46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4355 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4355  peptidase A24A prepilin type IV  100 
 
 		 183 aa  352  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4245  peptidase A24A prepilin type IV  100 
 
 		 183 aa  352  2e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.501953  normal  0.336859 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1091  prepilin peptidase transmembrane protein  73.1 
 
 		 168 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.293448  normal  0.553573 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2318  peptidase A24A prepilin type IV  35.88 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20935 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5406  peptidase A24A, prepilin type IV  39.86 
 
 		 166 aa  76.3  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2074  peptidase A24A prepilin type IV  36.61 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.672296  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1440  peptidase A24A prepilin type IV  33.57 
 
 		 165 aa  70.9  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.609911  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4443  peptidase A24A prepilin type IV  40.19 
 
 		 165 aa  66.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1735  peptidase A24A prepilin type IV  33.81 
 
 		 165 aa  64.3  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000711664  hitchhiker  0.0000368667 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1518  peptidase A24A, prepilin type IV  33.33 
 
 		 164 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000376133  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1494  peptidase A24A prepilin type IV  33.33 
 
 		 164 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000768093  hitchhiker  0.0000106849 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1038  peptidase A24A, prepilin type IV  33.33 
 
 		 164 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000360772  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4612  peptidase A24A prepilin type IV  32.67 
 
 		 178 aa  62  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.386766 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0550  peptidase A24A prepilin type IV  30.73 
 
 		 179 aa  62  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2545  peptidase, putative  36.11 
 
 		 166 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.316658  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1650  peptidase A24A prepilin type IV  32.03 
 
 		 166 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.315486  normal  0.814556 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1293  peptidase, putative  32.08 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1051  peptidase A24A, prepilin type IV  32.08 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.192261  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1786  peptidase A24A, prepilin type IV  32.08 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1765  peptidase A24A, prepilin type IV  32.08 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1938  hypothetical protein  32.08 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0398561  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0114  putative peptidase  32.08 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.619912  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1781  putative peptidase  32.08 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2546  peptidase A24A, prepilin type IV  45.21 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.190975  normal  0.0487377 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4658  peptidase A24A, prepilin type IV  31.29 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000621846  hitchhiker  0.00310528 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5993  peptidase A24A prepilin type IV  32.16 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.363598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6289  peptidase A24A, prepilin type IV  32.16 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00506337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1400  peptidase A24A, prepilin type IV  32.89 
 
 		 166 aa  54.3  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.174968  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1517  peptidase A24A prepilin type IV  39.76 
 
 		 194 aa  50.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0594  peptidase A24A prepilin type IV  41.46 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.833394  normal  0.232129 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1491  peptidase A24A, prepilin type IV  30.9 
 
 		 187 aa  47.4  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5318  peptidase A24A prepilin type IV  27.11 
 
 		 178 aa  46.6  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.857567  hitchhiker  0.00150352 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1170  peptidase A24A prepilin type IV  32 
 
 		 189 aa  46.6  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000146911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0650  peptidase A24A, prepilin type IV  31.33 
 
 		 167 aa  45.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.976184  normal  0.159004 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2265  peptidase, putative  31.71 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1335  peptidase A24A, prepilin type IV  30.36 
 
 		 209 aa  45.1  0.0006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.936907  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2641  peptidase A24A, prepilin type IV  33.72 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0796  peptidase A24A prepilin type IV  30.25 
 
 		 183 aa  44.3  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2480  peptidase A24A prepilin type IV  34.23 
 
 		 177 aa  43.5  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000139077 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3759  peptidase A24A, prepilin type IV  31.3 
 
 		 147 aa  43.1  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.821613  normal  0.405362 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2321  peptidase A24A prepilin type IV  31.3 
 
 		 145 aa  42.4  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2801  putative prepilin peptidase transmembrane protein, CpaA like  35.29 
 
 		 166 aa  42.4  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.34679 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1698  peptidase A24A prepilin type IV  30.83 
 
 		 220 aa  42  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194935  normal  0.176249 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3082  peptidase A24A, prepilin type IV  31.53 
 
 		 204 aa  42  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0790  peptidase A24A, prepilin type IV  31.97 
 
 		 192 aa  41.6  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0304  peptidase A24A prepilin type IV  28.89 
 
 		 186 aa  40.8  0.01  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>