268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1313 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1313  citrate synthase  100 
 
 		 262 aa  528  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2009  citrate synthase  87.26 
 
 		 261 aa  465  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.884105 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3867  citrate synthase  44.76 
 
 		 259 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4477  citrate synthase  39.34 
 
 		 250 aa  198  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2022  citrate synthase  40.73 
 
 		 267 aa  189  4e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.275146  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0045  citrate synthase  43.72 
 
 		 286 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4697  citrate synthase  39.92 
 
 		 259 aa  178  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1194  citrate synthase  39.76 
 
 		 267 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5653  citrate synthase  39.53 
 
 		 268 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0675936  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6318  citrate synthase  34.9 
 
 		 249 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0986  citrate synthase  38.74 
 
 		 259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.879919 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5380  citrate synthase  35.66 
 
 		 261 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4823  citrate synthase  37.86 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0799  citrate synthase  36.07 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4946  citrate synthase  37.55 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.094047  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4268  citrate synthase  37.5 
 
 		 265 aa  151  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.245417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4677  citrate synthase  36.33 
 
 		 257 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6294  citrate synthase  34.44 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1379  citrate synthase  32.1 
 
 		 257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1039  citrate synthase  29.03 
 
 		 255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2128  citrate synthase  33.33 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2728  citrate synthase  31.82 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3119  citrate synthase  32.23 
 
 		 254 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4144  citrate synthase  31.33 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00479182  normal  0.482128 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4013  citrate synthase  31.58 
 
 		 274 aa  98.6  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4959  citrate synthase  29.83 
 
 		 282 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4153  citrate synthase  31.72 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1832  Citrate synthase  31.28 
 
 		 289 aa  96.7  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0399593  normal  0.514801 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4041  citrate synthase  31.72 
 
 		 284 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4826  citrate synthase  27.46 
 
 		 271 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538489  normal  0.968705 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4159  citrate synthase  28.14 
 
 		 275 aa  92.4  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6289  citrate synthase  26.22 
 
 		 270 aa  85.5  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8311  citrate synthase  31.91 
 
 		 277 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0447  Citrate synthase-like protein  28.83 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000621018  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1726  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27 
 
 		 380 aa  65.5  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2276  citrate synthase  24.88 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0797  citrate lyase, subunit 2  29.27 
 
 		 610 aa  62.4  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1231  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  28.78 
 
 		 610 aa  62.4  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1351  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  27.32 
 
 		 610 aa  62  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1306  ATP citrate lyase subunit 2  26.83 
 
 		 610 aa  61.2  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.205597  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1062  citrate lyase, subunit 2  28.29 
 
 		 610 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1621  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.02 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.285346  normal  0.25045 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1393  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  27.8 
 
 		 610 aa  59.3  0.00000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.025075  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2105  citrate (Si)-synthase  25.25 
 
 		 397 aa  58.9  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.414267  normal  0.0115455 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1090  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  27.67 
 
 		 610 aa  58.5  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1572  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.38 
 
 		 380 aa  58.2  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1533  citrate (Si)-synthase  24.88 
 
 		 396 aa  58.5  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2221  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.88 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57744  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0715  citrate synthase  27.45 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0404  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.5 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0281  citrate synthase  24.64 
 
 		 378 aa  56.2  0.0000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.160338  normal  0.143922 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1189  Citrate (Si)-synthase  28.07 
 
 		 395 aa  56.2  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1252  Citrate (Si)-synthase  25.6 
 
 		 373 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2031  citrate (Si)-synthase  25.98 
 
 		 473 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.602388  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0663  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.24 
 
 		 373 aa  54.7  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.280152  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1008  citrate synthase  28.34 
 
 		 429 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.115669  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5753  Citrate synthase  28.11 
 
 		 384 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149777  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2679  citrate synthase  24.3 
 
 		 372 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0198833  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02436  ATP citrate lyase, subunit 1, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G10650)  26.48 
 
 		 655 aa  53.5  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0398  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.5 
 
 		 377 aa  53.5  0.000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0419831  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1526  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.01 
 
 		 390 aa  53.1  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.682888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6150  Citrate (Si)-synthase  25.82 
 
 		 391 aa  53.5  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.153659 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1665  citrate synthase  27.1 
 
 		 378 aa  52.8  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1467  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.76 
 
 		 385 aa  52.8  0.000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0316751  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0100  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.76 
 
 		 377 aa  52.8  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4951  citrate synthase  25.28 
 
 		 415 aa  52.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3209  citrate synthase  25.28 
 
 		 415 aa  52.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1476  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.79 
 
 		 382 aa  52.4  0.000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.644774  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2027  citrate synthase 2  24.04 
 
 		 362 aa  52.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0072  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.63 
 
 		 372 aa  52.4  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3036  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.79 
 
 		 382 aa  52.4  0.000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1202  Citrate (Si)-synthase  23.65 
 
 		 375 aa  52.4  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138488  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0781  citrate synthase  23.61 
 
 		 372 aa  52  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02341  citrate synthase  25.56 
 
 		 375 aa  52  0.000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00800  conserved hypothetical protein  24.88 
 
 		 1149 aa  52  0.00001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2103  citrate synthase 2  27.09 
 
 		 364 aa  51.6  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1760  citrate synthase  27.12 
 
 		 374 aa  50.8  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1845  type II citrate synthase  24.58 
 
 		 433 aa  51.2  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.273477  normal  0.198527 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0622  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.89 
 
 		 367 aa  50.8  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0115525  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0647  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.89 
 
 		 367 aa  50.8  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.029125  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2498  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.87 
 
 		 374 aa  50.1  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0246552 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1528  citrate synthase  25.11 
 
 		 375 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0349986  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1176  2-methylcitrate synthase  25.26 
 
 		 372 aa  50.4  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.831059  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0820  2-methylcitrate synthase  25.26 
 
 		 372 aa  50.4  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0995  citrate synthase I  26.91 
 
 		 434 aa  50.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.655069 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27 
 
 		 375 aa  50.1  0.00004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1420  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.87 
 
 		 374 aa  50.1  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1377  citrate synthase  27.6 
 
 		 386 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1408  citrate synthase  27.6 
 
 		 386 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1258  citrate synthase  24.14 
 
 		 373 aa  49.7  0.00005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6077  citrate synthase  24.72 
 
 		 413 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3911  citrate synthase I  23.5 
 
 		 427 aa  49.3  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1752  citrate synthase  23.35 
 
 		 373 aa  48.9  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.206255  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1786  citrate synthase  23.35 
 
 		 373 aa  48.9  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2628  citrate synthase  25.7 
 
 		 387 aa  48.9  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1665  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.37 
 
 		 374 aa  48.9  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4085  citrate synthase I  24.36 
 
 		 427 aa  48.9  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0845  citrate synthase  28.09 
 
 		 390 aa  48.9  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.627781  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2188  citrate synthase 3  23.72 
 
 		 372 aa  48.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.685723  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3560  DNA binding domain protein, excisionase family  24.87 
 
 		 412 aa  48.5  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>