129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1282 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1282  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 294 aa  592  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.080295  normal  0.395871 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1219  diguanylate phosphodiesterase  94.56 
 
 		 294 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.223497 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1343  hypothetical protein  79.67 
 
 		 301 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.358425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1972  hypothetical protein  57.14 
 
 		 280 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1374  diguanylate phosphodiesterase  54.79 
 
 		 275 aa  267  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0506  diguanylate phosphodiesterase  35.12 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1393  EAL domain-containing protein  32.91 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2061  EAL domain-containing protein  32.44 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3233  EAL domain-containing protein  32.44 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0850  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2682  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3179  FOG EAL domain-containing protein  32.44 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3218  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.376001  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1927  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.475709  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2567  diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 		 281 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.412974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3909  diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0333  diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 		 267 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0816  diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 		 267 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0785  diguanylate phosphodiesterase  31.56 
 
 		 267 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0697  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 		 281 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0713  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 		 267 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2436  putative diguanylate phosphodiesterase  30.73 
 
 		 290 aa  97.1  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0778  putative diguanylate phosphodiesterase  28.88 
 
 		 289 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3902  diguanylate phosphodiesterase  31.79 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0898  hypothetical protein  29.3 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.701847  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4127  EAL  27.57 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.07 
 
 		 590 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  26.03 
 
 		 584 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.86 
 
 		 572 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  30.94 
 
 		 419 aa  72  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.12 
 
 		 584 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.66 
 
 		 581 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  25.58 
 
 		 584 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.12 
 
 		 583 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.12 
 
 		 584 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.03 
 
 		 599 aa  67  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 		 580 aa  67  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.12 
 
 		 585 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.12 
 
 		 585 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.12 
 
 		 585 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.05 
 
 		 583 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.12 
 
 		 585 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.86 
 
 		 590 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.9 
 
 		 734 aa  63.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  28.26 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  25.17 
 
 		 427 aa  63.2  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  21.71 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  26.91 
 
 		 352 aa  60.5  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.39 
 
 		 633 aa  60.5  0.00000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 		 786 aa  60.5  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  27.63 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  26.24 
 
 		 409 aa  57.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  27.24 
 
 		 357 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  27.34 
 
 		 590 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  26.17 
 
 		 367 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.09 
 
 		 596 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  26.77 
 
 		 379 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  26.05 
 
 		 590 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.92 
 
 		 632 aa  56.2  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.49 
 
 		 584 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.35 
 
 		 883 aa  55.8  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  30.81 
 
 		 428 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  28.17 
 
 		 601 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  30.81 
 
 		 428 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000218  diguanylate phosphodiesterase  26.74 
 
 		 272 aa  55.5  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  30.81 
 
 		 428 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 		 428 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  26.97 
 
 		 592 aa  53.5  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34930  EAL domain protein, diguanylate phosphodiesterase  29.55 
 
 		 244 aa  52.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.430857  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  28.83 
 
 		 423 aa  52.8  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  22.98 
 
 		 263 aa  51.6  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  25.7 
 
 		 272 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  27.87 
 
 		 371 aa  51.2  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  29.65 
 
 		 429 aa  50.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.53 
 
 		 612 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  25.7 
 
 		 421 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  27.56 
 
 		 423 aa  50.8  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  27.11 
 
 		 426 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.5 
 
 		 790 aa  50.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  26.95 
 
 		 582 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0662  putative signaling protein  22.31 
 
 		 266 aa  50.4  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260634  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  30 
 
 		 426 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  30 
 
 		 426 aa  50.4  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.62 
 
 		 797 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  24.78 
 
 		 424 aa  49.7  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.6 
 
 		 605 aa  49.7  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  24.78 
 
 		 422 aa  49.7  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  24.78 
 
 		 422 aa  49.7  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.07 
 
 		 464 aa  49.3  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.48 
 
 		 611 aa  49.3  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  29.22 
 
 		 515 aa  49.3  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.07 
 
 		 464 aa  49.3  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  29.41 
 
 		 447 aa  49.3  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  24.78 
 
 		 424 aa  48.9  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.4 
 
 		 612 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  20.54 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  22.43 
 
 		 356 aa  48.1  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  28.82 
 
 		 426 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  26.96 
 
 		 416 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  21.92 
 
 		 413 aa  47.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>