116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1374 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1374  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 275 aa  553  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1972  hypothetical protein  81.82 
 
 		 280 aa  432  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1343  hypothetical protein  56.06 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.358425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1219  diguanylate phosphodiesterase  55.81 
 
 		 294 aa  269  4e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.223497 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1282  diguanylate phosphodiesterase  54.79 
 
 		 294 aa  267  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.080295  normal  0.395871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0506  diguanylate phosphodiesterase  38.85 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3909  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 267 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0697  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 281 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0333  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 267 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0816  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 267 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0785  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 267 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0713  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 267 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1393  EAL domain-containing protein  32.34 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2567  diguanylate phosphodiesterase  37.21 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.412974  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2061  EAL domain-containing protein  31.84 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3233  EAL domain-containing protein  31.84 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0850  cyclic diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2682  cyclic diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3179  FOG EAL domain-containing protein  31.84 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3218  cyclic diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.376001  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1927  cyclic diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.475709  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0778  putative diguanylate phosphodiesterase  31.43 
 
 		 289 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3902  diguanylate phosphodiesterase  35.88 
 
 		 303 aa  92.8  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2436  putative diguanylate phosphodiesterase  31.52 
 
 		 290 aa  89.4  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  29.82 
 
 		 419 aa  77  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4127  EAL  28.38 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0898  hypothetical protein  27 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.701847  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  29.17 
 
 		 424 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  29.17 
 
 		 424 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  34.04 
 
 		 411 aa  66.2  0.0000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  29.17 
 
 		 424 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  27.59 
 
 		 427 aa  65.5  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  29.86 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  29.86 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  29.86 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  27.98 
 
 		 424 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  27.98 
 
 		 422 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  27.98 
 
 		 422 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  29.86 
 
 		 424 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  27.98 
 
 		 424 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.02 
 
 		 599 aa  62.8  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  27.38 
 
 		 424 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  27.38 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  27.38 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  29.86 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  29.86 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  29.86 
 
 		 428 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  24.27 
 
 		 428 aa  59.7  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  29.17 
 
 		 428 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  25.31 
 
 		 403 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  26.5 
 
 		 291 aa  58.9  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  25.31 
 
 		 427 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  25.33 
 
 		 427 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  25.31 
 
 		 403 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  29.5 
 
 		 428 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  29.5 
 
 		 428 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  25 
 
 		 474 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  25 
 
 		 474 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  25 
 
 		 482 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  30.72 
 
 		 423 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  26.32 
 
 		 441 aa  55.1  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  28.86 
 
 		 429 aa  53.5  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  26.72 
 
 		 356 aa  53.5  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  25.86 
 
 		 246 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  25.86 
 
 		 246 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.89 
 
 		 613 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  26.96 
 
 		 306 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  27.95 
 
 		 265 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  27.27 
 
 		 357 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  27.24 
 
 		 283 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.08 
 
 		 585 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  26.97 
 
 		 224 aa  50.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  26.96 
 
 		 379 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.33 
 
 		 584 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  28.93 
 
 		 197 aa  49.7  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.67 
 
 		 585 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.67 
 
 		 585 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  27.81 
 
 		 422 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  26.69 
 
 		 265 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  27.98 
 
 		 424 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  27.5 
 
 		 436 aa  48.9  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  27.24 
 
 		 367 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.7 
 
 		 883 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  27.52 
 
 		 515 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  27.52 
 
 		 464 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  27.52 
 
 		 464 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.27 
 
 		 585 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  27.5 
 
 		 436 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  27.59 
 
 		 424 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.78 
 
 		 596 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  27.81 
 
 		 425 aa  47.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.49 
 
 		 583 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  25.22 
 
 		 248 aa  47  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.05 
 
 		 584 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  25.11 
 
 		 249 aa  47.4  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.58 
 
 		 584 aa  47  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  27.68 
 
 		 582 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  27.27 
 
 		 259 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  23.58 
 
 		 260 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  32.04 
 
 		 361 aa  46.6  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>