More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5380 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5380  citrate synthase  100 
 
 		 261 aa  529  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4823  citrate synthase  82.95 
 
 		 261 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0799  citrate synthase  83.14 
 
 		 261 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4697  citrate synthase  59.02 
 
 		 259 aa  281  8.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0986  citrate synthase  56.92 
 
 		 259 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.879919 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4477  citrate synthase  47.37 
 
 		 250 aa  218  8.999999999999998e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2009  citrate synthase  38.89 
 
 		 261 aa  178  8e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.884105 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6318  citrate synthase  40.65 
 
 		 249 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4946  citrate synthase  40.17 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.094047  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1313  citrate synthase  35.66 
 
 		 262 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3867  citrate synthase  35.18 
 
 		 259 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1194  citrate synthase  37.55 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5653  citrate synthase  33.84 
 
 		 268 aa  145  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0675936  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4677  citrate synthase  37.66 
 
 		 257 aa  145  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4268  citrate synthase  38.49 
 
 		 265 aa  143  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.245417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2022  citrate synthase  34.1 
 
 		 267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.275146  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0045  citrate synthase  36.36 
 
 		 286 aa  137  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1379  citrate synthase  28.03 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1039  citrate synthase  28.35 
 
 		 255 aa  103  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6294  citrate synthase  29.39 
 
 		 302 aa  96.3  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3119  citrate synthase  29.91 
 
 		 254 aa  92  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4959  citrate synthase  28.33 
 
 		 282 aa  89.7  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2128  citrate synthase  29.69 
 
 		 286 aa  86.7  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1832  Citrate synthase  31.65 
 
 		 289 aa  86.7  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0399593  normal  0.514801 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4144  citrate synthase  26.74 
 
 		 284 aa  85.5  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00479182  normal  0.482128 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2728  citrate synthase  27.39 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4159  citrate synthase  29.55 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4153  citrate synthase  30.38 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4041  citrate synthase  30.38 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4013  citrate synthase  27.48 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4826  citrate synthase  28.03 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538489  normal  0.968705 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8311  citrate synthase  28.1 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0447  Citrate synthase-like protein  26.92 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000621018  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6289  citrate synthase  27.78 
 
 		 270 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1523  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.24 
 
 		 379 aa  65.9  0.0000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0663  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.91 
 
 		 373 aa  65.1  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.280152  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1189  Citrate (Si)-synthase  29.38 
 
 		 395 aa  63.9  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2420  Citrate synthase  25.56 
 
 		 481 aa  63.2  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.39 
 
 		 375 aa  62  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1760  citrate synthase  29.06 
 
 		 374 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0260  citrate synthase I  26.02 
 
 		 426 aa  59.7  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.419168  normal  0.11552 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0723  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.43 
 
 		 382 aa  60.1  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517524  normal  0.584309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4723  methylcitrate synthase  25.12 
 
 		 375 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1252  Citrate (Si)-synthase  26.15 
 
 		 373 aa  59.7  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1776  methylcitrate synthase  25 
 
 		 375 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.549839  hitchhiker  0.000461346 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2335  methylcitrate synthase  25 
 
 		 375 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218689  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2288  2-methylcitrate synthase  25.71 
 
 		 375 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.037213  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3435  methylcitrate synthase  25 
 
 		 375 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.01089  normal  0.171025 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1936  methylcitrate synthase  24.51 
 
 		 375 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.686847  hitchhiker  0.000000858753 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6374  citrate synthase  29.47 
 
 		 413 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.154136 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53950  methylcitrate synthase  24.63 
 
 		 375 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282102  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0848  Citrate (Si)-synthase  29.61 
 
 		 368 aa  58.5  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1063  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.4 
 
 		 393 aa  57.4  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1467  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.41 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0316751  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1665  citrate synthase  24.88 
 
 		 378 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1570  citrate (Si)-synthase  24.51 
 
 		 430 aa  56.6  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00021591  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3036  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.08 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0115  citrate synthase 2  27.4 
 
 		 368 aa  56.6  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0586  citrate synthase  24.51 
 
 		 430 aa  56.6  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3584  citrate synthase I  26.37 
 
 		 425 aa  56.2  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887444 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1752  citrate synthase  23.73 
 
 		 373 aa  55.8  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.206255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2086  methylcitrate synthase  24.76 
 
 		 375 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440425  hitchhiker  0.00454661 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2628  citrate synthase  26.54 
 
 		 387 aa  55.8  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1786  citrate synthase  23.73 
 
 		 373 aa  55.8  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2141  Citrate (Si)-synthase  28.78 
 
 		 389 aa  55.8  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.636674  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1476  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  22.17 
 
 		 382 aa  55.5  0.0000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.644774  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0995  citrate synthase I  26.73 
 
 		 434 aa  55.5  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.655069 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1258  citrate synthase  23.35 
 
 		 373 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2452  citrate synthase  30 
 
 		 410 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000202962 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1821  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  22.55 
 
 		 374 aa  55.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7229  citrate synthase 2  25.23 
 
 		 364 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2027  citrate synthase 2  27.19 
 
 		 362 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0081  citrate synthase 2  25.23 
 
 		 369 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2321  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  22.01 
 
 		 384 aa  55.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2716  putative citrate synthase  30.21 
 
 		 418 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000320245  normal  0.180168 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0837  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.47 
 
 		 378 aa  54.7  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.531649  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2376  citrate synthase 3  23.79 
 
 		 372 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.151245  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2188  citrate synthase 3  23.56 
 
 		 372 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.685723  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2125  citrate synthase 3  23.56 
 
 		 372 aa  53.9  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.306637  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2450  citrate synthase 3  23.79 
 
 		 373 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0697754  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2111  citrate synthase 3  23.53 
 
 		 372 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2367  citrate synthase 3  23.56 
 
 		 373 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2348  citrate synthase 3  23.56 
 
 		 372 aa  53.9  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2315  citrate synthase 3  23.79 
 
 		 373 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3010  citrate synthase 3  23.79 
 
 		 373 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2258  citrate synthase family protein  31.34 
 
 		 501 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1270  citrate synthase I  24.77 
 
 		 440 aa  53.9  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0555  citrate synthase family protein  31.34 
 
 		 453 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2156  citrate synthase 3  23.88 
 
 		 373 aa  53.9  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3240  DNA binding domain protein, excisionase family  29.32 
 
 		 410 aa  53.5  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1008  citrate synthase  28.87 
 
 		 429 aa  53.9  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.115669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0946  citrate synthase family protein  31.34 
 
 		 450 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4951  citrate synthase  29.26 
 
 		 415 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2401  2-methylcitrate synthase  24.55 
 
 		 371 aa  53.5  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.612256  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2135  citrate synthase family protein  31.34 
 
 		 453 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3209  citrate synthase  29.26 
 
 		 415 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5753  Citrate synthase  27.62 
 
 		 384 aa  53.5  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149777  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6077  citrate synthase  28.5 
 
 		 413 aa  53.1  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0841  type II citrate synthase  25.68 
 
 		 429 aa  53.1  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0247  citrate synthase 2  26.58 
 
 		 368 aa  52.8  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.32184  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>