212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2966 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2827  response regulator receiver  87.57 
 
 		 348 aa  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2966  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 349 aa  727    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2734  response regulator transcription regulator protein  65.01 
 
 		 345 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2973  response regulator receiver protein  64.72 
 
 		 345 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2563  response regulator receiver protein  64.72 
 
 		 345 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.232124 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0017  response regulator receiver domain-containing protein  36.36 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.93116 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2788  hypothetical protein  33.44 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2657  hypothetical protein  33.44 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7079  response regulator receiver domain-containing protein  31.32 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4504  response regulator receiver protein  29.48 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0823  response regulator receiver domain-containing protein  29.03 
 
 		 320 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.526034 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4047  response regulator receiver domain-containing protein  35.63 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5019  response regulator receiver domain-containing protein  33.14 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.618067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4354  response regulator receiver protein  30.46 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.508618 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3514  response regulator receiver protein  32.95 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4404  response regulator receiver domain-containing protein  22.98 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  36.59 
 
 		 303 aa  53.1  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3376  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.04 
 
 		 242 aa  53.1  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 317 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 317 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0962  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 304 aa  50.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0640  two component LuxR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 269 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1005  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 646 aa  50.1  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.442988  decreased coverage  0.0000217029 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1534  response regulator receiver protein  50 
 
 		 439 aa  50.1  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1969  two component LuxR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 199 aa  49.7  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0986563 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0715  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 442 aa  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0889351  normal  0.39603 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 		 473 aa  49.3  0.00009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.753978 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00878  two-component response regulator  39.19 
 
 		 298 aa  49.3  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3794  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 		 376 aa  49.3  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0277983  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1485  response regulator receiver  30.43 
 
 		 235 aa  49.3  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.236897  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 207 aa  48.9  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  45 
 
 		 1714 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.53 
 
 		 251 aa  48.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1802  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.67 
 
 		 232 aa  48.5  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.150286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 310 aa  48.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2984  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  36.99 
 
 		 295 aa  48.1  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 203 aa  48.5  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2130  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 442 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.558101  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2541  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 438 aa  47.8  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.281957  normal  0.250281 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0846  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  32.5 
 
 		 384 aa  47.8  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.124492  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1808 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  34.17 
 
 		 570 aa  47  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26830  putative two-component response regulator  30.61 
 
 		 303 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2964  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 441 aa  47.4  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210387  normal  0.108805 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3585  two component LuxR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 306 aa  47.4  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.295986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0044  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.38 
 
 		 238 aa  47  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.164674  normal  0.0215513 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4068  response regulator receiver  35.8 
 
 		 377 aa  47  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.706307  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0642  putative PAS/PAC sensor protein  43.64 
 
 		 401 aa  47  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.201186  normal  0.0191068 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0183  response regulator receiver protein  28.12 
 
 		 385 aa  47  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.06 
 
 		 1081 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1432  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.72 
 
 		 407 aa  46.6  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2717  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.11 
 
 		 720 aa  46.6  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00595541 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25160  response regulator  31.03 
 
 		 356 aa  46.6  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2304  response regulator receiver (CheY-like) modulated CheB methylesterase  22.81 
 
 		 360 aa  46.6  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5003  response regulator receiver modulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.67 
 
 		 554 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 208 aa  46.6  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1462  putative alkyl-dihydroxyacetone phosphate synthase  26.61 
 
 		 433 aa  46.6  0.0006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.836146  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  33.33 
 
 		 205 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2350  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 		 450 aa  46.2  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3782  response regulator receiver  28.15 
 
 		 297 aa  46.6  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 205 aa  46.2  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0093  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.62 
 
 		 232 aa  46.2  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 445 aa  46.2  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0399  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  30.23 
 
 		 384 aa  46.2  0.0008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1371  response regulator receiver modulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.67 
 
 		 582 aa  46.2  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.858891  normal  0.520575 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21090  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  36.71 
 
 		 231 aa  46.2  0.0008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.664911  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  31.17 
 
 		 229 aa  46.2  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2259  response regulator receiver modulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.82 
 
 		 582 aa  46.2  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0983279 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0458  response regulator receiver protein  30.23 
 
 		 384 aa  45.8  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2721  DNA-binding response regulator  31.11 
 
 		 233 aa  45.8  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 322 aa  45.8  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 330 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1649  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 550 aa  45.8  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.181327  normal  0.670777 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1135  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 227 aa  45.8  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 277 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1525  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 		 813 aa  46.2  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 277 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3537  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.63 
 
 		 237 aa  45.4  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.555413 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2814  two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 240 aa  45.8  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  38.33 
 
 		 542 aa  45.1  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 232 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.9 
 
 		 511 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 278 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4814  histidine kinase  31.33 
 
 		 919 aa  44.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00150972  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.35 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18020  sigma54-dependent response regulator of C4 dicarboxylate transport, two component; DctD  31.86 
 
 		 446 aa  45.1  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266513  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3169  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 		 444 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.254755  normal  0.187976 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  40.85 
 
 		 230 aa  45.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1461  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 445 aa  45.4  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0783973  normal  0.675596 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00070  Two-component system response regulator RpfG  34.88 
 
 		 353 aa  45.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0844737  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1587  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.68 
 
 		 292 aa  45.1  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.522901  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 		 1439 aa  45.4  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131363  normal  0.44536 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 450 aa  45.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3366  DNA-binding response regulator  30.09 
 
 		 225 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.166078  hitchhiker  0.00000000000000126215 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 		 383 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0805  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 442 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.98 
 
 		 224 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0402  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.82 
 
 		 241 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1946  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.82 
 
 		 220 aa  45.1  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6387  response regulator receiver modulated FAD- dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.88 
 
 		 565 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.958979  normal  0.0107564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>