More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_01122 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
264 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  100 
 
 
264 aa  526  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  100 
 
 
264 aa  526  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
264 aa  526  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
264 aa  526  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
264 aa  526  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
264 aa  526  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
264 aa  526  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  100 
 
 
264 aa  526  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1637  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  93.28 
 
 
268 aa  461  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1961  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  96.53 
 
 
259 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1338  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  96.53 
 
 
259 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.116682 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2145  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  96.53 
 
 
259 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00722859 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1323  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  96.53 
 
 
259 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00883478 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1300  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  96.53 
 
 
259 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.715844 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1860  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  90.23 
 
 
258 aa  424  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.165984  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2145  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  90.98 
 
 
258 aa  424  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  75 
 
 
256 aa  403  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  75 
 
 
256 aa  400  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  72.27 
 
 
256 aa  397  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  75.39 
 
 
256 aa  389  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1159  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  70.36 
 
 
255 aa  337  1.9999999999999998e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000268862  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  60.47 
 
 
276 aa  311  6.999999999999999e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  64.07 
 
 
256 aa  295  6e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  58.02 
 
 
270 aa  292  4e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  52.17 
 
 
254 aa  286  2e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  51.18 
 
 
256 aa  280  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  56.1 
 
 
258 aa  278  5e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  53.15 
 
 
266 aa  276  3e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  54.1 
 
 
257 aa  275  5e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  45.42 
 
 
273 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  45.02 
 
 
273 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.22 
 
 
272 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  45.02 
 
 
273 aa  232  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  43.03 
 
 
272 aa  226  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.41 
 
 
272 aa  225  6e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  46.85 
 
 
272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  46.89 
 
 
258 aa  216  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.95 
 
 
273 aa  215  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  41.53 
 
 
260 aa  214  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
272 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  40.48 
 
 
260 aa  211  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
260 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  41.13 
 
 
266 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  44.4 
 
 
271 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  42.28 
 
 
266 aa  207  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  42 
 
 
285 aa  206  3e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  42.68 
 
 
266 aa  206  3e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  42.86 
 
 
284 aa  206  4e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  43.7 
 
 
259 aa  205  5e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  43.7 
 
 
259 aa  205  5e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.87 
 
 
266 aa  205  7e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  41.87 
 
 
266 aa  205  7e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  41.87 
 
 
266 aa  205  7e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  41.87 
 
 
266 aa  205  7e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  41.87 
 
 
266 aa  205  7e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.87 
 
 
266 aa  205  7e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  42 
 
 
286 aa  204  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.8 
 
 
278 aa  203  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
272 aa  203  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.9 
 
 
267 aa  203  3e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.87 
 
 
266 aa  202  4e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.87 
 
 
266 aa  202  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  42.74 
 
 
274 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1345  Ornithine carbamoyltransferase  42.4 
 
 
280 aa  199  5e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.593277  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  45.64 
 
 
258 aa  198  6e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
281 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.38 
 
 
281 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.38 
 
 
281 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.77 
 
 
266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  42.86 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.61 
 
 
281 aa  196  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  40.65 
 
 
256 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  40.24 
 
 
256 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
267 aa  196  5.000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.49 
 
 
262 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.28 
 
 
266 aa  195  7e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
261 aa  194  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1141  hypothetical protein  42.92 
 
 
255 aa  194  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1146  hypothetical protein  42.92 
 
 
255 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  40.78 
 
 
270 aa  191  9e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
264 aa  189  2.9999999999999997e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.04 
 
 
277 aa  189  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.11 
 
 
271 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.215203  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.04 
 
 
281 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.04 
 
 
281 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.04 
 
 
281 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
271 aa  188  7e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.977673 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2582  Ornithine carbamoyltransferase  39.59 
 
 
263 aa  188  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.36 
 
 
264 aa  188  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.04 
 
 
281 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
272 aa  187  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  40.42 
 
 
269 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  39.84 
 
 
272 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
269 aa  186  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1937  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potC)-like protein  36.43 
 
 
266 aa  187  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  36.21 
 
 
244 aa  186  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  37.36 
 
 
287 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.64 
 
 
281 aa  186  5e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
273 aa  185  5e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>