124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1343 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1343  hypothetical protein  100 
 
 		 301 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.358425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1219  diguanylate phosphodiesterase  82.45 
 
 		 294 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.223497 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1282  diguanylate phosphodiesterase  79.67 
 
 		 294 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.080295  normal  0.395871 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1374  diguanylate phosphodiesterase  56.06 
 
 		 275 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1972  hypothetical protein  57.94 
 
 		 280 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0506  diguanylate phosphodiesterase  32.96 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1393  EAL domain-containing protein  30.86 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2061  EAL domain-containing protein  30.74 
 
 		 306 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3233  EAL domain-containing protein  30.74 
 
 		 306 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0850  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 		 268 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2682  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 		 268 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3179  FOG EAL domain-containing protein  30.74 
 
 		 268 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3218  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 		 268 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.376001  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1927  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 		 268 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.475709  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2436  putative diguanylate phosphodiesterase  28.89 
 
 		 290 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2567  diguanylate phosphodiesterase  29.91 
 
 		 281 aa  92.8  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.412974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0333  diguanylate phosphodiesterase  30.22 
 
 		 267 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0816  diguanylate phosphodiesterase  30.22 
 
 		 267 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0785  diguanylate phosphodiesterase  30.22 
 
 		 267 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3909  diguanylate phosphodiesterase  30.53 
 
 		 267 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0778  putative diguanylate phosphodiesterase  31.21 
 
 		 289 aa  87  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0697  diguanylate phosphodiesterase  29.65 
 
 		 281 aa  86.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0713  diguanylate phosphodiesterase  29.78 
 
 		 267 aa  85.9  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3902  diguanylate phosphodiesterase  31.76 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0898  hypothetical protein  28.46 
 
 		 284 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.701847  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4127  EAL  27.6 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  26.61 
 
 		 419 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 572 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.18 
 
 		 584 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 		 583 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  26.18 
 
 		 584 aa  64.7  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 		 590 aa  63.9  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.68 
 
 		 584 aa  63.9  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.8 
 
 		 599 aa  63.5  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.6 
 
 		 583 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  27.62 
 
 		 352 aa  63.2  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.74 
 
 		 585 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.74 
 
 		 585 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.74 
 
 		 585 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  23.11 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.74 
 
 		 585 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  25.41 
 
 		 584 aa  60.8  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.37 
 
 		 581 aa  59.7  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.3 
 
 		 633 aa  59.3  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.97 
 
 		 786 aa  58.5  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  24.43 
 
 		 427 aa  58.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  24.69 
 
 		 356 aa  57.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  27.72 
 
 		 590 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  26.55 
 
 		 592 aa  56.2  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.3 
 
 		 883 aa  56.2  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  26.42 
 
 		 515 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  26.23 
 
 		 429 aa  55.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.74 
 
 		 605 aa  55.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  26.23 
 
 		 464 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  26.23 
 
 		 464 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.41 
 
 		 590 aa  55.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  25.31 
 
 		 428 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  25.31 
 
 		 428 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  27.04 
 
 		 423 aa  54.7  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 		 306 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  25.31 
 
 		 428 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.69 
 
 		 734 aa  53.9  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  24.9 
 
 		 428 aa  53.5  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  24.79 
 
 		 428 aa  52.8  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  26.41 
 
 		 357 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  24.79 
 
 		 428 aa  52.8  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  25.88 
 
 		 379 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.38 
 
 		 596 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  25.37 
 
 		 197 aa  51.6  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  30.67 
 
 		 357 aa  52.4  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  23.77 
 
 		 424 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  23.77 
 
 		 422 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  23.77 
 
 		 422 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 		 580 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  27.91 
 
 		 601 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  25.23 
 
 		 409 aa  50.8  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  26.59 
 
 		 590 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  25.11 
 
 		 424 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  19.84 
 
 		 362 aa  50.1  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  23.77 
 
 		 424 aa  50.1  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  28.38 
 
 		 371 aa  50.1  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.41 
 
 		 632 aa  49.7  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  19.84 
 
 		 360 aa  49.7  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.2 
 
 		 584 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  23.36 
 
 		 424 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  22.98 
 
 		 263 aa  48.9  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  26.8 
 
 		 367 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.15 
 
 		 790 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  23.36 
 
 		 422 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  23.36 
 
 		 422 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  24.18 
 
 		 424 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  26.05 
 
 		 425 aa  47.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  22.43 
 
 		 424 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  22.79 
 
 		 424 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  22.43 
 
 		 424 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.06 
 
 		 797 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  26.07 
 
 		 416 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  22.43 
 
 		 424 aa  47.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  22.43 
 
 		 424 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  22.79 
 
 		 424 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>