More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1456 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
271 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.977673 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  87.92 
 
 
266 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.04 
 
 
271 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.215203  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  78.6 
 
 
274 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.02 
 
 
266 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  76.32 
 
 
273 aa  410  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.82 
 
 
272 aa  402  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  64.77 
 
 
273 aa  358  4e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  64.39 
 
 
273 aa  358  5e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.39 
 
 
272 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  63.26 
 
 
272 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  62.93 
 
 
273 aa  347  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.6 
 
 
272 aa  345  5e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  64.02 
 
 
271 aa  344  8.999999999999999e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  66.24 
 
 
272 aa  328  8e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.24 
 
 
272 aa  324  1e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  59.46 
 
 
259 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  59.46 
 
 
259 aa  296  3e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.81 
 
 
278 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  61.98 
 
 
258 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.23 
 
 
260 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  60.48 
 
 
258 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  58.85 
 
 
273 aa  280  2e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  59.45 
 
 
289 aa  279  4e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.68 
 
 
281 aa  278  9e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.26 
 
 
281 aa  276  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.26 
 
 
281 aa  276  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.92 
 
 
272 aa  274  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  56.57 
 
 
289 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.14 
 
 
271 aa  270  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.65 
 
 
271 aa  269  4e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  56.91 
 
 
289 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  58.68 
 
 
272 aa  268  7e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  49.62 
 
 
303 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  53.9 
 
 
271 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  53.9 
 
 
271 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  53.9 
 
 
271 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  53.9 
 
 
271 aa  267  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  53.53 
 
 
271 aa  266  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  49.03 
 
 
279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.67 
 
 
269 aa  266  4e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  49.62 
 
 
303 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  56.05 
 
 
271 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.33 
 
 
281 aa  265  7e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.85 
 
 
279 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.85 
 
 
279 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  49.03 
 
 
279 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.03 
 
 
279 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.53 
 
 
271 aa  264  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.41 
 
 
279 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.03 
 
 
279 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  49.42 
 
 
279 aa  263  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.09 
 
 
281 aa  263  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.53 
 
 
271 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.53 
 
 
271 aa  263  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.9 
 
 
275 aa  263  3e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  55.87 
 
 
281 aa  262  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  51.2 
 
 
272 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  55.87 
 
 
281 aa  262  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  55.87 
 
 
281 aa  262  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  51.22 
 
 
309 aa  262  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.38 
 
 
271 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.4 
 
 
273 aa  261  6e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.4 
 
 
273 aa  261  6e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0349  ornithine carbamoyltransferase  53.53 
 
 
295 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.8 
 
 
293 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  55.87 
 
 
281 aa  261  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  57.14 
 
 
297 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  49.8 
 
 
273 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.09 
 
 
281 aa  261  8.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  57.14 
 
 
297 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  57.14 
 
 
297 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.65 
 
 
296 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  57.14 
 
 
297 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.28 
 
 
281 aa  260  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.22 
 
 
294 aa  259  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  48.63 
 
 
272 aa  259  3e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  50.41 
 
 
272 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  50.41 
 
 
272 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.41 
 
 
272 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.41 
 
 
272 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.41 
 
 
272 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.41 
 
 
272 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.41 
 
 
272 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  56 
 
 
293 aa  258  7e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  51.03 
 
 
309 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  51.03 
 
 
309 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  51.03 
 
 
309 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.28 
 
 
281 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1512  ornithine carbamoyltransferase  48.81 
 
 
274 aa  255  5e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.568163  normal  0.487271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5047  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  50.21 
 
 
273 aa  255  6e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808772  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  51.25 
 
 
272 aa  254  7e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.5 
 
 
281 aa  254  8e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2306  Ornithine carbamoyltransferase  51.88 
 
 
272 aa  254  9e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237978  normal  0.193759 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  51.29 
 
 
275 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1669  ornithine carbamoyltransferase  51.05 
 
 
273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343722  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.05 
 
 
273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  53.48 
 
 
313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  50.55 
 
 
275 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.84 
 
 
310 aa  250  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.979336  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>