52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3630 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3630  OmpA domain-containing protein  100 
 
 		 184 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00254639  hitchhiker  0.00108702 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1909  OmpA domain-containing protein  78.8 
 
 		 184 aa  296  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0905316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0256  OmpA domain-containing protein  59.89 
 
 		 185 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.000341741 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3765  OmpA domain-containing protein  59.89 
 
 		 185 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.301478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4473  outer membrane protein, putative  59.26 
 
 		 188 aa  217  7e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0265  OmpA domain-containing protein  62.37 
 
 		 186 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0260  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  57.98 
 
 		 187 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000333617 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3429  outer membrane protein, putative  56.42 
 
 		 189 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382375  normal  0.359463 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0257  outer membrane protein, putative  56.92 
 
 		 137 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0239703  hitchhiker  0.00000101201 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0623  OmpA domain-containing protein  37.17 
 
 		 190 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0596  OmpA domain-containing protein  37.17 
 
 		 190 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3376  OmpA domain-containing protein  35.14 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0300762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0628  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  36.13 
 
 		 190 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2691  OmpA domain-containing protein  32.97 
 
 		 176 aa  98.2  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000018652  normal  0.171772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4451  outer membrane protein, putative  34.57 
 
 		 182 aa  91.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4843  OmpA domain-containing protein  34.07 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3428  outer membrane protein, putative  34.95 
 
 		 181 aa  84  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000691  putative outer membrane protein  29.52 
 
 		 204 aa  57.8  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2453  OmpA-like transmembrane region  31.48 
 
 		 179 aa  54.7  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.19486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2253  OmpA/MotB domain protein  26.58 
 
 		 373 aa  54.7  0.0000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.133607  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01464  putative outer membrane protein A  30.46 
 
 		 198 aa  53.9  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1805  outer membrane protein OmpA  29.5 
 
 		 321 aa  53.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01273  hypothetical protein  28.66 
 
 		 318 aa  53.5  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3691  OmpA domain-containing protein  29.57 
 
 		 192 aa  53.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1209  outer membrane protein A  27.27 
 
 		 355 aa  51.6  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000342607  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1469  outer membrane protein A  27.67 
 
 		 351 aa  49.7  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000845833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004183  outer membrane protein A precursor  25.39 
 
 		 320 aa  48.5  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00968  hypothetical protein  27.88 
 
 		 346 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000788885  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2359  outer membrane protein A  27.88 
 
 		 346 aa  48.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000044176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2686  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  27.88 
 
 		 346 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000993272  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2639  outer membrane protein A  27.88 
 
 		 365 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000698773  unclonable  0.0000000277772 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00961  outer membrane protein A (3a;II*;G;d)  27.88 
 
 		 346 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000050212  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1066  outer membrane protein A  27.88 
 
 		 346 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.14063e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1121  outer membrane protein A  27.88 
 
 		 354 aa  48.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116879  normal  0.89417 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2129  OmpA family protein  31.62 
 
 		 213 aa  46.6  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.424056 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2163  outer membrane protein A  27.49 
 
 		 358 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195857  normal  0.269234 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0553  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  26.15 
 
 		 192 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0523  OmpA domain-containing protein  26.15 
 
 		 192 aa  45.4  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0548  OmpA domain-containing protein  26.15 
 
 		 192 aa  45.4  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1071  outer membrane protein A  27.49 
 
 		 350 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000033965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2698  outer membrane protein A  28 
 
 		 354 aa  45.4  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.00000118487  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1028  outer membrane protein A  26.79 
 
 		 371 aa  44.7  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000286695  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04892  hypothetical protein  29.41 
 
 		 321 aa  44.3  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1754  outer membrane protein A  26.19 
 
 		 358 aa  43.9  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000540093  decreased coverage  0.000000507763 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1179  outer membrane protein A  26.54 
 
 		 358 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000188951  normal  0.637141 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1133  outer membrane protein A  26.54 
 
 		 369 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000533703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1145  outer membrane protein A  26.54 
 
 		 369 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00470585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1111  outer membrane protein A  26.54 
 
 		 358 aa  43.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000109909  hitchhiker  0.00334653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0126  hypothetical protein  29.44 
 
 		 186 aa  42.7  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.472778  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1303  hypothetical protein  30.87 
 
 		 185 aa  42  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.13528  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2899  OmpA/MotB domain-containing protein  24.75 
 
 		 376 aa  41.6  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2369  OmpA domain-containing protein  26.56 
 
 		 188 aa  40.8  0.01  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.372044  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>