More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4861 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
293 aa  584  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  98.63 
 
 
293 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  93.13 
 
 
296 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  88.05 
 
 
297 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  88.93 
 
 
297 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  86.3 
 
 
294 aa  498  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  88.1 
 
 
297 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  88.58 
 
 
297 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0349  ornithine carbamoyltransferase  82.31 
 
 
295 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  83.79 
 
 
289 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  83.45 
 
 
289 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  78.67 
 
 
289 aa  431  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.42 
 
 
269 aa  365  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.53 
 
 
271 aa  367  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.42 
 
 
271 aa  359  4e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.53 
 
 
272 aa  357  9.999999999999999e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.17 
 
 
271 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.17 
 
 
271 aa  354  8.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.17 
 
 
271 aa  354  8.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  65.17 
 
 
271 aa  354  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  64.79 
 
 
271 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  64.79 
 
 
271 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.79 
 
 
271 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  64.79 
 
 
271 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  64.79 
 
 
271 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  62.08 
 
 
271 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.77 
 
 
275 aa  343  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.65 
 
 
281 aa  333  2e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.65 
 
 
281 aa  333  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.65 
 
 
281 aa  333  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.77 
 
 
281 aa  332  3e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.64 
 
 
281 aa  332  3e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.1 
 
 
281 aa  329  3e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.94 
 
 
281 aa  329  4e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.64 
 
 
281 aa  329  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  64.15 
 
 
275 aa  325  5e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  63.26 
 
 
275 aa  324  1e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.26 
 
 
281 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.26 
 
 
281 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.26 
 
 
281 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.26 
 
 
281 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.89 
 
 
281 aa  315  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.02 
 
 
281 aa  313  1.9999999999999998e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2785  Ornithine carbamoyltransferase  63.4 
 
 
281 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2739  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.4 
 
 
281 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.116908  normal  0.55547 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2474  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.4 
 
 
281 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.539431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0929  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.4 
 
 
281 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0885  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.4 
 
 
281 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110855  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0960  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.4 
 
 
281 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.58 
 
 
278 aa  306  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00862  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.02 
 
 
281 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00868  hypothetical protein  63.02 
 
 
281 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.4 
 
 
281 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.373208 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  53.28 
 
 
303 aa  299  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  52.55 
 
 
303 aa  299  4e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  57.42 
 
 
273 aa  298  9e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  55.02 
 
 
279 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.02 
 
 
279 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.02 
 
 
279 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  55.02 
 
 
279 aa  290  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  55.02 
 
 
279 aa  290  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  59.38 
 
 
272 aa  289  4e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.62 
 
 
279 aa  288  7e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  56.1 
 
 
309 aa  288  8e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  56.73 
 
 
313 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  51.31 
 
 
279 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1512  ornithine carbamoyltransferase  53.33 
 
 
274 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.568163  normal  0.487271 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  52.73 
 
 
273 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.73 
 
 
273 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  54.22 
 
 
279 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.73 
 
 
273 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  55.69 
 
 
309 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2306  Ornithine carbamoyltransferase  53.49 
 
 
272 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237978  normal  0.193759 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  55.69 
 
 
309 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  55.69 
 
 
309 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  51.32 
 
 
272 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  55.06 
 
 
270 aa  281  8.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  53.1 
 
 
272 aa  280  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  52.73 
 
 
272 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1669  ornithine carbamoyltransferase  52.99 
 
 
273 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343722  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.99 
 
 
273 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  58 
 
 
266 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.03 
 
 
310 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.979336  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5047  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  53.23 
 
 
273 aa  278  9e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808772  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.57 
 
 
272 aa  277  1e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  50.57 
 
 
272 aa  277  1e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  50.57 
 
 
272 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.57 
 
 
272 aa  277  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.57 
 
 
272 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.57 
 
 
272 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.57 
 
 
272 aa  277  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.07 
 
 
272 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1345  Ornithine carbamoyltransferase  52.87 
 
 
280 aa  274  1.0000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.593277  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  52.55 
 
 
272 aa  271  8.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.61 
 
 
273 aa  270  2e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  51.66 
 
 
273 aa  269  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  52.35 
 
 
272 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
272 aa  268  7e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  53.41 
 
 
273 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.96 
 
 
272 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>