More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2728 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2728  citrate synthase  100 
 
 		 255 aa  523  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3119  citrate synthase  78.26 
 
 		 254 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4144  citrate synthase  66.15 
 
 		 284 aa  341  8e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00479182  normal  0.482128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4959  citrate synthase  64.98 
 
 		 282 aa  332  5e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4041  citrate synthase  64.06 
 
 		 284 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4153  citrate synthase  64.06 
 
 		 284 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4013  citrate synthase  63.53 
 
 		 274 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8311  citrate synthase  64.17 
 
 		 277 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1832  Citrate synthase  55.64 
 
 		 289 aa  256  3e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0399593  normal  0.514801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4159  citrate synthase  52.9 
 
 		 275 aa  241  1e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1379  citrate synthase  34.96 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1039  citrate synthase  32.34 
 
 		 255 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6294  citrate synthase  32.08 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2009  citrate synthase  32.1 
 
 		 261 aa  113  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.884105 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4477  citrate synthase  29.57 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0447  Citrate synthase-like protein  32.58 
 
 		 240 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000621018  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2128  citrate synthase  29.63 
 
 		 286 aa  106  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1313  citrate synthase  31.82 
 
 		 262 aa  105  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4826  citrate synthase  32.92 
 
 		 271 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538489  normal  0.968705 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5653  citrate synthase  32.22 
 
 		 268 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0675936  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0986  citrate synthase  33.49 
 
 		 259 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.879919 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4677  citrate synthase  30.3 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6318  citrate synthase  28.25 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0837  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  32.16 
 
 		 378 aa  96.3  4e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.531649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3867  citrate synthase  31.02 
 
 		 259 aa  95.5  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2022  citrate synthase  31.51 
 
 		 267 aa  92.8  4e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.275146  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3036  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.54 
 
 		 382 aa  92  9e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1523  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  33.65 
 
 		 379 aa  91.3  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1202  Citrate (Si)-synthase  28.18 
 
 		 375 aa  90.9  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138488  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4823  citrate synthase  27.83 
 
 		 261 aa  90.1  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0350  citrate synthase  26.94 
 
 		 391 aa  89.4  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6289  citrate synthase  27.05 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0723  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.76 
 
 		 382 aa  88.6  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517524  normal  0.584309 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1194  citrate synthase  30.71 
 
 		 267 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0663  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  33 
 
 		 373 aa  87.4  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.280152  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2221  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.65 
 
 		 377 aa  85.9  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57744  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4697  citrate synthase  31.16 
 
 		 259 aa  85.5  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1258  citrate synthase  30.43 
 
 		 373 aa  85.1  9e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1476  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.99 
 
 		 382 aa  85.1  9e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.644774  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0799  citrate synthase  27.23 
 
 		 261 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5380  citrate synthase  27.39 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1245  citrate synthase  28.38 
 
 		 374 aa  84  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2276  citrate synthase  29.91 
 
 		 380 aa  83.6  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1252  Citrate (Si)-synthase  32.02 
 
 		 373 aa  82  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1522  citrate synthase  25.12 
 
 		 370 aa  82  0.000000000000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.640515  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2628  citrate synthase  28.5 
 
 		 387 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1467  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.61 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0316751  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4946  citrate synthase  28.63 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.094047  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1752  citrate synthase  29.15 
 
 		 373 aa  80.5  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.206255  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2027  citrate synthase 2  32.04 
 
 		 362 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1786  citrate synthase  29.15 
 
 		 373 aa  80.5  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1393  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  25.69 
 
 		 610 aa  80.5  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.025075  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1572  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.1 
 
 		 380 aa  80.9  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0404  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.99 
 
 		 378 aa  80.1  0.00000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0398  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.75 
 
 		 377 aa  79.3  0.00000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0419831  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1351  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  26.61 
 
 		 610 aa  78.6  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0045  citrate synthase  28.94 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0797  citrate lyase, subunit 2  25.69 
 
 		 610 aa  77.8  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2141  Citrate (Si)-synthase  29.02 
 
 		 389 aa  77.8  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.636674  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1090  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  26.61 
 
 		 610 aa  78.6  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4089  citrate synthase  28.97 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3065  citrate synthase  27.1 
 
 		 386 aa  77.8  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2713  citrate synthase  26.32 
 
 		 378 aa  77.8  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2672  citrate synthase  27.1 
 
 		 386 aa  77.8  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.530506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1306  ATP citrate lyase subunit 2  25.69 
 
 		 610 aa  77  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.205597  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0715  citrate synthase  25.25 
 
 		 355 aa  76.6  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.95 
 
 		 375 aa  75.9  0.0000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2420  Citrate synthase  30.94 
 
 		 481 aa  75.9  0.0000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4948  citrate synthase 2  32.7 
 
 		 364 aa  75.5  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.257238  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1526  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.72 
 
 		 390 aa  75.5  0.0000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.682888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1377  citrate synthase  27.78 
 
 		 386 aa  75.5  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1408  citrate synthase  27.78 
 
 		 386 aa  75.5  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1231  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  24.77 
 
 		 610 aa  74.7  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0622  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.87 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0115525  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0647  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.87 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.029125  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1658  citrate synthase  30.77 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.617148  normal  0.567466 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1099  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.18 
 
 		 387 aa  73.9  0.000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1189  Citrate (Si)-synthase  32.18 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1528  citrate synthase  25.7 
 
 		 375 aa  72.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0349986  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1830  citrate synthase 2  30.58 
 
 		 362 aa  72.4  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.011311 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0855  citrate synthase I  28.65 
 
 		 432 aa  72.4  0.000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0328929  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02436  ATP citrate lyase, subunit 1, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10650)  26.52 
 
 		 655 aa  72.4  0.000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0781  citrate synthase  29.21 
 
 		 372 aa  72  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2156  citrate synthase 3  28.97 
 
 		 373 aa  72  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0281  citrate synthase  27.4 
 
 		 378 aa  71.6  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.160338  normal  0.143922 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02341  citrate synthase  25.7 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1270  citrate synthase I  30.68 
 
 		 440 aa  71.6  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1062  citrate lyase, subunit 2  23.85 
 
 		 610 aa  71.2  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01781  citrate synthase  27.91 
 
 		 378 aa  72  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.176216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1724  citrate synthase 3  29.58 
 
 		 372 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.992858  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2679  citrate synthase  28.22 
 
 		 372 aa  70.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0198833  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3010  citrate synthase 3  29.11 
 
 		 373 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4146  citrate (Si)-synthase  28.64 
 
 		 375 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2188  citrate synthase 3  29.11 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.685723  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2111  citrate synthase 3  29.11 
 
 		 372 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2450  citrate synthase 3  29.11 
 
 		 373 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0697754  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2348  citrate synthase 3  29.11 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2315  citrate synthase 3  29.11 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1665  citrate synthase  27.52 
 
 		 378 aa  70.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2367  citrate synthase 3  29.11 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>