45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4473 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4473  outer membrane protein, putative  100 
 
 		 188 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0256  OmpA domain-containing protein  87.77 
 
 		 185 aa  325  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.000341741 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3765  OmpA domain-containing protein  87.77 
 
 		 185 aa  325  3e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.301478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0265  OmpA domain-containing protein  80.32 
 
 		 186 aa  276  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0260  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  70.53 
 
 		 187 aa  248  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000333617 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3630  OmpA domain-containing protein  59.26 
 
 		 184 aa  217  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00254639  hitchhiker  0.00108702 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1909  OmpA domain-containing protein  55.03 
 
 		 184 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0905316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0257  outer membrane protein, putative  87.6 
 
 		 137 aa  206  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0239703  hitchhiker  0.00000101201 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3429  outer membrane protein, putative  62.21 
 
 		 189 aa  202  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382375  normal  0.359463 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4843  OmpA domain-containing protein  35.9 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4451  outer membrane protein, putative  36.36 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3376  OmpA domain-containing protein  32.45 
 
 		 177 aa  99.4  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0300762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2691  OmpA domain-containing protein  31.38 
 
 		 176 aa  97.4  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000018652  normal  0.171772 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0623  OmpA domain-containing protein  29.32 
 
 		 190 aa  92  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0596  OmpA domain-containing protein  29.32 
 
 		 190 aa  92  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0628  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29.59 
 
 		 190 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3428  outer membrane protein, putative  31.38 
 
 		 181 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01464  putative outer membrane protein A  32.32 
 
 		 198 aa  60.5  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000691  putative outer membrane protein  30.51 
 
 		 204 aa  57  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3691  OmpA domain-containing protein  28.26 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2228  OmpA-like transmembrane region  28.72 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01273  hypothetical protein  30.19 
 
 		 318 aa  52.8  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0734  OmpA domain-containing protein  31.06 
 
 		 191 aa  51.2  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2253  OmpA/MotB domain protein  28.49 
 
 		 373 aa  50.8  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.133607  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2453  OmpA-like transmembrane region  31.58 
 
 		 179 aa  49.7  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.19486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  31.84 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0604  OmpA domain-containing protein  28.83 
 
 		 192 aa  49.7  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.303363  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0553  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  30.49 
 
 		 192 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0523  OmpA domain-containing protein  30.49 
 
 		 192 aa  48.9  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0548  OmpA domain-containing protein  30.06 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  31.61 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4651  putative outer membrane protein  27.55 
 
 		 175 aa  45.8  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0980959  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04892  hypothetical protein  32.03 
 
 		 321 aa  46.2  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06262  hypothetical protein  29.61 
 
 		 334 aa  45.4  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  29.33 
 
 		 216 aa  45.4  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2129  OmpA family protein  30.66 
 
 		 213 aa  45.1  0.0006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.424056 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1819  outer membrane protein A  27.12 
 
 		 367 aa  44.3  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00533384  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004183  outer membrane protein A precursor  29.91 
 
 		 320 aa  44.3  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3022  putative outer membrane protein  25 
 
 		 170 aa  44.3  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  34.81 
 
 		 229 aa  43.5  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1882  OmpA/MotB  29.41 
 
 		 387 aa  42.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0874277  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  25.88 
 
 		 225 aa  42.7  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000755  outer membrane protein A precursor  27.45 
 
 		 326 aa  42.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000475354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1209  outer membrane protein A  27.4 
 
 		 355 aa  41.2  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000342607  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004315  outer membrane protein A precursor  28.79 
 
 		 187 aa  41.2  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>