More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1997 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1997  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  100 
 
 		 197 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.333764  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  62.03 
 
 		 209 aa  256  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0609  two component LuxR family transcriptional regulator  61.5 
 
 		 199 aa  250  9.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  61.08 
 
 		 201 aa  238  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  61.08 
 
 		 201 aa  236  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 202 aa  236  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  61.08 
 
 		 200 aa  235  3e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  60.54 
 
 		 200 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 200 aa  234  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  60.54 
 
 		 200 aa  234  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  60.54 
 
 		 200 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  58.12 
 
 		 202 aa  231  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3183  response regulator receiver protein  56.68 
 
 		 191 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3041  two component LuxR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 203 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02672  hypothetical protein  46.45 
 
 		 198 aa  183  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003036  tetrathionate reductase two-component response regulator  45.11 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0666  response regulator receiver protein  42.08 
 
 		 203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3732  response regulator receiver protein  42.08 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 203 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000059529 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3858  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0335499 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  41.8 
 
 		 202 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0593  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.858162  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3675  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.53 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 203 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000207768 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.41 
 
 		 210 aa  163  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  41.36 
 
 		 208 aa  163  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 208 aa  162  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.88 
 
 		 208 aa  162  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 208 aa  162  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 216 aa  161  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  40.31 
 
 		 208 aa  155  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 208 aa  155  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 207 aa  155  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2282  two component LuxR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 199 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.203996 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 214 aa  153  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2399  response regulator receiver protein  39.38 
 
 		 201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.635003 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  38.78 
 
 		 210 aa  151  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  40.51 
 
 		 212 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 214 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  40.51 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  40.51 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  40.51 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  40.51 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  40.51 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  40.51 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  40.51 
 
 		 212 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 214 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2088  two component LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 199 aa  147  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.57 
 
 		 201 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1065  two component LuxR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 206 aa  145  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.51 
 
 		 212 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2996  LuxR response regulator receiver  38.95 
 
 		 198 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.437807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  38.66 
 
 		 210 aa  142  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 207 aa  142  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  35.08 
 
 		 214 aa  141  7e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 210 aa  141  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 210 aa  141  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 210 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 210 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1969  two component LuxR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0986563 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 210 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  37.11 
 
 		 206 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.27 
 
 		 211 aa  139  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  38.54 
 
 		 205 aa  139  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.27 
 
 		 211 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  35.42 
 
 		 205 aa  138  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  35.23 
 
 		 204 aa  137  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 205 aa  136  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 209 aa  136  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  35.68 
 
 		 215 aa  136  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 241 aa  135  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  35.08 
 
 		 205 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1028  response regulator FixJ  36.46 
 
 		 205 aa  134  7.000000000000001e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 202 aa  134  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0907  two component LuxR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 202 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.285724  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2567  response regulator receiver protein  36.65 
 
 		 202 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.94208 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 208 aa  132  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 208 aa  132  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0901  two component response regulator  39.29 
 
 		 196 aa  132  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4652  two component LuxR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 208 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.398364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0704  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.68 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.753304  normal  0.399327 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  34.38 
 
 		 205 aa  131  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3894  response regulator receiver protein  36.08 
 
 		 208 aa  131  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.52621  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 214 aa  131  7.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  35.6 
 
 		 203 aa  130  9e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  34.74 
 
 		 209 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1484  response regulator  32.45 
 
 		 212 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.335248 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>