33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2374 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2374  hypothetical protein  100 
 
 		 191 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2010  peptidase A24A prepilin type IV  68.85 
 
 		 188 aa  249  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.516572  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7204  peptidase A24A, prepilin type IV  31.01 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.119785  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0790  peptidase A24A, prepilin type IV  28.74 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2546  peptidase A24A, prepilin type IV  28 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.190975  normal  0.0487377 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1308  type IV prepilin peptidase-like protein  30.86 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2957  peptidase A24A, prepilin type IV  30.86 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3082  peptidase A24A, prepilin type IV  31.45 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2265  peptidase, putative  29.63 
 
 		 179 aa  53.1  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1114  peptidase A24A, prepilin type IV  28.4 
 
 		 188 aa  52.4  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1491  peptidase A24A, prepilin type IV  28.04 
 
 		 187 aa  51.2  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1170  peptidase A24A prepilin type IV  29.94 
 
 		 189 aa  51.2  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000146911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1038  peptidase A24A, prepilin type IV  34.04 
 
 		 164 aa  48.9  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000360772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1518  peptidase A24A, prepilin type IV  34.04 
 
 		 164 aa  48.9  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000376133  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1494  peptidase A24A prepilin type IV  34.04 
 
 		 164 aa  48.9  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000768093  hitchhiker  0.0000106849 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5318  peptidase A24A prepilin type IV  23.84 
 
 		 178 aa  48.5  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.857567  hitchhiker  0.00150352 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2641  peptidase A24A, prepilin type IV  32.53 
 
 		 190 aa  47  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0545  prepilin peptidase CpaA  30.4 
 
 		 142 aa  46.2  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0512  peptidase A24A prepilin type IV  24.36 
 
 		 167 aa  46.2  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000304579  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3004  peptidase A24A prepilin type IV  29.61 
 
 		 151 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6375  peptidase A24A prepilin type IV  27.74 
 
 		 179 aa  45.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.942875  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5501  peptidase A24A, prepilin type IV  27.74 
 
 		 179 aa  45.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2480  peptidase A24A prepilin type IV  27.27 
 
 		 177 aa  45.8  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000139077 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4658  peptidase A24A, prepilin type IV  32.63 
 
 		 164 aa  45.8  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000621846  hitchhiker  0.00310528 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6787  peptidase A24A, prepilin type IV  27.74 
 
 		 179 aa  45.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.2471 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0550  peptidase A24A prepilin type IV  29.94 
 
 		 179 aa  45.4  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0796  peptidase A24A prepilin type IV  23.4 
 
 		 183 aa  44.3  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1819  peptidase A24A prepilin type IV  32.5 
 
 		 218 aa  44.7  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.554319  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1645  peptidase A24A, prepilin type IV  31.37 
 
 		 164 aa  43.5  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000134327  normal  0.272827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1517  peptidase A24A prepilin type IV  32.53 
 
 		 194 aa  42.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5993  peptidase A24A prepilin type IV  34.78 
 
 		 179 aa  41.6  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.363598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7226  peptidase A24A prepilin type IV  29.81 
 
 		 187 aa  42  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355125  normal  0.22284 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6289  peptidase A24A, prepilin type IV  35.87 
 
 		 180 aa  41.6  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00506337  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>