More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0313 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  100 
 
 
273 aa  541  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.98 
 
 
272 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  85.98 
 
 
272 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  81.72 
 
 
273 aa  456  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  82.09 
 
 
273 aa  456  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.56 
 
 
272 aa  417  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  75.09 
 
 
271 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  75.19 
 
 
272 aa  388  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.79 
 
 
272 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  65.13 
 
 
266 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  65.27 
 
 
274 aa  348  4e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.36 
 
 
273 aa  340  1e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.12 
 
 
272 aa  335  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.52 
 
 
266 aa  332  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.93 
 
 
271 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.977673 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.22 
 
 
271 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.215203  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  64.73 
 
 
258 aa  316  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.23 
 
 
278 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  62.4 
 
 
259 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  62.4 
 
 
259 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  58.02 
 
 
273 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.17 
 
 
272 aa  303  3.0000000000000004e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  64.31 
 
 
258 aa  300  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  55.43 
 
 
271 aa  293  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  54.65 
 
 
271 aa  294  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  54.37 
 
 
279 aa  294  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.43 
 
 
271 aa  294  1e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.47 
 
 
281 aa  293  2e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.81 
 
 
271 aa  293  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.52 
 
 
281 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.52 
 
 
281 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.81 
 
 
271 aa  293  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.47 
 
 
281 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.5 
 
 
260 aa  293  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.52 
 
 
281 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.47 
 
 
281 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.81 
 
 
271 aa  293  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.52 
 
 
281 aa  292  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  55.06 
 
 
271 aa  291  6e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  55.06 
 
 
271 aa  291  6e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  55.06 
 
 
271 aa  291  6e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  55.06 
 
 
271 aa  291  6e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  54.2 
 
 
303 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  54.58 
 
 
303 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
279 aa  288  6e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  59.63 
 
 
281 aa  288  8e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  53.44 
 
 
279 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  53.44 
 
 
279 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  56.54 
 
 
270 aa  286  2.9999999999999996e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  55.93 
 
 
281 aa  286  2.9999999999999996e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.69 
 
 
271 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  57.2 
 
 
272 aa  285  5e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.52 
 
 
281 aa  285  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.88 
 
 
271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  52.53 
 
 
272 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  54.75 
 
 
309 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  52.33 
 
 
279 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  52.14 
 
 
272 aa  280  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  52.14 
 
 
272 aa  280  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.14 
 
 
272 aa  280  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.64 
 
 
269 aa  281  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.14 
 
 
272 aa  280  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.14 
 
 
272 aa  280  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.14 
 
 
272 aa  280  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.14 
 
 
272 aa  280  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  52.71 
 
 
279 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.16 
 
 
275 aa  280  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.71 
 
 
279 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.71 
 
 
279 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  52.14 
 
 
272 aa  279  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.81 
 
 
281 aa  278  7e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  56.75 
 
 
275 aa  278  9e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  55.95 
 
 
275 aa  277  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  53.61 
 
 
309 aa  276  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  53.61 
 
 
309 aa  276  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.56 
 
 
273 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  53.61 
 
 
309 aa  276  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.56 
 
 
273 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1345  Ornithine carbamoyltransferase  52.36 
 
 
280 aa  276  3e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.593277  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  50.56 
 
 
273 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.15 
 
 
281 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.373208 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2785  Ornithine carbamoyltransferase  58.15 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2474  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.15 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.539431  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.07 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.44 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0929  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.15 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0885  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.15 
 
 
281 aa  273  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110855  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0960  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.15 
 
 
281 aa  273  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2739  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.15 
 
 
281 aa  273  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.116908  normal  0.55547 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.27 
 
 
281 aa  271  7e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00862  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.78 
 
 
281 aa  271  9e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00868  hypothetical protein  57.78 
 
 
281 aa  271  9e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1512  ornithine carbamoyltransferase  52.14 
 
 
274 aa  270  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.568163  normal  0.487271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5047  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  52.02 
 
 
273 aa  268  7e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808772  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1669  ornithine carbamoyltransferase  52.14 
 
 
273 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343722  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.14 
 
 
273 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4674  putrescine ABC transporter, permease protein  56.44 
 
 
267 aa  267  1e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  53.61 
 
 
313 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  53.15 
 
 
272 aa  265  7e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2871  ornithine carbamoyltransferase  60.66 
 
 
257 aa  265  7e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.203555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>