228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3352 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3352  ornithine cyclodeaminase  100 
 
 		 334 aa  646    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.568086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3546  ornithine cyclodeaminase  80.36 
 
 		 333 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3222  ornithine cyclodeaminase  80.06 
 
 		 333 aa  477  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3527  ornithine cyclodeaminase  57.27 
 
 		 322 aa  314  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3381  ornithine cyclodeaminase  56.27 
 
 		 330 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.67248  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1519  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  48.63 
 
 		 296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2927  ornithine cyclodeaminase  49.69 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0429  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  49.39 
 
 		 298 aa  245  8e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.702533 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2152  ornithine cyclodeaminase  47.26 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1338  ornithine cyclodeaminase  46.48 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.175069  decreased coverage  0.000124855 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4907  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  39.88 
 
 		 311 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.859869  normal  0.025837 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1509  ornithine cyclodeaminase  43.79 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.591483  normal  0.249154 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1291  ornithine cyclodeaminase  42.51 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1371  ornithine cyclodeaminase  42.51 
 
 		 317 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2543  ornithine cyclodeaminase  42.51 
 
 		 370 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0739347  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1290  ornithine cyclodeaminase  41.9 
 
 		 315 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0266  ornithine cyclodeaminase  41.9 
 
 		 315 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0536  ornithine cyclodeaminase  41.9 
 
 		 315 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1031  ornithine cyclodeaminase  41.9 
 
 		 315 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3343  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  35.94 
 
 		 305 aa  166  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0515229 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1765  ornithine cyclodeaminase/Mu-crystallin family protein  37.54 
 
 		 466 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00340839 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1457  ornithine cyclodeaminase  41.14 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4263  ornithine cyclodeaminase  37.2 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3400  ornithine cyclodeaminase  37.69 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.375473 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5997  ornithine cyclodeaminase  38.12 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4240  ornithine cyclodeaminase  37.19 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00241328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1663  ornithine cyclodeaminase  37.19 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037866  normal  0.0691504 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3766  ornithine cyclodeaminase  36.88 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.141989  normal  0.0546464 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4010  ornithine cyclodeaminase  36.88 
 
 		 325 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4357  ornithine cyclodeaminase  36.88 
 
 		 325 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.931863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1709  Ornithine cyclodeaminase  29.79 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  39.71 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  26.49 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  33.74 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1536  Ornithine cyclodeaminase  32.07 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3506  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  33.24 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639111  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3909  ornithine cyclodeaminase  34.66 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263994  normal  0.077542 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3024  ornithine cyclodeaminase  42.86 
 
 		 318 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  31.98 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0854  ornithine cyclodeaminase  28.53 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0902  ornithine cyclodeaminase  28.53 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.350786  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1004  ornithine cyclodeaminase  28.88 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0990  ornithine cyclodeaminase  28.53 
 
 		 325 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.7286400000000005e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0803  ornithine cyclodeaminase  28.74 
 
 		 325 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2867  ornithine cyclodeaminase  32.39 
 
 		 320 aa  91.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0801  ornithine cyclodeaminase  27.63 
 
 		 325 aa  91.7  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.272961  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0944  ornithine cyclodeaminase  28.44 
 
 		 325 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00286859  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1530  ornithine cyclodeaminase  30.31 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0391409  normal  0.275704 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1083  ornithine cyclodeaminase  27.63 
 
 		 325 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  28.35 
 
 		 325 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  28.62 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0899  ornithine cyclodeaminase  27.12 
 
 		 341 aa  86.7  6e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2120  hypothetical protein  27.78 
 
 		 323 aa  85.9  8e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4197  ornithine cyclodeaminase  31.18 
 
 		 314 aa  85.9  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2145  hypothetical protein  27.78 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3534  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  30.9 
 
 		 328 aa  85.9  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.492943  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2042  ornithine cyclodeaminase  27.54 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0800  ornithine cyclodeaminase  27.83 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0995  ornithine cyclodeaminase  27.03 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7814  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  33.65 
 
 		 348 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5760  ornithine cyclodeaminase  31.27 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.342244  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34775  predicted protein  29.18 
 
 		 346 aa  83.2  0.000000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3992  ornithine cyclodeaminase  32.52 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100495 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1799  ornithine cyclodeaminase  27.22 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0460  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  32.37 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.534041  normal  0.268997 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2173  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  27.22 
 
 		 346 aa  82.4  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2200  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  35.54 
 
 		 313 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5460  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  32.07 
 
 		 312 aa  80.5  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798228  normal  0.736679 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5996  ornithine cyclodeaminase  33.65 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.346178  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  29.06 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2503  ornithine cyclodeaminase  33.87 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.533208  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1353  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  27.51 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.693207  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1163  ornithine cyclodeaminase  28 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  29.49 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  28.9 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2670  ornithine cyclodeaminase  32.63 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4424  Ornithine cyclodeaminase  34.48 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3715  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.2 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.245475 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2024  ornithine cyclodeaminase  32.34 
 
 		 332 aa  75.9  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.263377 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4320  ornithine cyclodeaminase  32.54 
 
 		 315 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0244  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.21 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0626622  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3190  ornithine cyclodeaminase  35.29 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2675  ornithine cyclodeaminase  31.64 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.648145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2526  ornithine cyclodeaminase  35.29 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0910957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1715  ornithine cyclodeaminase  32.81 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1639  Ornithine cyclodeaminase  27.1 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7398  ornithine cyclodeaminase  28.52 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1455  ornithine cyclodeaminase  27.9 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6879  ornithine cyclodeaminase  28.74 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0318034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3883  ornithine cyclodeaminase  29.75 
 
 		 369 aa  71.6  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64850  ornithine cyclodeaminase  32.31 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4650  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  34.04 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  26.09 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  24.69 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1146  Ornithine cyclodeaminase  29.88 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3771  ornithine cyclodeaminase  31.72 
 
 		 365 aa  69.7  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2722  ectoine utilization protein EutC  32.78 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.667084  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3596  ornithine cyclodeaminase  29.55 
 
 		 328 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1185  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  30.51 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2955  ornithine cyclodeaminase  27.84 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0527705  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>