68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0650 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0650  peptidase A24A, prepilin type IV  100 
 
 		 167 aa  312  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.976184  normal  0.159004 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0594  peptidase A24A prepilin type IV  59.44 
 
 		 181 aa  193  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.833394  normal  0.232129 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2641  peptidase A24A, prepilin type IV  58.38 
 
 		 190 aa  176  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6289  peptidase A24A, prepilin type IV  48.02 
 
 		 180 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00506337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6375  peptidase A24A prepilin type IV  46.89 
 
 		 179 aa  124  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.942875  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5993  peptidase A24A prepilin type IV  47.46 
 
 		 179 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.363598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7204  peptidase A24A, prepilin type IV  46.07 
 
 		 180 aa  122  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.119785  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5318  peptidase A24A prepilin type IV  47.06 
 
 		 178 aa  122  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.857567  hitchhiker  0.00150352 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2265  peptidase, putative  47.7 
 
 		 179 aa  120  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5501  peptidase A24A, prepilin type IV  45.76 
 
 		 179 aa  120  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6787  peptidase A24A, prepilin type IV  45.76 
 
 		 179 aa  120  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.2471 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3082  peptidase A24A, prepilin type IV  49.11 
 
 		 204 aa  120  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1308  type IV prepilin peptidase-like protein  49.11 
 
 		 179 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2957  peptidase A24A, prepilin type IV  49.11 
 
 		 179 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4612  peptidase A24A prepilin type IV  44.51 
 
 		 178 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.386766 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2546  peptidase A24A, prepilin type IV  43.42 
 
 		 192 aa  104  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.190975  normal  0.0487377 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0550  peptidase A24A prepilin type IV  42.14 
 
 		 179 aa  91.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0790  peptidase A24A, prepilin type IV  36.36 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1114  peptidase A24A, prepilin type IV  38.46 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1170  peptidase A24A prepilin type IV  36.78 
 
 		 189 aa  70.5  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000146911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1517  peptidase A24A prepilin type IV  34.71 
 
 		 194 aa  66.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0657  prepilin peptidase transmembrane protein  40.88 
 
 		 172 aa  65.1  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.6385  normal  0.502412 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0796  peptidase A24A prepilin type IV  32.08 
 
 		 183 aa  63.9  0.0000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2111  peptidase A24A, prepilin type IV  32.69 
 
 		 167 aa  58.9  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2321  peptidase A24A prepilin type IV  32.92 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2358  hypothetical protein  33.94 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1526  peptidase A24A, prepilin type IV  32.62 
 
 		 157 aa  52.4  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1143  type IV prepilin leader peptidase  32.7 
 
 		 300 aa  51.6  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00336201  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1491  peptidase A24A, prepilin type IV  36.29 
 
 		 187 aa  52  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1036  peptidase A24A prepilin type IV  37.66 
 
 		 159 aa  51.6  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2480  peptidase A24A prepilin type IV  28.82 
 
 		 177 aa  51.6  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000139077 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3004  peptidase A24A prepilin type IV  38.26 
 
 		 151 aa  50.8  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1819  peptidase A24A prepilin type IV  38.37 
 
 		 218 aa  50.8  0.000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.554319  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4355  peptidase A24A prepilin type IV  31.33 
 
 		 183 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4245  peptidase A24A prepilin type IV  31.33 
 
 		 183 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.501953  normal  0.336859 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0333  peptidase A24A, prepilin type IV  31.3 
 
 		 175 aa  48.9  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1362  type IV prepilin leader peptidase family protein  29.59 
 
 		 255 aa  49.3  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000297795  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0512  peptidase A24A prepilin type IV  26.27 
 
 		 167 aa  47  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000304579  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4658  peptidase A24A, prepilin type IV  38.16 
 
 		 164 aa  47  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000621846  hitchhiker  0.00310528 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1091  prepilin peptidase transmembrane protein  41 
 
 		 168 aa  46.2  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.293448  normal  0.553573 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1440  peptidase A24A prepilin type IV  38.1 
 
 		 165 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.609911  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1484  peptidase A24A prepilin type IV  31.43 
 
 		 147 aa  45.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2743  peptidase A24A prepilin type IV  36.76 
 
 		 196 aa  45.1  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1518  peptidase A24A, prepilin type IV  35.53 
 
 		 164 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000376133  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1494  peptidase A24A prepilin type IV  35.53 
 
 		 164 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000768093  hitchhiker  0.0000106849 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2131  prepilin peptidase  45.1 
 
 		 302 aa  43.9  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0721  peptidase A24A prepilin type IV  31.33 
 
 		 174 aa  43.9  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1038  peptidase A24A, prepilin type IV  35.53 
 
 		 164 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000360772  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1173  peptidase A24A domain-containing protein  30.77 
 
 		 244 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000679312  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0545  prepilin peptidase CpaA  40.85 
 
 		 142 aa  43.5  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2362  peptidase A24A, prepilin type IV  37.14 
 
 		 194 aa  43.5  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.849023  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3768  peptidase A24A domain protein  29.06 
 
 		 250 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.878052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1026  peptidase A24A domain protein  31.15 
 
 		 254 aa  43.1  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.725257  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2081  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  37.84 
 
 		 293 aa  42.4  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.587572 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2374  hypothetical protein  29.76 
 
 		 191 aa  42  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2010  peptidase A24A prepilin type IV  32.93 
 
 		 188 aa  41.6  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.516572  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4222  Prepilin peptidase  42.19 
 
 		 321 aa  41.2  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2368  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  33.72 
 
 		 283 aa  41.2  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.66665  normal  0.125964 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2683  prepilin peptidase  41.18 
 
 		 291 aa  41.6  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000151009  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1786  peptidase A24A, prepilin type IV  35.05 
 
 		 166 aa  41.2  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1293  peptidase, putative  35.05 
 
 		 166 aa  41.2  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1051  peptidase A24A, prepilin type IV  35.05 
 
 		 166 aa  41.2  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.192261  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0114  putative peptidase  35.05 
 
 		 166 aa  41.2  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.619912  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1781  putative peptidase  35.05 
 
 		 166 aa  41.2  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0062  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  32.79 
 
 		 299 aa  40.8  0.008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000282125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1400  peptidase A24A, prepilin type IV  34.04 
 
 		 166 aa  40.8  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174968  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7226  peptidase A24A prepilin type IV  37.76 
 
 		 187 aa  40.8  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355125  normal  0.22284 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04888  type IV prepilin peptidase  30.47 
 
 		 287 aa  40.4  0.01  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.528237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>