166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1582 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  100 
 
 		 332 aa  671    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  64.31 
 
 		 362 aa  444  1.0000000000000001e-124  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  64.05 
 
 		 375 aa  425  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  60.43 
 
 		 348 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  63.53 
 
 		 346 aa  415  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  62.31 
 
 		 366 aa  411  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  60.12 
 
 		 348 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  62.24 
 
 		 371 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  63.32 
 
 		 366 aa  411  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  65.2 
 
 		 335 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  63.92 
 
 		 344 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  62.7 
 
 		 338 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  62.69 
 
 		 340 aa  393  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  63.01 
 
 		 338 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  62.7 
 
 		 338 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  62.7 
 
 		 338 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  62.92 
 
 		 350 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  59.63 
 
 		 368 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  59.08 
 
 		 383 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  59.08 
 
 		 383 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  60.37 
 
 		 382 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  53.37 
 
 		 349 aa  374  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  59.75 
 
 		 383 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  58.36 
 
 		 342 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  58.77 
 
 		 358 aa  368  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  52.48 
 
 		 383 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  49.39 
 
 		 347 aa  367  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  51.86 
 
 		 340 aa  349  3e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  58.15 
 
 		 335 aa  347  1e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  50.3 
 
 		 351 aa  340  2e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  48.62 
 
 		 332 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  51.98 
 
 		 328 aa  336  3.9999999999999995e-91  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  52.89 
 
 		 332 aa  331  1e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  53.68 
 
 		 340 aa  309  4e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  51.98 
 
 		 328 aa  308  5.9999999999999995e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  50.45 
 
 		 348 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  47.55 
 
 		 355 aa  285  5e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  38.04 
 
 		 330 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  38.66 
 
 		 328 aa  274  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  46.32 
 
 		 344 aa  273  3e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  48.56 
 
 		 356 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  47.65 
 
 		 348 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  47.96 
 
 		 349 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  47.15 
 
 		 347 aa  267  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  37.7 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  37.7 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  47.3 
 
 		 351 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  45.97 
 
 		 352 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  43.77 
 
 		 344 aa  263  4e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  45.74 
 
 		 338 aa  262  6e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  46.33 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  44.34 
 
 		 337 aa  259  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  44.07 
 
 		 337 aa  258  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  45.07 
 
 		 352 aa  257  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  45.07 
 
 		 352 aa  256  5e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  44.48 
 
 		 365 aa  255  8e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  44.75 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  44.18 
 
 		 345 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  44.78 
 
 		 351 aa  251  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  43.89 
 
 		 329 aa  249  6e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  42.9 
 
 		 336 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  42.9 
 
 		 336 aa  248  9e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  43.53 
 
 		 337 aa  246  6e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  45.14 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  44.55 
 
 		 354 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  45.69 
 
 		 390 aa  243  3e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  39.51 
 
 		 338 aa  239  5e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  41.12 
 
 		 371 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  40.32 
 
 		 357 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  32.03 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.85 
 
 		 1017 aa  151  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  33.02 
 
 		 330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  33.02 
 
 		 330 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  33.54 
 
 		 330 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.02 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  24.77 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  29.88 
 
 		 315 aa  99.4  9e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  28.79 
 
 		 314 aa  98.6  1e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.26 
 
 		 319 aa  92.4  1e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  27.01 
 
 		 327 aa  86.3  6e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  22.93 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  24.92 
 
 		 317 aa  62  0.00000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  34.71 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  27.36 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4519  exonuclease/RNA metabolizing protein  32.76 
 
 		 452 aa  59.3  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  decreased coverage  0.00562504 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  22.08 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  25.67 
 
 		 485 aa  58.5  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  31.39 
 
 		 454 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  31.39 
 
 		 454 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2652  beta-lactamase domain-containing protein  26.56 
 
 		 453 aa  58.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11992  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  31.5 
 
 		 884 aa  57.8  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1967  beta-lactamase-like  24.39 
 
 		 454 aa  57.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.166456  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  31.06 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  30.5 
 
 		 468 aa  55.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2474  beta-lactamase-like protein  26.82 
 
 		 473 aa  53.9  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.766773  normal  0.305499 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  23.03 
 
 		 328 aa  52.8  0.000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1526  hypothetical protein  30.87 
 
 		 467 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.2328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1144  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  24.82 
 
 		 452 aa  52.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1292  beta-lactamase domain-containing protein  23.44 
 
 		 422 aa  52.4  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.358627  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0626  beta-lactamase domain-containing protein  23.44 
 
 		 422 aa  52.4  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>