More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6836 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
274 aa  537  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  84.13 
 
 
273 aa  444  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.98 
 
 
272 aa  444  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  81.13 
 
 
266 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.77 
 
 
266 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.44 
 
 
271 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.215203  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.6 
 
 
271 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.977673 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  68.94 
 
 
273 aa  370  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  69.32 
 
 
273 aa  374  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  66.92 
 
 
272 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.92 
 
 
272 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70 
 
 
272 aa  361  6e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  65.27 
 
 
273 aa  360  1e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  67.3 
 
 
271 aa  352  2.9999999999999997e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  69.66 
 
 
272 aa  336  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.55 
 
 
272 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.45 
 
 
278 aa  295  6e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  62.5 
 
 
259 aa  289  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  62.5 
 
 
259 aa  289  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  58.94 
 
 
273 aa  288  6e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  63.35 
 
 
258 aa  287  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.17 
 
 
281 aa  285  4e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  59.75 
 
 
281 aa  284  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.55 
 
 
272 aa  284  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  59.75 
 
 
281 aa  284  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  63.31 
 
 
258 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.81 
 
 
260 aa  281  9e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  53.85 
 
 
271 aa  276  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.2 
 
 
281 aa  276  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  53.23 
 
 
271 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  53.23 
 
 
271 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  58.68 
 
 
272 aa  276  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  53.23 
 
 
271 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  53.23 
 
 
271 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.03 
 
 
271 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.85 
 
 
271 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.85 
 
 
271 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.65 
 
 
271 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.85 
 
 
271 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  59.51 
 
 
289 aa  273  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 
271 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.42 
 
 
281 aa  271  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.42 
 
 
281 aa  271  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.42 
 
 
281 aa  271  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.42 
 
 
281 aa  271  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  56.33 
 
 
289 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  56.33 
 
 
289 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  50.75 
 
 
271 aa  268  7e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  55.86 
 
 
281 aa  267  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.69 
 
 
269 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  55.86 
 
 
281 aa  265  5e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.93 
 
 
275 aa  265  8e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  53.53 
 
 
297 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  55.08 
 
 
281 aa  264  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  53.88 
 
 
303 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  54.29 
 
 
303 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  50.56 
 
 
272 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.42 
 
 
281 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.97 
 
 
273 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  53.53 
 
 
297 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.97 
 
 
273 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  50.97 
 
 
273 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
279 aa  262  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
279 aa  262  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  50.39 
 
 
279 aa  262  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  50 
 
 
279 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
279 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
279 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  53.16 
 
 
297 aa  261  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  57.14 
 
 
297 aa  261  6e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.55 
 
 
281 aa  261  8e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  51.31 
 
 
275 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  51.63 
 
 
279 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.96 
 
 
296 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.16 
 
 
294 aa  260  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  50.39 
 
 
309 aa  260  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.63 
 
 
279 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0349  ornithine carbamoyltransferase  51.3 
 
 
295 aa  260  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4674  putrescine ABC transporter, permease protein  57.25 
 
 
267 aa  259  4e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.65 
 
 
281 aa  259  4e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  50 
 
 
309 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50 
 
 
309 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50 
 
 
309 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1512  ornithine carbamoyltransferase  50.79 
 
 
274 aa  256  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.568163  normal  0.487271 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1345  Ornithine carbamoyltransferase  52.38 
 
 
280 aa  257  2e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.593277  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.43 
 
 
293 aa  256  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  50.77 
 
 
275 aa  255  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.19 
 
 
273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1669  ornithine carbamoyltransferase  51.19 
 
 
273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343722  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  56.02 
 
 
293 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  48.31 
 
 
272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.64 
 
 
281 aa  253  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.373208 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2785  Ornithine carbamoyltransferase  56.25 
 
 
281 aa  252  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0929  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.25 
 
 
281 aa  252  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  54.7 
 
 
270 aa  252  4.0000000000000004e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2474  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.25 
 
 
281 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.539431  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.65 
 
 
310 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.979336  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5047  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
273 aa  251  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808772  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  53.04 
 
 
313 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  51.42 
 
 
272 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>