More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4397 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  100 
 
 
260 aa  514  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  62.39 
 
 
256 aa  287  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  62.39 
 
 
256 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.89 
 
 
267 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.9 
 
 
267 aa  240  1e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  47.72 
 
 
256 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  49.55 
 
 
266 aa  231  1e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.44 
 
 
272 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  46.09 
 
 
266 aa  229  5e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  46.09 
 
 
266 aa  229  5e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  46.09 
 
 
266 aa  229  5e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  46.09 
 
 
266 aa  229  5e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  46.09 
 
 
266 aa  229  5e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  46.09 
 
 
266 aa  229  5e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  46.09 
 
 
266 aa  227  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  46.09 
 
 
266 aa  227  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  44.86 
 
 
266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  48.97 
 
 
273 aa  223  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  48.97 
 
 
273 aa  222  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  49.14 
 
 
260 aa  223  4e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  46.09 
 
 
266 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  47.23 
 
 
257 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  50.45 
 
 
272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  44.4 
 
 
254 aa  216  4e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  47.56 
 
 
273 aa  214  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  45.8 
 
 
287 aa  214  9e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  48.75 
 
 
266 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  50 
 
 
259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  50 
 
 
259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.11 
 
 
272 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  50.83 
 
 
258 aa  210  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  46.15 
 
 
271 aa  210  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  45.78 
 
 
272 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  48.21 
 
 
266 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
281 aa  207  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  41.22 
 
 
293 aa  206  2e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  47.64 
 
 
270 aa  206  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  46.72 
 
 
276 aa  206  3e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  49.79 
 
 
274 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.41 
 
 
257 aa  206  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.42 
 
 
256 aa  205  7e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.54 
 
 
273 aa  204  1e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  47.25 
 
 
262 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42 
 
 
264 aa  202  3e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  45.02 
 
 
284 aa  203  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.66 
 
 
260 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.5 
 
 
278 aa  202  7e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.7 
 
 
261 aa  201  9e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  42.32 
 
 
256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.37 
 
 
272 aa  199  3e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.93 
 
 
259 aa  199  5e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
264 aa  198  6e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0148885  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
264 aa  198  7e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  41.53 
 
 
264 aa  198  7e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  41.53 
 
 
264 aa  198  7e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
264 aa  198  7e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
264 aa  198  7e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
264 aa  198  7e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
264 aa  198  7e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
264 aa  198  7e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
264 aa  198  7e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  44.3 
 
 
288 aa  197  9e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
271 aa  197  9e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.93 
 
 
271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.977673 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.17 
 
 
256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  41.91 
 
 
256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  45.49 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
272 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.7 
 
 
262 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.93 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.215203  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  40.32 
 
 
285 aa  195  5.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1637  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.86 
 
 
268 aa  195  6e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  50 
 
 
258 aa  195  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  39.52 
 
 
286 aa  195  7e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0372  ornithine carbamoyltransferase  41.18 
 
 
261 aa  194  8.000000000000001e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  43.33 
 
 
258 aa  194  1e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  37.76 
 
 
256 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
264 aa  193  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  44.59 
 
 
256 aa  192  4e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
268 aa  192  4e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2145  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.94 
 
 
259 aa  192  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00722859 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  41.25 
 
 
271 aa  191  7e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  40.32 
 
 
279 aa  191  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.39 
 
 
277 aa  191  8e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
271 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1338  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
259 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.116682 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1323  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
259 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00883478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.5 
 
 
271 aa  190  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  40.32 
 
 
279 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  40.32 
 
 
279 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1961  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
259 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  45.08 
 
 
270 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.9 
 
 
266 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1300  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  41.53 
 
 
259 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.715844 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  42.68 
 
 
244 aa  189  2.9999999999999997e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  42.86 
 
 
303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
279 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  41.99 
 
 
303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  41.25 
 
 
271 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  41.25 
 
 
271 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>