More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3214 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
278 aa  545  1e-154  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.722828  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3619  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.69 
 
 
264 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.8 
 
 
268 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.22 
 
 
269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.8 
 
 
268 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.2 
 
 
269 aa  233  2.0000000000000002e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.41 
 
 
268 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.83 
 
 
269 aa  229  3e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
268 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.72 
 
 
270 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.41 
 
 
271 aa  221  9e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501419  hitchhiker  0.00965408 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.48 
 
 
271 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.02 
 
 
270 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.608354  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
273 aa  205  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.138975 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01400  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  51.54 
 
 
264 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.54 
 
 
264 aa  189  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0971316  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.65 
 
 
268 aa  189  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1527  ABC transporter, permease protein  51.54 
 
 
264 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01411  hypothetical protein  51.54 
 
 
264 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.02 
 
 
268 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.764612  normal  0.80619 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.15 
 
 
264 aa  189  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2048  ABC transporter, permease protein  51.15 
 
 
264 aa  188  7e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000240578 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1622  ABC transporter, permease protein  51.54 
 
 
264 aa  188  8e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1731  ABC transporter, permease protein  51.54 
 
 
264 aa  188  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000945918 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.45 
 
 
284 aa  179  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
279 aa  148  8e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.27 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.27 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  31.27 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  31.27 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.27 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.27 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.27 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.27 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  30.89 
 
 
266 aa  139  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
272 aa  138  7.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.82 
 
 
275 aa  136  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.91 
 
 
256 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  32.5 
 
 
266 aa  136  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.33 
 
 
254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  31.52 
 
 
256 aa  135  8e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  35.53 
 
 
289 aa  135  9e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  33.99 
 
 
260 aa  135  9e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.35 
 
 
256 aa  132  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.08 
 
 
267 aa  132  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  34.47 
 
 
276 aa  132  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.27 
 
 
266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  34.51 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
281 aa  130  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
289 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.698414  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.76 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.22 
 
 
256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  33.2 
 
 
297 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  32.81 
 
 
297 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
275 aa  128  9.000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  34.73 
 
 
297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  32.81 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0349  ornithine carbamoyltransferase  34.01 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
260 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  35.53 
 
 
273 aa  126  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.68 
 
 
264 aa  125  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  35.53 
 
 
273 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.68 
 
 
273 aa  125  7e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  36.36 
 
 
258 aa  125  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.15 
 
 
294 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  32.03 
 
 
285 aa  124  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.51 
 
 
278 aa  124  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  33.33 
 
 
289 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.96 
 
 
274 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
280 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  34.98 
 
 
262 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.93 
 
 
293 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.16 
 
 
256 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  32.93 
 
 
293 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  35.18 
 
 
274 aa  123  4e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  33.86 
 
 
274 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  34.26 
 
 
256 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  31.87 
 
 
271 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  31.87 
 
 
271 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  31.87 
 
 
271 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.71 
 
 
276 aa  122  5e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
272 aa  122  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  32.93 
 
 
289 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  31.87 
 
 
271 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
267 aa  122  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  34.66 
 
 
256 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  34.31 
 
 
272 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  31.08 
 
 
271 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
272 aa  122  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.03 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.03 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.03 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  33.33 
 
 
273 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.03 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  32.03 
 
 
264 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>