More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3042 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3042  two-component response regulator  100 
 
 
228 aa  459  9.999999999999999e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.330896  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5611  two component transcriptional regulator, winged helix family  60 
 
 
235 aa  302  2.0000000000000002e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.736991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4011  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.83 
 
 
236 aa  300  1e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0268606  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  57.85 
 
 
229 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  53.33 
 
 
227 aa  259  3e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01810  transcriptional regulatory protein  52.7 
 
 
226 aa  251  9.000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.18 
 
 
227 aa  244  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2671  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 
243 aa  217  1e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.91 
 
 
228 aa  201  7e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  48.05 
 
 
239 aa  196  3e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  48.05 
 
 
239 aa  196  3e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.95 
 
 
231 aa  195  5.000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.3 
 
 
235 aa  195  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.58 
 
 
223 aa  195  6e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  44.16 
 
 
239 aa  194  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1485  response regulator receiver  38.84 
 
 
235 aa  193  2e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.236897  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 
228 aa  192  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 
227 aa  188  5e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  41 
 
 
238 aa  186  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 
236 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 
239 aa  185  4e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 
232 aa  185  4e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 
230 aa  185  5e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 
232 aa  185  5e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 
236 aa  185  7e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.79 
 
 
226 aa  184  7e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 
234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 
233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 
236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  45.02 
 
 
239 aa  181  6e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 
237 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 
231 aa  180  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 
237 aa  178  5.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 
235 aa  178  7e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 
229 aa  178  8e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  42.04 
 
 
235 aa  177  9e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  41.67 
 
 
235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  41.67 
 
 
235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  41.67 
 
 
235 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  41.67 
 
 
235 aa  177  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  41.67 
 
 
235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  41.67 
 
 
235 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  41.67 
 
 
235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  41.67 
 
 
235 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 
235 aa  177  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 
243 aa  176  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 
230 aa  175  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 
229 aa  175  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  40.44 
 
 
228 aa  175  4e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.11 
 
 
238 aa  175  5e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2497  DNA-binding response regulator  40.44 
 
 
228 aa  175  6e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.81 
 
 
230 aa  174  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 
226 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2990  two component transcriptional regulator  40 
 
 
230 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.140246 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0227  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  40.87 
 
 
236 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 
230 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  39.65 
 
 
233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 
272 aa  173  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  40.77 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 
226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  40.77 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  40.77 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  40.77 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  40.77 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 
235 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  40.77 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.92 
 
 
237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  41.41 
 
 
233 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  41.41 
 
 
233 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 
229 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  41.41 
 
 
233 aa  171  5.999999999999999e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1399  two component transcriptional regulator  41.6 
 
 
238 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.129694  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  40.34 
 
 
239 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40.43 
 
 
231 aa  171  6.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 
241 aa  171  6.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1580  response regulator receiver  39.57 
 
 
241 aa  171  6.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1546  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 
237 aa  171  7.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000115937  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  40.6 
 
 
241 aa  170  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  40.36 
 
 
223 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 
224 aa  170  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 
230 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 
223 aa  170  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1531  DNA-binding response regulator ResD  40.76 
 
 
238 aa  169  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 
223 aa  170  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  39.91 
 
 
223 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 
223 aa  170  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  40.34 
 
 
239 aa  169  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 
239 aa  170  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3429  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 
233 aa  170  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0608192  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 
231 aa  170  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3814  DNA-binding response regulator ResD  40.76 
 
 
238 aa  169  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  3.95849e-16 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  39.21 
 
 
235 aa  169  2e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  40.34 
 
 
239 aa  169  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  39.91 
 
 
235 aa  170  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1491  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 
236 aa  170  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00391258 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 
223 aa  170  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  37.17 
 
 
229 aa  170  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1359  response regulator  40.76 
 
 
238 aa  169  3e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0319788  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1637  DNA-binding response regulator ResD  40.76 
 
 
250 aa  169  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0246031  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1497  DNA-binding response regulator ResD  40.76 
 
 
238 aa  169  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.862661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>