130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3566 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3566  hypothetical protein  100 
 
 		 409 aa  814    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00898441  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2589  type III effector Hrp-dependent protein  44.96 
 
 		 410 aa  279  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6106  hypothetical protein  42.15 
 
 		 432 aa  266  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0564  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  43.86 
 
 		 770 aa  260  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.432239 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1535  type III effector Hrp-dependent outers  40.87 
 
 		 425 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6294  type III effector Hrp-dependent outers  40.87 
 
 		 425 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830951  normal  0.498392 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6953  hypothetical protein  40.38 
 
 		 425 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.658716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5964  type III effector Hrp-dependent outers  39.81 
 
 		 427 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5836  hypothetical protein  41.47 
 
 		 419 aa  234  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.244996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4427  hypothetical protein  40.86 
 
 		 416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2623  type III effector Hrp-dependent outers  31.99 
 
 		 399 aa  132  7.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.687659  hitchhiker  0.00259914 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0726  Type III effector Hrp-dependent outers  32.22 
 
 		 430 aa  127  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00533743  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0128  hypothetical protein  31.55 
 
 		 427 aa  126  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0181  hypothetical protein  30.96 
 
 		 423 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00188424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0178  hypothetical protein  31.26 
 
 		 423 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00679678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0194  putative inner membrane protein  31.19 
 
 		 423 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0205992  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0177  putative inner membrane protein  31.26 
 
 		 423 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4366  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  32.75 
 
 		 721 aa  123  5e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1035  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  32.04 
 
 		 792 aa  119  7.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0691  type III effector Hrp-dependent outers  31.15 
 
 		 422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8126  type III effector Hrp-dependent outers  32.58 
 
 		 368 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302902  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3707  type III effector Hrp-dependent outers  29.28 
 
 		 439 aa  109  8.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000100596  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1466  type III effector Hrp-dependent outers  31.98 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2422  type III effector Hrp-dependent outers  29.75 
 
 		 381 aa  104  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.242091  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0648  type III effector Hrp-dependent outers  29.31 
 
 		 428 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0923  hypothetical protein  27.19 
 
 		 409 aa  99  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0306118  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3536  type III effector Hrp-dependent outers  28.77 
 
 		 442 aa  97.8  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0465  HopAN1 protein  28.57 
 
 		 429 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1158  hypothetical protein  29.82 
 
 		 382 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2989  hypothetical protein  33.43 
 
 		 390 aa  92  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.832553  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3263  type III effector Hrp-dependent outers  30.59 
 
 		 454 aa  91.3  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.197433  normal  0.0349209 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1633  type III effector Hrp-dependent outers  27.95 
 
 		 425 aa  90.1  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0471944  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8221  type III effector Hrp-dependent outers  29.2 
 
 		 399 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1102  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  30.3 
 
 		 788 aa  89.7  8e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4643  hypothetical protein  32.15 
 
 		 371 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0336698  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3980  hypothetical protein  28.75 
 
 		 353 aa  85.9  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5061  HopAN1 protein  28.13 
 
 		 404 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.819559  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2332  type III effector Hrp-dependent outers  27.59 
 
 		 416 aa  83.2  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.411817 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3378  hypothetical protein  30.05 
 
 		 262 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3142  Type III effector Hrp-dependent outers  28.77 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1143  hypothetical protein  28.37 
 
 		 374 aa  80.5  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359386  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2454  type III effector Hrp-dependent outers  31.25 
 
 		 440 aa  79.3  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4319  type III effector Hrp-dependent outers  28.64 
 
 		 426 aa  78.6  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.369903  normal  0.109983 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3499  type III effector Hrp-dependent outers  28.61 
 
 		 428 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.226955 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0452  type III effector Hrp-dependent outers  30.32 
 
 		 455 aa  78.6  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.869243  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6836  type III effector Hrp-dependent outers  26.51 
 
 		 432 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4551  type III effector Hrp-dependent outers  28.54 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0750  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  25.67 
 
 		 572 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4654  type III effector Hrp-dependent outers  28.92 
 
 		 422 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0582595  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4878  type III effector Hrp-dependent outers  26.81 
 
 		 427 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.289399  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0986  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  25.96 
 
 		 572 aa  75.9  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2460  type III effector Hrp-dependent outers  28.7 
 
 		 423 aa  75.1  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4424  type III effector Hrp-dependent outers  26.64 
 
 		 439 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5010  type III effector Hrp-dependent outers  27.83 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.447343  normal  0.232988 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5123  type III effector Hrp-dependent outers  27.62 
 
 		 433 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1856  type III effector Hrp-dependent outers  27.14 
 
 		 425 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5930  type III effector Hrp-dependent outers  26.44 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0013  secretion system component  23.06 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2153  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  25.96 
 
 		 572 aa  73.6  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.819052  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2899  hypothetical protein  29.26 
 
 		 396 aa  72.8  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328998  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5074  type III effector Hrp-dependent outers  26.68 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2087  type III effector Hrp-dependent outers  27.9 
 
 		 425 aa  71.6  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1426  Type III effector Hrp-dependent outers  27.38 
 
 		 432 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0125236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2624  type III effector Hrp-dependent outers  27.64 
 
 		 437 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.194247 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5306  type III effector Hrp-dependent outers  28.44 
 
 		 426 aa  71.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.795374 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1836  type III effector Hrp-dependent protein  26.21 
 
 		 422 aa  70.9  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0425276  normal  0.0754586 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3211  type III effector Hrp-dependent outers  27.14 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5156  type III effector Hrp-dependent outers  27.14 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.426256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6266  hypothetical protein  26 
 
 		 354 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0148  hypothetical protein  25.42 
 
 		 424 aa  68.9  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0133  hypothetical protein  25.42 
 
 		 424 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.875306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2810  type III effector Hrp-dependent outers  27.19 
 
 		 427 aa  68.6  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403245 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0524  hypothetical protein  20.65 
 
 		 388 aa  68.9  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000260703 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3122  YgbK domain protein  24.59 
 
 		 420 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.827819  normal  0.0402148 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3410  type III effector Hrp-dependent outers  27.49 
 
 		 437 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3038  YgbK domain protein  24.82 
 
 		 420 aa  67.4  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3067  YgbK domain protein  24.82 
 
 		 420 aa  66.6  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.836536  normal  0.565897 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3226  YgbK domain-containing protein  24.82 
 
 		 420 aa  66.6  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25801  hypothetical protein  27.68 
 
 		 480 aa  66.6  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2171  hypothetical protein  25.93 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.23795 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0117  type III effector Hrp-dependent outers  23.27 
 
 		 424 aa  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2550  type III effector Hrp-dependent outers  23.59 
 
 		 417 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.170607  normal  0.0125986 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0477  Type III effector Hrp-dependent outer proteins  25.06 
 
 		 433 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3476  hypothetical protein  24.2 
 
 		 441 aa  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.380975  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3106  YgbK domain-containing protein  24.82 
 
 		 420 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04751  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  25.24 
 
 		 418 aa  63.5  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1025  type III effector Hrp-dependent outers  26.75 
 
 		 426 aa  63.2  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2336  hypothetical protein  35.62 
 
 		 448 aa  62.8  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3383  type III effector Hrp-dependent outers  26.95 
 
 		 419 aa  62.4  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.672659 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3733  type III effector Hrp-dependent outers  25.75 
 
 		 437 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2486  type III effector Hrp-dependent outers  30.23 
 
 		 511 aa  61.6  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3502  type III effector Hrp-dependent outers  24.93 
 
 		 439 aa  61.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.780183  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2604  type III effector Hrp-dependent outers  24.93 
 
 		 439 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3179  type III effector Hrp-dependent outers  30.09 
 
 		 423 aa  60.5  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3034  YgbK domain-containing protein  24.52 
 
 		 420 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1132  type III effector Hrp-dependent outers  27.38 
 
 		 424 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669095  normal  0.332912 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2151  hypothetical protein  35.15 
 
 		 356 aa  59.3  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6443  hypothetical protein  26.12 
 
 		 353 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.235172 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3404  hypothetical protein  38.58 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1491  type III effector Hrp-dependent outers  24.03 
 
 		 420 aa  58.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>