130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4427 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4427  hypothetical protein  100 
 
 
416 aa  814    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3566  hypothetical protein  40.86 
 
 
409 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00898441  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2589  type III effector Hrp-dependent protein  40.79 
 
 
410 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6953  hypothetical protein  38.29 
 
 
425 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.658716  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1535  type III effector Hrp-dependent outers  38.69 
 
 
425 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6294  type III effector Hrp-dependent outers  38.69 
 
 
425 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830951  normal  0.498392 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5964  type III effector Hrp-dependent outers  35.85 
 
 
427 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6106  hypothetical protein  37.44 
 
 
432 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0564  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  38.07 
 
 
770 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.432239 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5836  hypothetical protein  35.29 
 
 
419 aa  154  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.244996  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2623  type III effector Hrp-dependent outers  35.21 
 
 
399 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.687659  hitchhiker  0.00259914 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4366  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  32.7 
 
 
721 aa  111  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0691  type III effector Hrp-dependent outers  28.2 
 
 
422 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0128  hypothetical protein  28.54 
 
 
427 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0726  Type III effector Hrp-dependent outers  30.07 
 
 
430 aa  99  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00533743  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1158  hypothetical protein  34.59 
 
 
382 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178249  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0178  hypothetical protein  26.76 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00679678  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0194  putative inner membrane protein  26.93 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0205992  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0177  putative inner membrane protein  26.76 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0181  hypothetical protein  26.76 
 
 
423 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00188424  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2422  type III effector Hrp-dependent outers  29.84 
 
 
381 aa  94  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.242091  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8126  type III effector Hrp-dependent outers  32.91 
 
 
368 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302902  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2332  type III effector Hrp-dependent outers  30.64 
 
 
416 aa  93.6  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.411817 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0648  type III effector Hrp-dependent outers  28.5 
 
 
428 aa  93.2  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1035  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  28.54 
 
 
792 aa  89.4  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3980  hypothetical protein  31.05 
 
 
353 aa  89.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0923  hypothetical protein  25.23 
 
 
409 aa  86.7  7e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0306118  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3263  type III effector Hrp-dependent outers  29.49 
 
 
454 aa  86.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.197433  normal  0.0349209 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1466  type III effector Hrp-dependent outers  32.54 
 
 
366 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8221  type III effector Hrp-dependent outers  28.61 
 
 
399 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1836  type III effector Hrp-dependent protein  28.64 
 
 
422 aa  77.4  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0425276  normal  0.0754586 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5930  type III effector Hrp-dependent outers  28.98 
 
 
436 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6836  type III effector Hrp-dependent outers  28.54 
 
 
432 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57785  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4654  type III effector Hrp-dependent outers  31.12 
 
 
422 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0582595  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0452  type III effector Hrp-dependent outers  29.3 
 
 
455 aa  74.7  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.869243  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2624  type III effector Hrp-dependent outers  32.24 
 
 
437 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.194247 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2171  hypothetical protein  30.62 
 
 
436 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.23795 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3034  YgbK domain-containing protein  26.59 
 
 
420 aa  73.2  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3142  Type III effector Hrp-dependent outers  28.64 
 
 
422 aa  72.8  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0013  secretion system component  25.12 
 
 
413 aa  72.8  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3499  type III effector Hrp-dependent outers  30.17 
 
 
428 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.226955 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1856  type III effector Hrp-dependent outers  28.71 
 
 
425 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1426  Type III effector Hrp-dependent outers  28.54 
 
 
432 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0125236  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1143  hypothetical protein  30.02 
 
 
374 aa  71.2  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359386  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3410  type III effector Hrp-dependent outers  29.01 
 
 
437 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0976  YgbK domain-containing protein  27.5 
 
 
447 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0986  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  25.49 
 
 
572 aa  70.9  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5306  type III effector Hrp-dependent outers  30.26 
 
 
426 aa  70.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.795374 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4424  type III effector Hrp-dependent outers  29.08 
 
 
439 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250365  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2550  type III effector Hrp-dependent outers  24.83 
 
 
417 aa  70.1  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.170607  normal  0.0125986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3733  type III effector Hrp-dependent outers  29.05 
 
 
437 aa  70.1  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2014  YgbK domain-containing protein  27.68 
 
 
455 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.423733  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3536  type III effector Hrp-dependent outers  24.94 
 
 
442 aa  69.3  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0891  hypothetical protein  27.5 
 
 
447 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0750  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  25 
 
 
572 aa  69.3  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2875  YgbK domain-containing protein  26.61 
 
 
420 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0975  type III effector Hrp-dependent outers  26.61 
 
 
420 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.847022  normal  0.745569 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02587  hypothetical protein  26.38 
 
 
420 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0576  hypothetical protein  27.43 
 
 
455 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0439  type III effector Hop protein  27.43 
 
 
455 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1921  hypothetical protein  27.43 
 
 
455 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282546  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1858  hypothetical protein  27.43 
 
 
463 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2460  type III effector Hrp-dependent outers  28.28 
 
 
423 aa  68.2  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1633  type III effector Hrp-dependent outers  25.42 
 
 
425 aa  68.2  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0471944  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3067  YgbK domain protein  26.79 
 
 
420 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.836536  normal  0.565897 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3226  YgbK domain-containing protein  26.79 
 
 
420 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3179  type III effector Hrp-dependent outers  32.38 
 
 
423 aa  67.4  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4319  type III effector Hrp-dependent outers  29.11 
 
 
426 aa  67  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.369903  normal  0.109983 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2087  type III effector Hrp-dependent outers  26.96 
 
 
425 aa  67.4  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3038  YgbK domain protein  26.67 
 
 
420 aa  67.4  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3707  type III effector Hrp-dependent outers  25.28 
 
 
439 aa  67  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000100596  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3122  YgbK domain protein  26.56 
 
 
420 aa  67  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.827819  normal  0.0402148 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0465  HopAN1 protein  28.6 
 
 
429 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5010  type III effector Hrp-dependent outers  28.21 
 
 
426 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.447343  normal  0.232988 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1102  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  28.73 
 
 
788 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3106  YgbK domain-containing protein  25.99 
 
 
420 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4551  type III effector Hrp-dependent outers  28.4 
 
 
432 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3378  hypothetical protein  25.36 
 
 
262 aa  64.3  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1132  type III effector Hrp-dependent outers  27.91 
 
 
424 aa  63.5  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669095  normal  0.332912 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6266  hypothetical protein  28.54 
 
 
354 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3211  type III effector Hrp-dependent outers  26.24 
 
 
433 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5156  type III effector Hrp-dependent outers  26.24 
 
 
433 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.426256  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2454  type III effector Hrp-dependent outers  29.74 
 
 
440 aa  62.4  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0148  hypothetical protein  25.86 
 
 
424 aa  61.6  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3476  hypothetical protein  26.06 
 
 
441 aa  61.6  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.380975  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2810  type III effector Hrp-dependent outers  27.18 
 
 
427 aa  62  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.403245 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5123  type III effector Hrp-dependent outers  26.24 
 
 
433 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6443  hypothetical protein  29.19 
 
 
353 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.235172 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0133  hypothetical protein  25.86 
 
 
424 aa  61.2  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.875306  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02552  hypothetical protein  25.98 
 
 
390 aa  60.1  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4878  type III effector Hrp-dependent outers  25.63 
 
 
427 aa  59.7  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.289399  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25801  hypothetical protein  28.34 
 
 
480 aa  59.7  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5074  type III effector Hrp-dependent outers  27.31 
 
 
432 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5061  HopAN1 protein  28.23 
 
 
404 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.819559  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2336  hypothetical protein  31.82 
 
 
448 aa  59.3  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0117  type III effector Hrp-dependent outers  25.84 
 
 
424 aa  59.3  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2153  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  23.13 
 
 
572 aa  59.7  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.819052  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0111  type III effector Hrp-dependent outers  25.89 
 
 
424 aa  59.7  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0477  Type III effector Hrp-dependent outer proteins  25.89 
 
 
433 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626893  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3021  type III effector Hrp-dependent outers  23.88 
 
 
438 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>