More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2190 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
271 aa  541  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501419  hitchhiker  0.00965408 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.5 
 
 
270 aa  434  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.87 
 
 
271 aa  430  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.45 
 
 
270 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.608354  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.53 
 
 
268 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.16 
 
 
268 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.16 
 
 
268 aa  367  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.27 
 
 
268 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.56 
 
 
269 aa  363  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3619  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.55 
 
 
264 aa  360  1e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.13 
 
 
269 aa  344  8.999999999999999e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.6 
 
 
269 aa  342  4e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
268 aa  305  4.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.764612  normal  0.80619 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.73 
 
 
268 aa  301  6.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2048  ABC transporter, permease protein  63.4 
 
 
264 aa  296  2e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000240578 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01400  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  63.4 
 
 
264 aa  295  4e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.4 
 
 
264 aa  295  4e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0971316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01411  hypothetical protein  63.4 
 
 
264 aa  295  4e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.02 
 
 
264 aa  295  4e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1731  ABC transporter, permease protein  63.4 
 
 
264 aa  295  4e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000945918 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1527  ABC transporter, permease protein  63.4 
 
 
264 aa  295  4e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1622  ABC transporter, permease protein  63.4 
 
 
264 aa  295  5e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 
273 aa  295  6e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.138975 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.41 
 
 
278 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.722828  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
284 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
268 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.84 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 
268 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.56 
 
 
268 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
285 aa  133  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.861555  normal  0.576892 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  35.12 
 
 
260 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.02 
 
 
273 aa  125  6e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
278 aa  124  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0163082  normal  0.45751 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
279 aa  122  6e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
268 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1012  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  33.2 
 
 
262 aa  121  9e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.783092  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0922779  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  33.2 
 
 
273 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2609  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  34.5 
 
 
273 aa  120  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  34.5 
 
 
273 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
282 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  30.2 
 
 
275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.83 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  31.28 
 
 
244 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  35.15 
 
 
260 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.26 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  32.17 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  33.6 
 
 
274 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
272 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  31.97 
 
 
276 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.58 
 
 
264 aa  115  6e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  29.37 
 
 
266 aa  115  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.37 
 
 
266 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.72 
 
 
266 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  29.37 
 
 
266 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.37 
 
 
266 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.03 
 
 
294 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  33.33 
 
 
271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  31.54 
 
 
297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.97 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.97 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.97 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.97 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  31.25 
 
 
274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.97 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.97 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  29.41 
 
 
275 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  31.18 
 
 
297 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  31.54 
 
 
297 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.49 
 
 
262 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  32.89 
 
 
272 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.53 
 
 
272 aa  112  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.45 
 
 
267 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.71 
 
 
266 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.13 
 
 
296 aa  112  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  33.04 
 
 
256 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
277 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
272 aa  112  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.52 
 
 
281 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.93 
 
 
280 aa  112  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.58 
 
 
272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  33.74 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  33.74 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.48 
 
 
271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  31.15 
 
 
272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  33.61 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  33.19 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  29.78 
 
 
272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  32.26 
 
 
297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  28.35 
 
 
271 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
279 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.704911 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
289 aa  110  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.698414  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>