More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1485 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1485  response regulator receiver  100 
 
 		 235 aa  475  1e-133  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.236897  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  46.7 
 
 		 227 aa  211  7.999999999999999e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 229 aa  209  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4011  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.3 
 
 		 236 aa  209  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0268606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.65 
 
 		 230 aa  205  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 		 229 aa  202  3e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0707  two component transcriptional regulator  46.9 
 
 		 227 aa  202  4e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.598521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.53 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.02 
 
 		 235 aa  201  8e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  43.56 
 
 		 229 aa  201  9e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.52 
 
 		 231 aa  200  9.999999999999999e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4718  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  46.7 
 
 		 239 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.220817 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5185  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  46.7 
 
 		 234 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.809056 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5257  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.26 
 
 		 234 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 227 aa  200  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 236 aa  199  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.88 
 
 		 225 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 226 aa  198  6e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 230 aa  198  6e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 230 aa  198  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 		 233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1491  two component transcriptional regulator  46.19 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00391258 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 231 aa  196  3e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1846  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 226 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 		 229 aa  195  5.000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 		 226 aa  195  6e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 229 aa  194  8.000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2339  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 231 aa  194  9e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  44.55 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1930  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 233 aa  194  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 272 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 226 aa  193  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.49 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0653  two-component response regulator PhoB  43.72 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.131558  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3042  two-component response regulator  38.84 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.330896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2513  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.55 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0415  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.13 
 
 		 231 aa  192  3e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.42 
 
 		 231 aa  192  4e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 233 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.08 
 
 		 227 aa  192  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 239 aa  191  7e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 		 227 aa  191  7e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  39.92 
 
 		 239 aa  191  7e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 226 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0183  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  46.9 
 
 		 227 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  46.9 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  42.67 
 
 		 239 aa  191  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.4 
 
 		 235 aa  190  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7423  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  45.29 
 
 		 234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  42.54 
 
 		 230 aa  188  7e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6685  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 227 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  46.9 
 
 		 252 aa  186  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5611  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.04 
 
 		 235 aa  186  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.736991 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0467  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 230 aa  187  2e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1572  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000784208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2550  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2631  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0653315 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  45.58 
 
 		 227 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 229 aa  186  4e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 		 228 aa  186  4e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 		 230 aa  185  4e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.77 
 
 		 231 aa  185  4e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  45.54 
 
 		 265 aa  185  5e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.78 
 
 		 236 aa  185  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 229 aa  185  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0124  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 227 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.352403 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 236 aa  184  9e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1694  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.88 
 
 		 236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000906935 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2671  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.93 
 
 		 243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  41.33 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.17 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.89 
 
 		 240 aa  183  3e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.61 
 
 		 228 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0821  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  hitchhiker  0.00503775 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.85 
 
 		 238 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0880  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 236 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1924  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 230 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.399122 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  42.67 
 
 		 227 aa  181  6e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 233 aa  181  6e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.23 
 
 		 237 aa  181  7e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>