33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4451 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4451  outer membrane protein, putative  100 
 
 		 182 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4843  OmpA domain-containing protein  79.12 
 
 		 182 aa  300  9e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3428  outer membrane protein, putative  56.04 
 
 		 181 aa  222  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4473  outer membrane protein, putative  36.7 
 
 		 188 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0256  OmpA domain-containing protein  34.92 
 
 		 185 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.000341741 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3765  OmpA domain-containing protein  34.92 
 
 		 185 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.301478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0260  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  36.25 
 
 		 187 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000333617 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1909  OmpA domain-containing protein  33.68 
 
 		 184 aa  102  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0905316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2691  OmpA domain-containing protein  32.45 
 
 		 176 aa  102  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000018652  normal  0.171772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3630  OmpA domain-containing protein  34.76 
 
 		 184 aa  99.4  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00254639  hitchhiker  0.00108702 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3429  outer membrane protein, putative  35.2 
 
 		 189 aa  93.2  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382375  normal  0.359463 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0265  OmpA domain-containing protein  36.46 
 
 		 186 aa  92.4  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3376  OmpA domain-containing protein  31.32 
 
 		 177 aa  87.8  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0300762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0257  outer membrane protein, putative  34.38 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0239703  hitchhiker  0.00000101201 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0596  OmpA domain-containing protein  24.84 
 
 		 190 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000499  outer membrane protein A precursor  26.63 
 
 		 330 aa  50.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000000410155  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0623  OmpA domain-containing protein  24.84 
 
 		 190 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0628  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  24.18 
 
 		 190 aa  48.5  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000691  putative outer membrane protein  27.49 
 
 		 204 aa  48.5  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01464  putative outer membrane protein A  27.53 
 
 		 198 aa  48.1  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06262  hypothetical protein  25.6 
 
 		 334 aa  45.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1469  outer membrane protein A  25.15 
 
 		 351 aa  44.7  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000845833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  31.16 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1090  OmpA/MotB domain-containing protein  27.5 
 
 		 367 aa  43.5  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000322286  normal  0.0373781 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01273  hypothetical protein  26.88 
 
 		 318 aa  42.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2639  outer membrane protein A  25.3 
 
 		 365 aa  42  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000698773  unclonable  0.0000000277772 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00968  hypothetical protein  25.3 
 
 		 346 aa  41.6  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000788885  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1066  outer membrane protein A  25.3 
 
 		 346 aa  41.6  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.14063e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1121  outer membrane protein A  25.3 
 
 		 354 aa  41.6  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116879  normal  0.89417 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2359  outer membrane protein A  25.3 
 
 		 346 aa  41.6  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000044176  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00961  outer membrane protein A (3a;II*;G;d)  25.3 
 
 		 346 aa  41.6  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000050212  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2686  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  25.3 
 
 		 346 aa  41.6  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000993272  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1303  hypothetical protein  30 
 
 		 185 aa  41.2  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.13528  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>