201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2563 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2734  response regulator transcription regulator protein  93.33 
 
 		 345 aa  681    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2563  response regulator receiver protein  100 
 
 		 345 aa  718    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.232124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2973  response regulator receiver protein  99.42 
 
 		 345 aa  713    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2827  response regulator receiver  65.4 
 
 		 348 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2966  response regulator receiver domain-containing protein  64.72 
 
 		 349 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0017  response regulator receiver domain-containing protein  37.31 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.93116 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2788  hypothetical protein  32.34 
 
 		 341 aa  175  8e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2657  hypothetical protein  32.34 
 
 		 341 aa  175  8e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4504  response regulator receiver protein  28.41 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0823  response regulator receiver domain-containing protein  28.52 
 
 		 320 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.526034 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7079  response regulator receiver domain-containing protein  29.09 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4047  response regulator receiver domain-containing protein  34.55 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5019  response regulator receiver domain-containing protein  28.96 
 
 		 328 aa  96.7  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.618067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3514  response regulator receiver protein  30 
 
 		 342 aa  95.9  8e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4354  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 328 aa  92.8  8e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.508618 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4404  response regulator receiver domain-containing protein  23.62 
 
 		 328 aa  69.7  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1005  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 646 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.442988  decreased coverage  0.0000217029 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  28.95 
 
 		 303 aa  54.7  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1135  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.75 
 
 		 227 aa  52.8  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1587  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.34 
 
 		 292 aa  52.4  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.522901  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0692  response regulator receiver domain-containing protein  36.96 
 
 		 390 aa  50.8  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  38.96 
 
 		 460 aa  50.4  0.00004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.29 
 
 		 1808 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  36.49 
 
 		 323 aa  50.1  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.98 
 
 		 765 aa  49.7  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.2 
 
 		 1081 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1974  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  31.58 
 
 		 223 aa  48.9  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.667108 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26830  putative two-component response regulator  34.23 
 
 		 303 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2273  putative two-component response regulator  43.04 
 
 		 304 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.438912  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.07 
 
 		 232 aa  48.1  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3430  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.89 
 
 		 231 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00878  two-component response regulator  31.4 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1534  response regulator receiver protein  37.11 
 
 		 439 aa  48.5  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3376  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 242 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7223  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  46.43 
 
 		 473 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.58817  normal  0.218696 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1287  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 		 570 aa  47.4  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3042  two-component response regulator  29.31 
 
 		 228 aa  47.4  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.330896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0360  response regulator receiver protein  30.3 
 
 		 204 aa  47.4  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000726536 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0378  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 204 aa  47.4  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3869  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 301 aa  47  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2259  response regulator receiver modulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.63 
 
 		 582 aa  46.6  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0983279 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1740  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 		 225 aa  46.6  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000204942  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 315 aa  46.6  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2368  putative PAS/PAC sensor protein  40.68 
 
 		 270 aa  46.6  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 		 771 aa  46.6  0.0006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.84298 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3478  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 450 aa  46.6  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0795  putative PAS/PAC sensor protein  31.37 
 
 		 458 aa  46.6  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0670898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3585  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 306 aa  46.6  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.295986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  30.15 
 
 		 236 aa  46.2  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 		 641 aa  46.2  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 		 1111 aa  46.2  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3072  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  25.33 
 
 		 353 aa  46.2  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000480818 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2727  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 380 aa  45.8  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.700678  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4068  response regulator receiver  34.15 
 
 		 377 aa  45.8  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.706307  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 317 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3199  response regulator receiver protein  37.21 
 
 		 126 aa  45.8  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.353432 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5575  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.64 
 
 		 472 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5939  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.64 
 
 		 472 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.862183 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 317 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6441  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  44.64 
 
 		 470 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0044  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.84 
 
 		 238 aa  46.2  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.164674  normal  0.0215513 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1432  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.71 
 
 		 407 aa  45.8  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2699  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 446 aa  46.2  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.112792  normal  0.0892885 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0309  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 657 aa  45.8  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0950  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.75 
 
 		 238 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0563  response regulator  32.38 
 
 		 225 aa  44.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0662  response regulator receiver (CheY) and GAF modulated Serine phosphatase  30.47 
 
 		 557 aa  45.1  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00161844  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 		 901 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.180969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2350  putative PAS/PAC sensor protein  34.48 
 
 		 450 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0335  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  40.32 
 
 		 980 aa  44.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.376364  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1385  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.62 
 
 		 460 aa  45.1  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  30.43 
 
 		 456 aa  44.7  0.002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003062  DNA-binding response regulator  34.52 
 
 		 225 aa  44.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0792  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.98 
 
 		 331 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3231  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.98 
 
 		 331 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.75 
 
 		 227 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2547  response regulator receiver protein  35 
 
 		 395 aa  44.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  39.51 
 
 		 1335 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 315 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3325  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.46 
 
 		 667 aa  44.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.51 
 
 		 753 aa  44.7  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.20268 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 		 1426 aa  45.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0458  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 229 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396749 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 305 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04920  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  30 
 
 		 222 aa  45.1  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2038  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  29.41 
 
 		 554 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0938493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2855  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000952101  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5905  two-component response regulator  25.57 
 
 		 462 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 		 783 aa  44.3  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0445794 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 		 1714 aa  44.3  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1435  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 445 aa  44.3  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0274365  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0093  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.53 
 
 		 232 aa  44.3  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2880  two-component response regulator  35.48 
 
 		 449 aa  44.3  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00422534  decreased coverage  0.000115305 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1569  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  30.53 
 
 		 452 aa  44.3  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0997  response regulator receiver protein  33.72 
 
 		 126 aa  44.3  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.863025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2382  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 359 aa  44.3  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0097  hypothetical protein  32.79 
 
 		 230 aa  43.9  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0268047  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3274  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 467 aa  43.9  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0921  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.44 
 
 		 378 aa  43.9  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0458  response regulator receiver protein  31.34 
 
 		 384 aa  43.9  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>