More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5653 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5653  citrate synthase  100 
 
 		 268 aa  528  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0675936  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4268  citrate synthase  53.6 
 
 		 265 aa  245  4.9999999999999997e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.245417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2009  citrate synthase  39.92 
 
 		 261 aa  179  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.884105 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1313  citrate synthase  39.53 
 
 		 262 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4477  citrate synthase  35.63 
 
 		 250 aa  165  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2022  citrate synthase  40.71 
 
 		 267 aa  163  3e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.275146  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4823  citrate synthase  37.19 
 
 		 261 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5380  citrate synthase  34.85 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4697  citrate synthase  39.41 
 
 		 259 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3867  citrate synthase  36.97 
 
 		 259 aa  149  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6318  citrate synthase  33.86 
 
 		 249 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1194  citrate synthase  39.83 
 
 		 267 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0799  citrate synthase  34.52 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4677  citrate synthase  37.25 
 
 		 257 aa  139  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4946  citrate synthase  39.57 
 
 		 252 aa  135  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.094047  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0986  citrate synthase  37.6 
 
 		 259 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.879919 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0045  citrate synthase  38.14 
 
 		 286 aa  132  5e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1379  citrate synthase  33.2 
 
 		 257 aa  129  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2128  citrate synthase  33.47 
 
 		 286 aa  128  9.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1039  citrate synthase  33.6 
 
 		 255 aa  118  7.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6294  citrate synthase  33.76 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4144  citrate synthase  32.45 
 
 		 284 aa  108  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00479182  normal  0.482128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4959  citrate synthase  32.42 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2728  citrate synthase  32.92 
 
 		 255 aa  105  7e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4041  citrate synthase  33.33 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4153  citrate synthase  33.33 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1832  Citrate synthase  34.82 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0399593  normal  0.514801 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4013  citrate synthase  32.3 
 
 		 274 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3119  citrate synthase  30.93 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4826  citrate synthase  28.22 
 
 		 271 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538489  normal  0.968705 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6289  citrate synthase  27.8 
 
 		 270 aa  85.9  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8311  citrate synthase  30.8 
 
 		 277 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4159  citrate synthase  33.63 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0447  Citrate synthase-like protein  30.73 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000621018  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1090  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  29.09 
 
 		 610 aa  72.4  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2221  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.63 
 
 		 377 aa  70.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.57744  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0723  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.64 
 
 		 382 aa  69.7  0.00000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517524  normal  0.584309 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2713  citrate synthase  27.62 
 
 		 378 aa  68.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1351  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  28.18 
 
 		 610 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01791  citrate synthase  29.02 
 
 		 381 aa  67  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.209294  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1393  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  27.85 
 
 		 610 aa  66.6  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.025075  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0163  citrate synthase  28.57 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.292022  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01811  citrate synthase  28.57 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02719  methylcitrate synthase  30.35 
 
 		 384 aa  65.9  0.0000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.966086  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3029  methylcitrate synthase  28.36 
 
 		 385 aa  66.2  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0279  citrate synthase  29.6 
 
 		 396 aa  65.9  0.0000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1252  Citrate (Si)-synthase  30.24 
 
 		 373 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1726  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.27 
 
 		 380 aa  65.5  0.0000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1231  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  27.57 
 
 		 610 aa  65.1  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1306  ATP citrate lyase subunit 2  27.57 
 
 		 610 aa  64.7  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.205597  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0281  citrate synthase  27.27 
 
 		 378 aa  64.7  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.160338  normal  0.143922 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0404  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.85 
 
 		 378 aa  64.3  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0663  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.65 
 
 		 373 aa  64.3  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.280152  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1063  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.27 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0797  citrate lyase, subunit 2  27.57 
 
 		 610 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0878  methylcitrate synthase  25.5 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1165  methylcitrate synthase  25.5 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1869  methylcitrate synthase  25.5 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2081  methylcitrate synthase  28.22 
 
 		 404 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.847456  normal  0.17968 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1737  methylcitrate synthase  25.5 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0289  methylcitrate synthase  25.5 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0383  methylcitrate synthase  25.5 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679335  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2142  methylcitrate synthase  25.5 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02341  citrate synthase  28.71 
 
 		 375 aa  63.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01781  citrate synthase  28.57 
 
 		 378 aa  63.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.176216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4723  methylcitrate synthase  26.32 
 
 		 375 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0072  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.64 
 
 		 372 aa  63.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0621  methylcitrate synthase  29.35 
 
 		 383 aa  63.2  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01901  citrate synthase  29.02 
 
 		 381 aa  62.8  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1408  citrate synthase  28.1 
 
 		 386 aa  62.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2413  citrate synthase  29.15 
 
 		 397 aa  62.8  0.000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1377  citrate synthase  28.1 
 
 		 386 aa  62.8  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2276  citrate synthase  26.23 
 
 		 380 aa  62.4  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1665  citrate synthase  30.48 
 
 		 378 aa  62.4  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1809  methylcitrate synthase  26.37 
 
 		 384 aa  62.4  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1062  citrate lyase, subunit 2  28.04 
 
 		 610 aa  62.4  0.000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2188  methylcitrate synthase  25 
 
 		 390 aa  62  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1528  citrate synthase  28.23 
 
 		 375 aa  61.6  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0349986  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1347  methylcitrate synthase  30.92 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26517  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0398  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.4 
 
 		 377 aa  61.2  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0419831  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1476  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.25 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.644774  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23220  methylcitrate synthase  26.24 
 
 		 387 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4451  methylcitrate synthase  29 
 
 		 384 aa  60.8  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.230042  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1467  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.34 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0316751  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0404  methylcitrate synthase  24.14 
 
 		 389 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3511  methylcitrate synthase  28.16 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.106101 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0421  methylcitrate synthase  24.14 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0258062 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3273  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.14 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0409  methylcitrate synthase  24.14 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000027346 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0401  methylcitrate synthase  24.14 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.600733  hitchhiker  0.00000000076827 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2188  citrate synthase 3  27.1 
 
 		 372 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.685723  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2125  citrate synthase 3  27.1 
 
 		 372 aa  60.1  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.306637  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00291  hypothetical protein  24.14 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2348  citrate synthase 3  27.1 
 
 		 372 aa  60.1  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0357  methylcitrate synthase  24.14 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0398  methylcitrate synthase  24.14 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0463  methylcitrate synthase  24.14 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000165686  hitchhiker  0.000000131062 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3292  methylcitrate synthase  24.14 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  28.64 
 
 		 375 aa  60.1  0.00000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53950  methylcitrate synthase  25.44 
 
 		 375 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282102  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>