38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3429 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3429  outer membrane protein, putative  100 
 
 		 189 aa  376  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382375  normal  0.359463 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4473  outer membrane protein, putative  58.64 
 
 		 188 aa  209  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0256  OmpA domain-containing protein  59.9 
 
 		 185 aa  205  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.000341741 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3765  OmpA domain-containing protein  59.9 
 
 		 185 aa  205  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.301478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3630  OmpA domain-containing protein  55.38 
 
 		 184 aa  188  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00254639  hitchhiker  0.00108702 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0265  OmpA domain-containing protein  58.12 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1909  OmpA domain-containing protein  53.06 
 
 		 184 aa  185  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0905316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0260  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  55.21 
 
 		 187 aa  182  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000333617 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0257  outer membrane protein, putative  60.47 
 
 		 137 aa  131  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0239703  hitchhiker  0.00000101201 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0623  OmpA domain-containing protein  32.46 
 
 		 190 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.196954 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0596  OmpA domain-containing protein  32.46 
 
 		 190 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4843  OmpA domain-containing protein  34.87 
 
 		 182 aa  93.2  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4451  outer membrane protein, putative  34.5 
 
 		 182 aa  91.7  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2691  OmpA domain-containing protein  34.39 
 
 		 176 aa  91.3  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000018652  normal  0.171772 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3376  OmpA domain-containing protein  33.16 
 
 		 177 aa  90.5  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0300762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0628  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  32.46 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3428  outer membrane protein, putative  32.11 
 
 		 181 aa  87.4  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3691  OmpA domain-containing protein  31.61 
 
 		 192 aa  57  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01464  putative outer membrane protein A  27.14 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06262  hypothetical protein  30.77 
 
 		 334 aa  50.4  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2253  OmpA/MotB domain protein  27.98 
 
 		 373 aa  50.1  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.133607  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01273  hypothetical protein  27.67 
 
 		 318 aa  47  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1179  outer membrane protein A  26.32 
 
 		 358 aa  45.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000188951  normal  0.637141 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1111  outer membrane protein A  26.32 
 
 		 358 aa  45.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000109909  hitchhiker  0.00334653 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1145  outer membrane protein A  26.32 
 
 		 369 aa  45.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00470585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000691  putative outer membrane protein  27.8 
 
 		 204 aa  45.4  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04892  hypothetical protein  34.43 
 
 		 321 aa  45.1  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2453  OmpA-like transmembrane region  27.98 
 
 		 179 aa  45.1  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.19486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004183  outer membrane protein A precursor  27.95 
 
 		 320 aa  44.3  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2129  OmpA family protein  28.89 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.424056 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1805  outer membrane protein OmpA  28.87 
 
 		 321 aa  43.5  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2369  OmpA domain-containing protein  27.75 
 
 		 188 aa  42.4  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.372044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3182  outer membrane protein, putative  30.06 
 
 		 196 aa  42.7  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1303  hypothetical protein  30.52 
 
 		 185 aa  42.4  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.13528  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000499  outer membrane protein A precursor  27.27 
 
 		 330 aa  42  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000000410155  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1882  OmpA/MotB  25.68 
 
 		 387 aa  41.6  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0874277  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1133  outer membrane protein A  25.84 
 
 		 369 aa  41.6  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000533703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2163  outer membrane protein A  26.32 
 
 		 358 aa  41.2  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195857  normal  0.269234 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>