More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0609 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0609  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  407  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  71.13 
 
 		 209 aa  290  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  66.49 
 
 		 202 aa  266  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  65.96 
 
 		 202 aa  262  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  66.49 
 
 		 200 aa  262  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  66.49 
 
 		 200 aa  261  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  66.49 
 
 		 200 aa  262  3e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  64.89 
 
 		 200 aa  260  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  65.43 
 
 		 200 aa  259  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  64.89 
 
 		 201 aa  259  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  64.89 
 
 		 201 aa  258  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1997  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  61.5 
 
 		 197 aa  250  9.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.333764  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3183  response regulator receiver protein  62.96 
 
 		 191 aa  248  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3041  two component LuxR family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 203 aa  217  8.999999999999998e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02672  hypothetical protein  53.55 
 
 		 198 aa  208  5e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003036  tetrathionate reductase two-component response regulator  46.6 
 
 		 200 aa  193  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3858  two component LuxR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 206 aa  187  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0335499 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0666  response regulator receiver protein  45.31 
 
 		 203 aa  186  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3732  response regulator receiver protein  45.31 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3675  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.31 
 
 		 206 aa  185  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0593  response regulator receiver protein  45.31 
 
 		 206 aa  185  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.858162  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 203 aa  184  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000059529 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 203 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000207768 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.82 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 208 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 210 aa  165  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  40.82 
 
 		 208 aa  164  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2282  two component LuxR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 199 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.203996 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  39.9 
 
 		 210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.31 
 
 		 210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  40.82 
 
 		 208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2088  two component LuxR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 199 aa  162  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  41.58 
 
 		 202 aa  160  9e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 208 aa  159  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 207 aa  159  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 207 aa  157  8e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.58 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1065  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175211 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  41.5 
 
 		 212 aa  155  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 212 aa  155  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  39.69 
 
 		 215 aa  154  8e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  39.7 
 
 		 210 aa  153  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  39.9 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  39.9 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  39.9 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2996  LuxR response regulator receiver  41.84 
 
 		 198 aa  153  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.437807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  39.9 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  39.9 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  39.9 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  39.9 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1484  response regulator  38.38 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 214 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.22 
 
 		 211 aa  152  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 212 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1500  response regulator  38.38 
 
 		 212 aa  151  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000401264 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.51 
 
 		 214 aa  151  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1784  response regulator  38.38 
 
 		 206 aa  151  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1521  response regulator  38.38 
 
 		 212 aa  151  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410508 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.22 
 
 		 211 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1955  response regulator  38.38 
 
 		 206 aa  151  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 207 aa  151  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 214 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 208 aa  149  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2399  response regulator receiver protein  42.02 
 
 		 201 aa  149  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.635003 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  40.1 
 
 		 206 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  38.22 
 
 		 205 aa  147  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  38.22 
 
 		 214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1969  two component LuxR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 199 aa  145  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0986563 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  40.61 
 
 		 213 aa  145  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0704  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.38 
 
 		 214 aa  145  4.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.753304  normal  0.399327 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1438  LuxR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 204 aa  145  5e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607012 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  39.27 
 
 		 205 aa  145  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 201 aa  142  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.27 
 
 		 201 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 214 aa  142  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 210 aa  142  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  36.73 
 
 		 205 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  40.31 
 
 		 204 aa  142  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 209 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  37.82 
 
 		 204 aa  141  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 203 aa  141  7e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0901  two component response regulator  39.05 
 
 		 196 aa  141  8e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1416  DNA-binding response regulator  43.92 
 
 		 199 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1028  response regulator FixJ  38.74 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 241 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.74 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  38.22 
 
 		 205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>