More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1906 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1906  putrescine transport system permease protein  100 
 
 
288 aa  567  1e-161  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386242 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1733  ornithine carbamoyltransferase  70.99 
 
 
279 aa  341  7e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000310902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.55 
 
 
295 aa  331  9e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  59.62 
 
 
303 aa  326  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  58.85 
 
 
303 aa  325  7e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.05 
 
 
292 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63 
 
 
277 aa  320  1.9999999999999998e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.097439  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  55.72 
 
 
279 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.82 
 
 
279 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.82 
 
 
279 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  56.82 
 
 
279 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  55.35 
 
 
279 aa  315  5e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  55.35 
 
 
279 aa  315  5e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.31 
 
 
279 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1512  ornithine carbamoyltransferase  56.47 
 
 
274 aa  311  1e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.568163  normal  0.487271 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  56.92 
 
 
279 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
273 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
273 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  56.25 
 
 
273 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  57.03 
 
 
272 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  57.03 
 
 
272 aa  308  5e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  57.03 
 
 
272 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  57.03 
 
 
272 aa  308  5e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  57.03 
 
 
272 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  57.03 
 
 
272 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  57.03 
 
 
272 aa  308  5e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  58.11 
 
 
309 aa  308  8e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  56.65 
 
 
272 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  58.11 
 
 
309 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  58.11 
 
 
309 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  58.11 
 
 
309 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1669  ornithine carbamoyltransferase  56.52 
 
 
273 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343722  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.52 
 
 
273 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2306  Ornithine carbamoyltransferase  57.2 
 
 
272 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237978  normal  0.193759 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  56.42 
 
 
272 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5047  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  56.05 
 
 
273 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808772  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  58.91 
 
 
313 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  54.69 
 
 
272 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.87 
 
 
286 aa  298  5e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163733  normal  0.0234889 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.98 
 
 
310 aa  295  9e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.979336  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  56.3 
 
 
273 aa  292  5e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.09 
 
 
286 aa  290  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181916  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
278 aa  287  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.27 
 
 
272 aa  284  9e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.26 
 
 
281 aa  282  6.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.26 
 
 
281 aa  281  6.000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.26 
 
 
281 aa  282  6.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1345  Ornithine carbamoyltransferase  49.81 
 
 
280 aa  276  4e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.593277  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50.95 
 
 
281 aa  272  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  54.96 
 
 
281 aa  271  7e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  52.76 
 
 
273 aa  270  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.43 
 
 
271 aa  270  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  53.51 
 
 
289 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.05 
 
 
281 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.05 
 
 
281 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  52.85 
 
 
273 aa  269  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.05 
 
 
281 aa  269  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  52.01 
 
 
297 aa  269  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.87 
 
 
281 aa  269  5e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.05 
 
 
281 aa  268  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  53.51 
 
 
289 aa  268  8e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.49 
 
 
281 aa  267  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  52.47 
 
 
273 aa  267  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  51.57 
 
 
271 aa  267  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0349  ornithine carbamoyltransferase  52.63 
 
 
295 aa  267  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  49.06 
 
 
271 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  49.06 
 
 
271 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  49.06 
 
 
271 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  49.06 
 
 
271 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  51.65 
 
 
297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.76 
 
 
272 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.71 
 
 
281 aa  266  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.83 
 
 
296 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  53.38 
 
 
289 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  51.65 
 
 
297 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  52.36 
 
 
272 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.79 
 
 
271 aa  265  8e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.79 
 
 
271 aa  265  8e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.7 
 
 
293 aa  264  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.79 
 
 
271 aa  264  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  51.7 
 
 
293 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.67 
 
 
281 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.96 
 
 
271 aa  263  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.03 
 
 
271 aa  263  3e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  49.23 
 
 
271 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.96 
 
 
272 aa  262  4.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.87 
 
 
294 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  52.73 
 
 
272 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  51.72 
 
 
281 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.24 
 
 
275 aa  260  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  51.18 
 
 
270 aa  260  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00862  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  53.05 
 
 
281 aa  258  9e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00868  hypothetical protein  53.05 
 
 
281 aa  258  9e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  51.65 
 
 
297 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00456  putrescine transport protein; permease  52.8 
 
 
253 aa  256  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.033567  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.81 
 
 
272 aa  257  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2739  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.67 
 
 
281 aa  256  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.116908  normal  0.55547 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0960  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.67 
 
 
281 aa  256  4e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0885  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  52.67 
 
 
281 aa  256  4e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110855  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2785  Ornithine carbamoyltransferase  52.67 
 
 
281 aa  255  5e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>