More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4192 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  100 
 
 
259 aa  494  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  100 
 
 
259 aa  494  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  94.92 
 
 
258 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  73.68 
 
 
258 aa  326  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2871  ornithine carbamoyltransferase  72.83 
 
 
257 aa  315  5e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.203555 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 
272 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.83 
 
 
260 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  62.4 
 
 
273 aa  311  6.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  61.39 
 
 
266 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  62.95 
 
 
272 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  62.45 
 
 
273 aa  305  4.0000000000000004e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.08 
 
 
272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  62.06 
 
 
273 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  63.25 
 
 
272 aa  296  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.62 
 
 
273 aa  290  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.14 
 
 
281 aa  287  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  62.2 
 
 
271 aa  287  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.3 
 
 
278 aa  287  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.15 
 
 
272 aa  287  1e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.87 
 
 
272 aa  287  1e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.14 
 
 
281 aa  287  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.14 
 
 
281 aa  286  2e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  53.82 
 
 
271 aa  280  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.2 
 
 
272 aa  280  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  54.96 
 
 
271 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.58 
 
 
271 aa  280  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.62 
 
 
266 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108007  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  54.96 
 
 
271 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  54.96 
 
 
271 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  54.96 
 
 
271 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.2 
 
 
271 aa  279  3e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.43 
 
 
271 aa  278  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.46 
 
 
271 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.977673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  62.5 
 
 
274 aa  278  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  54.65 
 
 
271 aa  278  8e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
275 aa  276  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.16 
 
 
271 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.215203  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.81 
 
 
271 aa  275  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
271 aa  275  4e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
271 aa  275  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.16 
 
 
281 aa  275  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.16 
 
 
281 aa  275  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.16 
 
 
281 aa  275  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.16 
 
 
281 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.69 
 
 
269 aa  273  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.94 
 
 
281 aa  272  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.16 
 
 
281 aa  269  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  57.77 
 
 
272 aa  268  7e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  56.3 
 
 
273 aa  267  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.97 
 
 
281 aa  267  1e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  55.43 
 
 
275 aa  267  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.57 
 
 
281 aa  267  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.17 
 
 
281 aa  267  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  54.26 
 
 
275 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.57 
 
 
281 aa  263  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  57.37 
 
 
281 aa  263  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2785  Ornithine carbamoyltransferase  59.36 
 
 
281 aa  259  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  59.76 
 
 
281 aa  260  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.373208 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0929  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  59.36 
 
 
281 aa  259  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2474  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  59.36 
 
 
281 aa  259  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.539431  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  58.37 
 
 
289 aa  259  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  55.12 
 
 
289 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  55.12 
 
 
289 aa  258  8e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2739  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.96 
 
 
281 aa  257  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.116908  normal  0.55547 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  52.51 
 
 
272 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.51 
 
 
272 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  52.51 
 
 
272 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.59 
 
 
294 aa  256  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.51 
 
 
272 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0960  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.96 
 
 
281 aa  257  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.51 
 
 
272 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.51 
 
 
272 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.51 
 
 
272 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0885  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.96 
 
 
281 aa  257  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110855  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00862  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  58.57 
 
 
281 aa  255  5e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  58.54 
 
 
297 aa  255  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00868  hypothetical protein  58.57 
 
 
281 aa  255  5e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  58.54 
 
 
297 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  56.25 
 
 
297 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  58.54 
 
 
297 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  55.1 
 
 
272 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.7 
 
 
296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  51.59 
 
 
272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  58.12 
 
 
270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  50.58 
 
 
303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  50.97 
 
 
303 aa  252  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  53.25 
 
 
309 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  53.25 
 
 
309 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  53.25 
 
 
309 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  50.99 
 
 
279 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  51.74 
 
 
309 aa  251  6e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.38 
 
 
279 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  51.38 
 
 
279 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.38 
 
 
279 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  53.17 
 
 
272 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  56.25 
 
 
293 aa  250  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  50.99 
 
 
279 aa  250  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.25 
 
 
293 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  50.99 
 
 
279 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  50.99 
 
 
279 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>