More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0355 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
286 aa  566  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181916  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.33 
 
 
286 aa  481  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163733  normal  0.0234889 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.48 
 
 
292 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1906  putrescine transport system permease protein  56.09 
 
 
288 aa  292  3e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386242 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.99 
 
 
295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.14 
 
 
277 aa  282  4.0000000000000003e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.097439  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  49.45 
 
 
303 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  49.45 
 
 
303 aa  279  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
279 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  49.24 
 
 
279 aa  266  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  49.81 
 
 
279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  49.81 
 
 
279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  50.78 
 
 
279 aa  265  4e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.78 
 
 
279 aa  265  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.78 
 
 
279 aa  265  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  50.39 
 
 
279 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1733  ornithine carbamoyltransferase  54.78 
 
 
279 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000310902 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2279  putrescine ABC transporter, permease protein  49.44 
 
 
272 aa  260  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2175  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  48.7 
 
 
272 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.661225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1298  putrescine ABC transporter, permease protein  48.7 
 
 
272 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2307  putrescine transport system permease protein  48.7 
 
 
272 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1785  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  48.7 
 
 
272 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0110  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  48.7 
 
 
272 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1055  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  48.7 
 
 
272 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.464145  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  48.7 
 
 
272 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.2 
 
 
309 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  50.2 
 
 
309 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  50.2 
 
 
309 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
273 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
273 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  49.26 
 
 
273 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
272 aa  256  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.48 
 
 
278 aa  255  6e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  49.4 
 
 
309 aa  255  7e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.72 
 
 
313 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1512  ornithine carbamoyltransferase  48.71 
 
 
274 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.568163  normal  0.487271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5047  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  49.24 
 
 
273 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808772  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1669  ornithine carbamoyltransferase  50 
 
 
273 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.343722  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
273 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
310 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.979336  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  48.11 
 
 
272 aa  248  6e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  47.23 
 
 
271 aa  248  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.57 
 
 
281 aa  247  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.57 
 
 
281 aa  247  1e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.57 
 
 
281 aa  247  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2306  Ornithine carbamoyltransferase  49.24 
 
 
272 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.237978  normal  0.193759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
271 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  47.64 
 
 
271 aa  245  8e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1953  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  48.48 
 
 
272 aa  244  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  46.86 
 
 
271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  46.86 
 
 
271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  46.86 
 
 
271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  47.74 
 
 
281 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  46.86 
 
 
271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
271 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  48.05 
 
 
273 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
271 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.97 
 
 
271 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
271 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  49.07 
 
 
273 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.41 
 
 
269 aa  242  5e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.62 
 
 
281 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.62 
 
 
281 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.62 
 
 
281 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  49.62 
 
 
281 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  49.06 
 
 
273 aa  240  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  49.24 
 
 
273 aa  240  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  49.8 
 
 
272 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  49.22 
 
 
272 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.22 
 
 
272 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.63 
 
 
275 aa  236  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  48.5 
 
 
281 aa  236  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  47.45 
 
 
270 aa  236  4e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.8 
 
 
272 aa  235  6e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.11 
 
 
271 aa  235  6e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0917  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50 
 
 
281 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  47.92 
 
 
297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  46.79 
 
 
281 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  47.55 
 
 
297 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  48.61 
 
 
275 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  47.97 
 
 
271 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  49.08 
 
 
272 aa  232  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  48.24 
 
 
266 aa  231  9e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  47.17 
 
 
297 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  47.81 
 
 
275 aa  231  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2383  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  46.79 
 
 
281 aa  230  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  48.16 
 
 
289 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  48.77 
 
 
289 aa  229  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  46.92 
 
 
281 aa  229  4e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  45.49 
 
 
281 aa  229  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1013  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50.38 
 
 
281 aa  228  6e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.373208 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.86 
 
 
273 aa  228  7e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  48.62 
 
 
297 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  48.16 
 
 
289 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00862  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50 
 
 
281 aa  226  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2785  Ornithine carbamoyltransferase  50 
 
 
281 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00868  hypothetical protein  50 
 
 
281 aa  226  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
272 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.17 
 
 
294 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2474  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  50.19 
 
 
281 aa  225  7e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.539431  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>