60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0256 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_3765  OmpA domain-containing protein  100 
 
 		 185 aa  367  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.301478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0256  OmpA domain-containing protein  100 
 
 		 185 aa  367  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.000341741 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4473  outer membrane protein, putative  87.77 
 
 		 188 aa  325  3e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0265  OmpA domain-containing protein  83.24 
 
 		 186 aa  293  9e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0260  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  71.12 
 
 		 187 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000333617 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3630  OmpA domain-containing protein  59.89 
 
 		 184 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00254639  hitchhiker  0.00108702 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1909  OmpA domain-containing protein  55.38 
 
 		 184 aa  211  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0905316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0257  outer membrane protein, putative  87.6 
 
 		 137 aa  209  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0239703  hitchhiker  0.00000101201 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3429  outer membrane protein, putative  62.21 
 
 		 189 aa  199  3e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382375  normal  0.359463 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3376  OmpA domain-containing protein  35.14 
 
 		 177 aa  106  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0300762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4843  OmpA domain-containing protein  37.04 
 
 		 182 aa  105  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4451  outer membrane protein, putative  35.15 
 
 		 182 aa  105  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2691  OmpA domain-containing protein  33.51 
 
 		 176 aa  102  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000018652  normal  0.171772 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0596  OmpA domain-containing protein  29.32 
 
 		 190 aa  93.6  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0623  OmpA domain-containing protein  29.32 
 
 		 190 aa  93.6  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0628  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29.32 
 
 		 190 aa  92  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3428  outer membrane protein, putative  33.33 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01464  putative outer membrane protein A  29.59 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3691  OmpA domain-containing protein  26.67 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000691  putative outer membrane protein  29.28 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2228  OmpA-like transmembrane region  28.72 
 
 		 193 aa  53.9  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0553  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29.1 
 
 		 192 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0523  OmpA domain-containing protein  29.1 
 
 		 192 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2253  OmpA/MotB domain protein  28.57 
 
 		 373 aa  52.8  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.133607  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01273  hypothetical protein  31.48 
 
 		 318 aa  52  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0548  OmpA domain-containing protein  29.69 
 
 		 192 aa  51.6  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04892  hypothetical protein  31.14 
 
 		 321 aa  50.1  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0734  OmpA domain-containing protein  29.46 
 
 		 191 aa  49.7  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0604  OmpA domain-containing protein  25.53 
 
 		 192 aa  49.3  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.303363  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2453  OmpA-like transmembrane region  29.31 
 
 		 179 aa  48.9  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.19486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  33.33 
 
 		 211 aa  48.5  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  31.58 
 
 		 211 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06262  hypothetical protein  29.89 
 
 		 334 aa  46.6  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1805  outer membrane protein OmpA  26.96 
 
 		 321 aa  45.8  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1882  OmpA/MotB  24.65 
 
 		 387 aa  45.8  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0874277  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  39.13 
 
 		 229 aa  45.8  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3182  outer membrane protein, putative  31.25 
 
 		 196 aa  45.8  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004183  outer membrane protein A precursor  32.76 
 
 		 320 aa  45.4  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000755  outer membrane protein A precursor  28.28 
 
 		 326 aa  43.9  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000475354  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2129  OmpA family protein  29.71 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.424056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3870  OmpA domain-containing protein  31.61 
 
 		 189 aa  44.3  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.5346  normal  0.416173 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1071  outer membrane protein A  25.98 
 
 		 350 aa  43.5  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000033965  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000499  outer membrane protein A precursor  26.55 
 
 		 330 aa  43.1  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000000410155  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4651  putative outer membrane protein  32 
 
 		 175 aa  43.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0980959  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003546  hypothetical protein  28.4 
 
 		 171 aa  43.1  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1819  outer membrane protein A  25.71 
 
 		 367 aa  43.5  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00533384  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  28.39 
 
 		 216 aa  43.5  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2739  putative outer membrane protein  23.39 
 
 		 200 aa  42.7  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000665656  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  27.91 
 
 		 225 aa  42.4  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2733  OmpA/MotB  34.12 
 
 		 377 aa  42.7  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  29.08 
 
 		 250 aa  42.7  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1145  outer membrane protein A  25.49 
 
 		 369 aa  42.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00470585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1028  outer membrane protein A  26.09 
 
 		 371 aa  42.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000286695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1133  outer membrane protein A  25.49 
 
 		 369 aa  42.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000533703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1469  outer membrane protein A  23.88 
 
 		 351 aa  42  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000845833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1179  outer membrane protein A  25.49 
 
 		 358 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000188951  normal  0.637141 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1111  outer membrane protein A  25.49 
 
 		 358 aa  41.6  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000109909  hitchhiker  0.00334653 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2163  outer membrane protein A  25.98 
 
 		 358 aa  41.6  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195857  normal  0.269234 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1303  hypothetical protein  29.19 
 
 		 185 aa  40.8  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.13528  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3022  putative outer membrane protein  22.84 
 
 		 170 aa  41.2  0.01  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>