More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3046 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
279 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  99.28 
 
 
279 aa  544  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  97.13 
 
 
279 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  97.13 
 
 
279 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  97.85 
 
 
279 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  97.8 
 
 
279 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.8 
 
 
279 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.8 
 
 
279 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  92.42 
 
 
309 aa  497  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  91.7 
 
 
309 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  91.7 
 
 
309 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  91.7 
 
 
309 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  86.74 
 
 
303 aa  484  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  87.1 
 
 
303 aa  484  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  81.11 
 
 
272 aa  441  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  79.63 
 
 
272 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  79.63 
 
 
272 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  79.63 
 
 
272 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  79.63 
 
 
272 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  79.63 
 
 
272 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  79.63 
 
 
272 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  79.63 
 
 
272 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  78.75 
 
 
273 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.12 
 
 
273 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.12 
 
 
273 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  79.57 
 
 
313 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1512  ornithine carbamoyltransferase  79.5 
 
 
274 aa  429  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.568163  normal  0.487271 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  77.7 
 
 
272 aa  427  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5047  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  79.55 
 
 
273 aa  424  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808772  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1669  ornithine carbamoyltransferase  78.99 
 
 
273 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343722  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.99 
 
 
273 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.49 
 
 
310 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.979336  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  78.65 
 
 
272 aa  418  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2306  Ornithine carbamoyltransferase  79.4 
 
 
272 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237978  normal  0.193759 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.09 
 
 
278 aa  325  6e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.65 
 
 
272 aa  318  7.999999999999999e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  55.56 
 
 
273 aa  314  9.999999999999999e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  57.31 
 
 
271 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  56.15 
 
 
271 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  56.15 
 
 
271 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  56.15 
 
 
271 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  56.15 
 
 
271 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  59.38 
 
 
272 aa  304  8.000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.54 
 
 
271 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.77 
 
 
271 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.54 
 
 
271 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.54 
 
 
271 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.17 
 
 
281 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.17 
 
 
281 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.17 
 
 
281 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1906  putrescine transport system permease protein  57.31 
 
 
288 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386242 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.14 
 
 
281 aa  300  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.61 
 
 
281 aa  299  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.61 
 
 
281 aa  299  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.61 
 
 
281 aa  299  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.61 
 
 
281 aa  299  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.87 
 
 
281 aa  297  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  57.14 
 
 
271 aa  296  3e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.45 
 
 
271 aa  295  6e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  56.92 
 
 
270 aa  293  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.24 
 
 
281 aa  292  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55 
 
 
275 aa  291  7e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.38 
 
 
271 aa  291  9e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.17 
 
 
295 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.51 
 
 
281 aa  289  3e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.09 
 
 
281 aa  289  4e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.373208 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0929  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.09 
 
 
281 aa  288  6e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2785  Ornithine carbamoyltransferase  56.09 
 
 
281 aa  288  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2474  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.09 
 
 
281 aa  288  6e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.539431  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  53.61 
 
 
273 aa  288  6e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0960  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.09 
 
 
281 aa  287  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4674  putrescine ABC transporter, permease protein  56.6 
 
 
267 aa  287  1e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.03 
 
 
281 aa  287  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2739  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.09 
 
 
281 aa  287  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.116908  normal  0.55547 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.66 
 
 
281 aa  287  1e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0885  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  56.09 
 
 
281 aa  287  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110855  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.14 
 
 
281 aa  286  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  56.15 
 
 
289 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00862  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  55.72 
 
 
281 aa  285  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00868  hypothetical protein  55.72 
 
 
281 aa  285  4e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  56.15 
 
 
289 aa  285  5e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  55.56 
 
 
289 aa  285  7e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.92 
 
 
269 aa  285  8e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  52.27 
 
 
273 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  52.81 
 
 
275 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.67 
 
 
292 aa  282  4.0000000000000003e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  51.89 
 
 
273 aa  282  5.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  54.02 
 
 
275 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  53.79 
 
 
297 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.65 
 
 
272 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  53.79 
 
 
297 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  53.03 
 
 
272 aa  280  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  55.04 
 
 
297 aa  279  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  55.42 
 
 
293 aa  279  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  53.38 
 
 
271 aa  279  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.56 
 
 
294 aa  279  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.97 
 
 
296 aa  278  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  56.85 
 
 
297 aa  278  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.32 
 
 
272 aa  275  5e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1733  ornithine carbamoyltransferase  55 
 
 
279 aa  275  6e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000310902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>