More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3199 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3199  response regulator receiver protein  100 
 
 		 126 aa  256  7e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.353432 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0997  response regulator receiver protein  88.62 
 
 		 126 aa  224  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.863025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  45 
 
 		 236 aa  98.2  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2675  DNA-binding response regulator  45.38 
 
 		 224 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0180828  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2673  DNA-binding response regulator  44.54 
 
 		 224 aa  94.7  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.9 
 
 		 236 aa  94.4  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2492  two component transcriptional regulator  44.54 
 
 		 224 aa  92  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.22217  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 224 aa  92.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2725  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 226 aa  92  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0716975  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 224 aa  92  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4990  two component transcriptional regulator  47.24 
 
 		 228 aa  90.9  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.866601  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1103  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.74 
 
 		 227 aa  89.7  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1846  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.32 
 
 		 226 aa  89.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2637  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.59 
 
 		 227 aa  90.1  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 228 aa  88.6  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2749  response regulator receiver domain-containing protein  42.16 
 
 		 436 aa  89.4  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 224 aa  89.4  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.61 
 
 		 225 aa  89  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  39.17 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 230 aa  88.6  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  41.94 
 
 		 225 aa  87.4  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.81 
 
 		 1049 aa  87.4  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1482  CheA signal transduction histidine kinases  40 
 
 		 734 aa  87.4  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 236 aa  87.4  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 236 aa  87  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0986  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.57 
 
 		 433 aa  87  8e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0645349  normal  0.624976 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0251  response regulator receiver protein  36.75 
 
 		 126 aa  87  8e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.102048 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1941  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 		 156 aa  86.3  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 235 aa  86.3  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1814  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 		 566 aa  86.3  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000267062 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09580  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.83 
 
 		 244 aa  86.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.132168 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.84 
 
 		 233 aa  85.9  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2404  response regulator receiver protein  41.9 
 
 		 119 aa  85.5  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.190427 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1802  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 232 aa  85.5  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.150286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0751  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 236 aa  85.9  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.92 
 
 		 231 aa  85.9  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0722  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 228 aa  84.7  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0335  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  41.58 
 
 		 980 aa  85.1  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.376364  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  44.88 
 
 		 228 aa  85.1  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.32 
 
 		 232 aa  85.5  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2161  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  40.65 
 
 		 1020 aa  85.1  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0428251  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 227 aa  85.1  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 228 aa  84.7  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.9 
 
 		 236 aa  84.3  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  40.48 
 
 		 229 aa  84.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  41.38 
 
 		 230 aa  84.3  5e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.38 
 
 		 239 aa  84.3  5e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.857083 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  41.38 
 
 		 229 aa  84.3  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1572  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 225 aa  84.3  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000784208  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0640  response regulator receiver protein  40.2 
 
 		 123 aa  84.3  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 		 437 aa  84.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  84.3  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 228 aa  84.3  6e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0515  response regulator receiver protein  32.69 
 
 		 120 aa  84  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.163432  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0631  response regulator receiver protein  40.2 
 
 		 123 aa  84  7e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0130  response regulator receiver  34.62 
 
 		 121 aa  84  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  41.38 
 
 		 229 aa  84  7e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 229 aa  84  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.53 
 
 		 238 aa  83.6  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  44.63 
 
 		 230 aa  83.2  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2194  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.5 
 
 		 452 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.514859 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0793  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.27 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 121 aa  82.8  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0188  two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00347389  normal  0.0545477 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1271  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.29 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1276  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.24 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.114994 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  38.14 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 236 aa  82.8  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2476  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210757  normal  0.512741 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0235  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4952  putative two-component response regulator  45.45 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2712  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 		 414 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0606  response regulator receiver domain-containing protein  39.22 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 272 aa  82  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2318  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 225 aa  82  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.642935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0730  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.17 
 
 		 259 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.762765  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5118  CheA signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 707 aa  82.8  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.179318  normal  0.034812 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  39.67 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  39.5 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0489  response regulator receiver  35.29 
 
 		 121 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.646514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1612  two component transcriptional regulator  43.8 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00249249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.29 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1005  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000255449  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 271 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.74 
 
 		 230 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2044  response regulator receiver protein  34.15 
 
 		 123 aa  81.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0300859  normal  0.405857 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  41.13 
 
 		 239 aa  81.3  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0650  response regulator receiver protein  38.24 
 
 		 123 aa  81.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.438565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  39.17 
 
 		 230 aa  80.9  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 223 aa  80.9  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1098  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.29 
 
 		 228 aa  80.9  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2867  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 233 aa  81.3  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0653  two-component response regulator PhoB  39.32 
 
 		 230 aa  80.9  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.131558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>