More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1045 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
269 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.51 
 
 
268 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.08 
 
 
268 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.08 
 
 
268 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.64 
 
 
268 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.02 
 
 
268 aa  404  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.65 
 
 
268 aa  392  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.764612  normal  0.80619 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01400  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  79.01 
 
 
264 aa  384  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.01 
 
 
264 aa  384  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0971316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01411  hypothetical protein  79.01 
 
 
264 aa  384  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.63 
 
 
264 aa  384  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1527  ABC transporter, permease protein  79.01 
 
 
264 aa  384  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1622  ABC transporter, permease protein  79.01 
 
 
264 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1731  ABC transporter, permease protein  78.24 
 
 
264 aa  381  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000945918 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2048  ABC transporter, permease protein  78.24 
 
 
264 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000240578 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.26 
 
 
269 aa  342  4e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.56 
 
 
271 aa  341  7e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501419  hitchhiker  0.00965408 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.64 
 
 
269 aa  340  2e-92  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3619  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.15 
 
 
264 aa  322  3e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.91 
 
 
270 aa  321  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.53 
 
 
273 aa  320  9.999999999999999e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.138975 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.04 
 
 
271 aa  318  3.9999999999999996e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.15 
 
 
270 aa  299  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.608354  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.22 
 
 
278 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.722828  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
284 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  34.38 
 
 
266 aa  163  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  33.46 
 
 
266 aa  162  6e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.85 
 
 
266 aa  161  9e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.85 
 
 
266 aa  161  9e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.59 
 
 
266 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  33.59 
 
 
266 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  33.59 
 
 
266 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  33.59 
 
 
266 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  33.59 
 
 
266 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.59 
 
 
266 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.92 
 
 
275 aa  157  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
285 aa  154  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0922779  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2609  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
282 aa  149  6e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  37.39 
 
 
274 aa  148  7e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.4 
 
 
268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  39.58 
 
 
260 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
271 aa  145  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
285 aa  144  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.861555  normal  0.576892 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
278 aa  144  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0163082  normal  0.45751 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.55 
 
 
262 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
264 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  33.07 
 
 
281 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  37.44 
 
 
262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.08 
 
 
281 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.08 
 
 
281 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.08 
 
 
281 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
277 aa  139  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1012  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  35.74 
 
 
262 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.783092  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
272 aa  138  8.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  33.59 
 
 
275 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  33.59 
 
 
271 aa  137  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  33.73 
 
 
271 aa  137  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
271 aa  137  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  34.11 
 
 
275 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  33.59 
 
 
271 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  33.59 
 
 
271 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  33.59 
 
 
271 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  33.59 
 
 
271 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  33.86 
 
 
276 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.15 
 
 
274 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
269 aa  135  8e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
271 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  33.07 
 
 
281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  39.49 
 
 
256 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  32.68 
 
 
281 aa  132  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  39.49 
 
 
256 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
279 aa  132  6e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.704911 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
275 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  33.07 
 
 
281 aa  132  7.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  37.93 
 
 
260 aa  132  7.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  35.46 
 
 
289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.2 
 
 
273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.93 
 
 
267 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  35.18 
 
 
274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  32.27 
 
 
281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.5 
 
 
256 aa  129  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.95 
 
 
256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
281 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
267 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
289 aa  129  6e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.698414  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  32.08 
 
 
256 aa  128  9.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.92 
 
 
266 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>