More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4153 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4041  citrate synthase  100 
 
 		 284 aa  568  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4153  citrate synthase  100 
 
 		 284 aa  568  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4013  citrate synthase  78.36 
 
 		 274 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4144  citrate synthase  65.33 
 
 		 284 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00479182  normal  0.482128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4959  citrate synthase  65.53 
 
 		 282 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8311  citrate synthase  67.3 
 
 		 277 aa  345  5e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3119  citrate synthase  66.15 
 
 		 254 aa  339  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2728  citrate synthase  64.06 
 
 		 255 aa  328  6e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1832  Citrate synthase  55.56 
 
 		 289 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0399593  normal  0.514801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4159  citrate synthase  54.41 
 
 		 275 aa  253  3e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1379  citrate synthase  30.92 
 
 		 257 aa  142  5e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1039  citrate synthase  31.12 
 
 		 255 aa  132  7.999999999999999e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6294  citrate synthase  34.31 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2128  citrate synthase  33.76 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4477  citrate synthase  32.19 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2009  citrate synthase  32.49 
 
 		 261 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.884105 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0447  Citrate synthase-like protein  33.64 
 
 		 240 aa  96.7  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000621018  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5653  citrate synthase  33.33 
 
 		 268 aa  95.5  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0675936  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1523  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  32.22 
 
 		 379 aa  90.9  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3867  citrate synthase  31.47 
 
 		 259 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4826  citrate synthase  28.86 
 
 		 271 aa  90.1  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538489  normal  0.968705 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1313  citrate synthase  31.72 
 
 		 262 aa  89.7  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6289  citrate synthase  27.1 
 
 		 270 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3036  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  30.34 
 
 		 382 aa  83.6  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1476  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  30.77 
 
 		 382 aa  83.2  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.644774  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2022  citrate synthase  31.53 
 
 		 267 aa  81.6  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.275146  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2027  citrate synthase 2  32.75 
 
 		 362 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1830  citrate synthase 2  34.67 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.011311 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1194  citrate synthase  33.33 
 
 		 267 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0986  citrate synthase  34.42 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.879919 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1202  Citrate (Si)-synthase  27.05 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138488  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6318  citrate synthase  28.95 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4697  citrate synthase  32.58 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5380  citrate synthase  30.38 
 
 		 261 aa  79.3  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0350  citrate synthase  28.85 
 
 		 391 aa  79  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4268  citrate synthase  31.03 
 
 		 265 aa  79  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.245417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1467  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.97 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0316751  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0799  citrate synthase  29.51 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4823  citrate synthase  31.11 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0837  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.73 
 
 		 378 aa  74.7  0.000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.531649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2276  citrate synthase  29.55 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0663  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.8 
 
 		 373 aa  73.2  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.280152  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4677  citrate synthase  27.73 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4946  citrate synthase  29.96 
 
 		 252 aa  72.4  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.094047  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2672  citrate synthase  28.7 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.530506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4089  citrate synthase  28.15 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3065  citrate synthase  28.7 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1245  citrate synthase  26.91 
 
 		 374 aa  71.2  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0279  citrate synthase  29.64 
 
 		 396 aa  70.1  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1572  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.46 
 
 		 380 aa  70.1  0.00000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4146  citrate (Si)-synthase  32.61 
 
 		 375 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1393  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  25.1 
 
 		 610 aa  69.7  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.025075  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1522  citrate synthase  24.64 
 
 		 370 aa  69.3  0.00000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.640515  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2679  citrate synthase  27.85 
 
 		 372 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0198833  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1258  citrate synthase  26.29 
 
 		 373 aa  67.8  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0797  citrate lyase, subunit 2  24.69 
 
 		 610 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1231  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  23.53 
 
 		 610 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1252  Citrate (Si)-synthase  28.44 
 
 		 373 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1351  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  24.69 
 
 		 610 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0715  citrate synthase  27.31 
 
 		 355 aa  67.4  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2284  citrate synthase I  29.15 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.193692  normal  0.0343529 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1189  Citrate (Si)-synthase  29.84 
 
 		 395 aa  66.6  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4948  citrate synthase 2  33.02 
 
 		 364 aa  66.6  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.257238  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1306  ATP citrate lyase subunit 2  24.69 
 
 		 610 aa  67  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.205597  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1752  citrate synthase  28.09 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.206255  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1786  citrate synthase  28.09 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2136  citrate synthase I  28.09 
 
 		 427 aa  66.6  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.873392  normal  0.0485985 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0404  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.32 
 
 		 378 aa  65.9  0.0000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1090  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  24.69 
 
 		 610 aa  65.5  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0781  citrate synthase  27.31 
 
 		 372 aa  65.1  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0723  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.33 
 
 		 382 aa  65.1  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517524  normal  0.584309 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7227  citrate synthase I  27.95 
 
 		 455 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0855  citrate synthase I  28.7 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0328929  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2413  citrate synthase  30.17 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2221  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.41 
 
 		 377 aa  64.7  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57744  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2007  citrate synthase I  26.17 
 
 		 427 aa  63.9  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0798  citrate synthase 3  27.59 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.036744  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0903  citrate synthase  27.31 
 
 		 455 aa  63.9  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2713  citrate synthase  27.11 
 
 		 378 aa  63.5  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1408  citrate synthase  26.67 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1526  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.39 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.682888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1377  citrate synthase  26.67 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0622  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.94 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0115525  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0647  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.94 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.029125  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5753  Citrate synthase  33.64 
 
 		 384 aa  62.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149777  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01781  citrate synthase  28.51 
 
 		 378 aa  62.8  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.176216  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02436  ATP citrate lyase, subunit 1, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10650)  27.66 
 
 		 655 aa  62.8  0.000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1724  citrate synthase 3  27.93 
 
 		 372 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.992858  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19470  citrate synthase  27.31 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.286826  hitchhiker  0.00826117 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0083  citrate synthase  27.17 
 
 		 455 aa  61.6  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.33 
 
 		 375 aa  61.6  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5022  type II citrate synthase  29.22 
 
 		 434 aa  62  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.834357 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2628  citrate synthase  26.98 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1062  citrate lyase, subunit 2  22.69 
 
 		 610 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1270  citrate synthase I  29.17 
 
 		 440 aa  61.2  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0730  citrate synthase  26.64 
 
 		 398 aa  60.8  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.554862  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2141  Citrate (Si)-synthase  28.81 
 
 		 389 aa  60.8  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.636674  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6374  citrate synthase  31.28 
 
 		 413 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.154136 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0281  citrate synthase  28.72 
 
 		 378 aa  61.2  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.160338  normal  0.143922 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25990  citrate synthase  26.61 
 
 		 432 aa  60.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>