 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  45.38 
 
 		 350 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  36.86 
 
 		 328 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  43.7 
 
 		 338 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  44.44 
 
 		 344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  44.85 
 
 		 335 aa  233  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  46.82 
 
 		 342 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  36.59 
 
 		 328 aa  230  3e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  35.76 
 
 		 328 aa  228  1e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  39.01 
 
 		 349 aa  223  6e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  37.61 
 
 		 340 aa  222  7e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  37.88 
 
 		 332 aa  219  6e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  37.73 
 
 		 383 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  33.55 
 
 		 330 aa  213  4.9999999999999996e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  39.88 
 
 		 351 aa  211  2e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  35.05 
 
 		 347 aa  208  1e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  36.16 
 
 		 313 aa  192  5e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  36.7 
 
 		 355 aa  192  7e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  34.49 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  34.71 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  35.35 
 
 		 330 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  35.35 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.58 
 
 		 1017 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  28.75 
 
 		 327 aa  99.8  7e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  30.09 
 
 		 319 aa  97.1  4e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  32.32 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  30.5 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  26.58 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  26.4 
 
 		 314 aa  79  0.0000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  23.73 
 
 		 591 aa  75.5  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  26.71 
 
 		 327 aa  75.5  0.000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  24.18 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  29.67 
 
 		 328 aa  74.3  0.000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  32.32 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  27.3 
 
 		 317 aa  68.9  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  31.65 
 
 		 422 aa  65.5  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0351  beta-lactamase domain-containing protein  28.88 
 
 		 472 aa  60.8  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.766684  normal  0.755187 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1600  beta-lactamase domain-containing protein  27.97 
 
 		 421 aa  60.5  0.00000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0760665 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2554  beta-lactamase domain protein  25.94 
 
 		 667 aa  60.5  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000946841  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  21.22 
 
 		 426 aa  59.7  0.00000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  26.72 
 
 		 454 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  26.72 
 
 		 454 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1539  beta-lactamase domain-containing protein  22.43 
 
 		 421 aa  58.5  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000502709 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  24.31 
 
 		 616 aa  58.2  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  28.67 
 
 		 884 aa  57.8  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0375  beta-lactamase-like protein  26.96 
 
 		 636 aa  56.6  0.0000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000359908  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  30.34 
 
 		 452 aa  56.6  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1910  beta-lactamase domain protein  25.81 
 
 		 652 aa  55.8  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000293974  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>