49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3404 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3404  hypothetical protein  100 
 
 		 365 aa  689    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3049  hypothetical protein  96.44 
 
 		 365 aa  636    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0679578 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6266  hypothetical protein  37.71 
 
 		 354 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3980  hypothetical protein  36.34 
 
 		 353 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6443  hypothetical protein  38.44 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.235172 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0726  Type III effector Hrp-dependent outers  27.55 
 
 		 430 aa  92.8  8e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00533743  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1158  hypothetical protein  34.81 
 
 		 382 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8126  type III effector Hrp-dependent outers  35.23 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302902  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4643  hypothetical protein  34.89 
 
 		 371 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0336698  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0128  hypothetical protein  28.64 
 
 		 427 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1466  type III effector Hrp-dependent outers  33.61 
 
 		 366 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0923  hypothetical protein  23.88 
 
 		 409 aa  75.5  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0306118  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8221  type III effector Hrp-dependent outers  30.17 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1143  hypothetical protein  32.9 
 
 		 374 aa  72.8  0.000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359386  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0564  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  30.77 
 
 		 770 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.432239 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2623  type III effector Hrp-dependent outers  31.46 
 
 		 399 aa  71.2  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.687659  hitchhiker  0.00259914 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4366  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  31.22 
 
 		 721 aa  69.7  0.00000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5964  type III effector Hrp-dependent outers  26.32 
 
 		 427 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2989  hypothetical protein  34.66 
 
 		 390 aa  68.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.832553  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6106  hypothetical protein  44.53 
 
 		 432 aa  62  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2422  type III effector Hrp-dependent outers  27.13 
 
 		 381 aa  60.1  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.242091  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3707  type III effector Hrp-dependent outers  25.58 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000100596  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0691  type III effector Hrp-dependent outers  27.27 
 
 		 422 aa  59.7  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0918  hypothetical protein  25.41 
 
 		 355 aa  58.2  0.0000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5836  hypothetical protein  41.46 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.244996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3566  hypothetical protein  38.58 
 
 		 409 aa  58.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00898441  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0648  type III effector Hrp-dependent outers  39.62 
 
 		 428 aa  57.8  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3536  type III effector Hrp-dependent outers  25.17 
 
 		 442 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4427  hypothetical protein  42.15 
 
 		 416 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2589  type III effector Hrp-dependent protein  37.5 
 
 		 410 aa  53.5  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3142  Type III effector Hrp-dependent outers  36.71 
 
 		 422 aa  51.6  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0181  hypothetical protein  31.82 
 
 		 423 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00188424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0177  putative inner membrane protein  31.82 
 
 		 423 aa  50.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0194  putative inner membrane protein  31.82 
 
 		 423 aa  50.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0205992  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0178  hypothetical protein  31.82 
 
 		 423 aa  50.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00679678  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2153  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  36.29 
 
 		 572 aa  50.4  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.819052  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0524  hypothetical protein  23.83 
 
 		 388 aa  50.1  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000260703 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0750  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  33.87 
 
 		 572 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1535  type III effector Hrp-dependent outers  35.71 
 
 		 425 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0986  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  32.35 
 
 		 572 aa  47.8  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6294  type III effector Hrp-dependent outers  35.71 
 
 		 425 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830951  normal  0.498392 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6953  hypothetical protein  35.71 
 
 		 425 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.658716  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0452  type III effector Hrp-dependent outers  30.6 
 
 		 455 aa  45.4  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.869243  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2332  type III effector Hrp-dependent outers  34.72 
 
 		 416 aa  45.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.411817 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4878  type III effector Hrp-dependent outers  33.33 
 
 		 427 aa  43.5  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.289399  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2460  type III effector Hrp-dependent outers  38.57 
 
 		 423 aa  43.5  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1552  hypothetical protein  36 
 
 		 418 aa  43.5  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.531117 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1458  hypothetical protein  30.38 
 
 		 434 aa  42.7  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.470793  normal  0.510032 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2748  hypothetical protein  30.38 
 
 		 434 aa  42.7  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.591939  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>