More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2118 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
294 aa  587  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  88.78 
 
 
297 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  88.22 
 
 
297 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  88.78 
 
 
297 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  90.31 
 
 
296 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  87.33 
 
 
293 aa  502  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  86.3 
 
 
293 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  88.22 
 
 
297 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0349  ornithine carbamoyltransferase  84.01 
 
 
295 aa  488  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  86.06 
 
 
289 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  85.71 
 
 
289 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  76.84 
 
 
289 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.9 
 
 
271 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.54 
 
 
271 aa  364  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.54 
 
 
271 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.54 
 
 
271 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.9 
 
 
271 aa  365  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.8 
 
 
272 aa  367  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  67.16 
 
 
271 aa  363  2e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.94 
 
 
269 aa  362  3e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.16 
 
 
271 aa  363  3e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  66.79 
 
 
271 aa  361  6e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  66.79 
 
 
271 aa  361  6e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  66.79 
 
 
271 aa  361  6e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  66.79 
 
 
271 aa  361  6e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  62.83 
 
 
271 aa  350  2e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.13 
 
 
275 aa  348  5e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.89 
 
 
281 aa  335  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.89 
 
 
281 aa  335  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  60.89 
 
 
281 aa  335  5e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  64.02 
 
 
281 aa  335  7e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  63.26 
 
 
281 aa  333  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  63.87 
 
 
275 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.88 
 
 
281 aa  331  1e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.99 
 
 
281 aa  329  4e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  62.27 
 
 
275 aa  328  7e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.05 
 
 
281 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.88 
 
 
281 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.88 
 
 
281 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.88 
 
 
281 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.88 
 
 
281 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.5 
 
 
281 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  62.26 
 
 
281 aa  311  7.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2785  Ornithine carbamoyltransferase  64.39 
 
 
281 aa  310  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2474  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  64.39 
 
 
281 aa  310  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.539431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0929  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  64.39 
 
 
281 aa  310  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2739  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  64.39 
 
 
281 aa  310  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.116908  normal  0.55547 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.76 
 
 
278 aa  310  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0885  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  64.39 
 
 
281 aa  310  2e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110855  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0960  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  64.39 
 
 
281 aa  310  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00862  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  64.02 
 
 
281 aa  308  5e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00868  hypothetical protein  64.02 
 
 
281 aa  308  5e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  64.39 
 
 
281 aa  308  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.373208 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  52.84 
 
 
303 aa  301  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  53.93 
 
 
303 aa  298  5e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  62.45 
 
 
273 aa  297  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  54.14 
 
 
279 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  54.14 
 
 
279 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  53.38 
 
 
279 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.38 
 
 
279 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.38 
 
 
279 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.56 
 
 
279 aa  292  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  62.14 
 
 
272 aa  289  4e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  56.85 
 
 
309 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  55.74 
 
 
279 aa  288  8e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  56.15 
 
 
279 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.8 
 
 
273 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.8 
 
 
273 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  54.8 
 
 
273 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  56.43 
 
 
309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  56.43 
 
 
309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  56.43 
 
 
309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1512  ornithine carbamoyltransferase  53.73 
 
 
274 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.568163  normal  0.487271 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  53.31 
 
 
272 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2306  Ornithine carbamoyltransferase  53.31 
 
 
272 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237978  normal  0.193759 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  57.83 
 
 
313 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  53.31 
 
 
272 aa  281  9e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1669  ornithine carbamoyltransferase  56.71 
 
 
273 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343722  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.71 
 
 
273 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  55.43 
 
 
270 aa  280  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.27 
 
 
272 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.27 
 
 
272 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  52.27 
 
 
272 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.27 
 
 
272 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  52.27 
 
 
272 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.27 
 
 
272 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  57.77 
 
 
266 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  52.27 
 
 
272 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5047  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  56.71 
 
 
273 aa  279  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808772  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  52.73 
 
 
272 aa  279  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1345  Ornithine carbamoyltransferase  54.02 
 
 
280 aa  278  6e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.593277  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.72 
 
 
310 aa  277  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.979336  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.91 
 
 
273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4674  putrescine ABC transporter, permease protein  57.69 
 
 
267 aa  273  3e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  53.03 
 
 
272 aa  270  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
272 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  57.36 
 
 
259 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  57.36 
 
 
259 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  52.21 
 
 
273 aa  269  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.26 
 
 
272 aa  268  5.9999999999999995e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>