More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1482 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
268 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.63 
 
 
268 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.39 
 
 
268 aa  520  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.78 
 
 
268 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  91.08 
 
 
269 aa  494  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.6 
 
 
268 aa  390  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.61 
 
 
268 aa  387  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.764612  normal  0.80619 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01400  predicted spermidine/putrescine transporter subunit  79.77 
 
 
264 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.77 
 
 
264 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0971316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01411  hypothetical protein  79.77 
 
 
264 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1527  ABC transporter, permease protein  79.77 
 
 
264 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.39 
 
 
264 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1731  ABC transporter, permease protein  79.39 
 
 
264 aa  381  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000945918 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1622  ABC transporter, permease protein  79.77 
 
 
264 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2048  ABC transporter, permease protein  79.01 
 
 
264 aa  379  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000240578 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.77 
 
 
269 aa  345  5e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.16 
 
 
271 aa  345  5e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.501419  hitchhiker  0.00965408 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.26 
 
 
269 aa  343  2e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.88 
 
 
270 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.42 
 
 
271 aa  323  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.05 
 
 
273 aa  323  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.138975 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3619  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.98 
 
 
264 aa  318  5e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.646005 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.5 
 
 
270 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.608354  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.8 
 
 
278 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.722828  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
284 aa  171  7.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
285 aa  155  8e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  32.55 
 
 
266 aa  153  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
285 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0922779  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
285 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2609  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
285 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.15 
 
 
275 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 
266 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 
266 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.16 
 
 
266 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.16 
 
 
266 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.16 
 
 
266 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.16 
 
 
266 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 
266 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 
266 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  31.37 
 
 
266 aa  149  6e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  36.13 
 
 
274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0163082  normal  0.45751 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
282 aa  145  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
285 aa  145  8.000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.861555  normal  0.576892 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  39.09 
 
 
262 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.77 
 
 
275 aa  142  8e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.5 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  35.29 
 
 
275 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.72 
 
 
268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.76 
 
 
266 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  37.5 
 
 
260 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
271 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  33.73 
 
 
271 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1012  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.55 
 
 
262 aa  138  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.783092  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.15 
 
 
262 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
272 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  33.59 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  32.81 
 
 
271 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
271 aa  133  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
271 aa  131  9e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  32.42 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  32.42 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  32.42 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  32.42 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  34.25 
 
 
297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  33.86 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  33.86 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  33.07 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  36.25 
 
 
289 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  38.97 
 
 
256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
281 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  38.97 
 
 
256 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
279 aa  129  6e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  33.46 
 
 
293 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.46 
 
 
293 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
279 aa  129  7.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.704911 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
289 aa  128  8.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.698414  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.46 
 
 
296 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  37.19 
 
 
259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 
269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  37.19 
 
 
259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  35.96 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.2 
 
 
273 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.95 
 
 
267 aa  126  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.96 
 
 
256 aa  127  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  34.41 
 
 
297 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  30.96 
 
 
256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  33.76 
 
 
281 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  33.76 
 
 
281 aa  125  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  33.76 
 
 
281 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
267 aa  126  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  34.78 
 
 
274 aa  125  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  36.33 
 
 
266 aa  125  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>