More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4144 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4144  citrate synthase  100 
 
 		 284 aa  577  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00479182  normal  0.482128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4959  citrate synthase  87.19 
 
 		 282 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4153  citrate synthase  65.33 
 
 		 284 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4041  citrate synthase  65.33 
 
 		 284 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8311  citrate synthase  70.19 
 
 		 277 aa  359  3e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4013  citrate synthase  61.31 
 
 		 274 aa  350  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2728  citrate synthase  66.15 
 
 		 255 aa  341  1e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3119  citrate synthase  64.84 
 
 		 254 aa  332  3e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199259  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1832  Citrate synthase  57.55 
 
 		 289 aa  298  5e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0399593  normal  0.514801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4159  citrate synthase  55.94 
 
 		 275 aa  267  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1379  citrate synthase  33.33 
 
 		 257 aa  149  4e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1039  citrate synthase  32.78 
 
 		 255 aa  142  8e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6294  citrate synthase  32.79 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2128  citrate synthase  30.47 
 
 		 286 aa  115  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4477  citrate synthase  33.33 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2009  citrate synthase  33.05 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.884105 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5653  citrate synthase  32.45 
 
 		 268 aa  99  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0675936  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1090  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  26.98 
 
 		 610 aa  97.4  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1351  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  26.81 
 
 		 610 aa  97.1  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1231  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  26.16 
 
 		 610 aa  97.1  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1306  ATP citrate lyase subunit 2  26.81 
 
 		 610 aa  97.1  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.205597  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1393  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  26.16 
 
 		 610 aa  95.5  8e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.025075  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1313  citrate synthase  31.33 
 
 		 262 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6289  citrate synthase  28.51 
 
 		 270 aa  92.4  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0447  Citrate synthase-like protein  29.69 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000621018  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1062  citrate lyase, subunit 2  25.72 
 
 		 610 aa  89.4  7e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6318  citrate synthase  27.67 
 
 		 249 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0797  citrate lyase, subunit 2  25.45 
 
 		 610 aa  86.3  6e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5380  citrate synthase  26.74 
 
 		 261 aa  85.5  9e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0837  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.87 
 
 		 378 aa  85.1  0.000000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.531649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0279  citrate synthase  31.02 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2221  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  30.47 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57744  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1523  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.14 
 
 		 379 aa  84.7  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4826  citrate synthase  27.24 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538489  normal  0.968705 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4823  citrate synthase  28.76 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4697  citrate synthase  32.92 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2027  citrate synthase 2  31.28 
 
 		 362 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0986  citrate synthase  32.13 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.879919 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1467  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  30.19 
 
 		 385 aa  80.5  0.00000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0316751  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0350  citrate synthase  29.6 
 
 		 391 aa  80.1  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1752  citrate synthase  29.58 
 
 		 373 aa  79.3  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.206255  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1786  citrate synthase  29.58 
 
 		 373 aa  79.3  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1194  citrate synthase  28.4 
 
 		 267 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1830  citrate synthase 2  31.11 
 
 		 362 aa  79  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.011311 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0799  citrate synthase  26.91 
 
 		 261 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3867  citrate synthase  28.93 
 
 		 259 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0398  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.03 
 
 		 377 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0419831  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4089  citrate synthase  30 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1252  Citrate (Si)-synthase  30.33 
 
 		 373 aa  76.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1258  citrate synthase  27.39 
 
 		 373 aa  75.9  0.0000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2628  citrate synthase  28.33 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2276  citrate synthase  30.77 
 
 		 380 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1572  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.05 
 
 		 380 aa  75.1  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02341  citrate synthase  27.66 
 
 		 375 aa  74.7  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4948  citrate synthase 2  34.55 
 
 		 364 aa  74.7  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.257238  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1377  citrate synthase  29.25 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1408  citrate synthase  29.25 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1202  Citrate (Si)-synthase  26.54 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138488  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1245  citrate synthase  29.26 
 
 		 374 aa  73.6  0.000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2413  citrate synthase  30.17 
 
 		 397 aa  73.6  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0663  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  31.43 
 
 		 373 aa  73.2  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.280152  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1528  citrate synthase  27.23 
 
 		 375 aa  73.2  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0349986  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1726  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  31.48 
 
 		 380 aa  72.8  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2450  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 373 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0697754  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2188  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 372 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.685723  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2125  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 372 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.306637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2348  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 372 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2315  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 373 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2367  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 373 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3010  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 373 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2376  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 372 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.151245  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0404  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.1 
 
 		 378 aa  72.4  0.000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2156  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 373 aa  72.4  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2111  citrate synthase 3  30.63 
 
 		 372 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2022  citrate synthase  28.33 
 
 		 267 aa  72.4  0.000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.275146  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3955  citrate synthase  36.62 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.999666  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1724  citrate synthase 3  29.55 
 
 		 372 aa  72  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.992858  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3036  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.81 
 
 		 382 aa  72  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1522  citrate synthase  25 
 
 		 370 aa  72  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.640515  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02359  type II citrate synthase  26.54 
 
 		 442 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0715  citrate synthase  27.4 
 
 		 355 aa  70.9  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2224  citrate synthase I  27.17 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6374  citrate synthase  31.47 
 
 		 413 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.154136 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0281  citrate synthase  26.56 
 
 		 378 aa  71.2  0.00000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.160338  normal  0.143922 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3065  citrate synthase  28.05 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01781  citrate synthase  27.64 
 
 		 378 aa  70.5  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.176216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2672  citrate synthase  28.05 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.530506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5753  Citrate synthase  33.66 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149777  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1600  citrate synthase  29.41 
 
 		 433 aa  70.1  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0781  citrate synthase  33.5 
 
 		 545 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3278  citrate synthase  27.2 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.312589  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3212  citrate synthase  28.97 
 
 		 427 aa  70.1  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.215147  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0903  citrate synthase  27.2 
 
 		 455 aa  69.7  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2713  citrate synthase  27.98 
 
 		 378 aa  69.7  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2141  Citrate (Si)-synthase  28.57 
 
 		 389 aa  69.7  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.636674  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2103  citrate synthase 2  31.43 
 
 		 364 aa  69.7  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01901  citrate synthase  28.51 
 
 		 381 aa  69.3  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0855  citrate synthase I  29.55 
 
 		 432 aa  68.9  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0328929  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2031  citrate (Si)-synthase  31.68 
 
 		 473 aa  68.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.602388  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0186  citrate synthase I  27.56 
 
 		 438 aa  69.3  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>