More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05954 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  100 
 
 		 272 aa  568  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000218  diguanylate phosphodiesterase  76.47 
 
 		 272 aa  448  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0662  putative signaling protein  40.82 
 
 		 266 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260634  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0470  hypothetical protein  44.11 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129901  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000198  EAL domain protein  41.18 
 
 		 262 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000396049  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  33.07 
 
 		 426 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 		 423 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 		 428 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 		 428 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 		 428 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 		 423 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  29.71 
 
 		 427 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 		 428 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 		 428 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  32.65 
 
 		 447 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  34.29 
 
 		 421 aa  125  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 		 428 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  31.02 
 
 		 403 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 		 464 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  32.52 
 
 		 426 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 		 464 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  36.52 
 
 		 515 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  30.8 
 
 		 403 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  32.24 
 
 		 426 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  32.24 
 
 		 426 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  33.75 
 
 		 426 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  36.36 
 
 		 429 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  30.43 
 
 		 446 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  32.79 
 
 		 428 aa  117  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  31.49 
 
 		 474 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  31.49 
 
 		 482 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  31.49 
 
 		 474 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.88 
 
 		 790 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  34.02 
 
 		 425 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  29.57 
 
 		 427 aa  116  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  30.43 
 
 		 440 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  35.32 
 
 		 429 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.22 
 
 		 773 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  33.61 
 
 		 422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  34.05 
 
 		 427 aa  113  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.8 
 
 		 581 aa  113  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  31.7 
 
 		 424 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.9 
 
 		 780 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 		 777 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  32.79 
 
 		 424 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  34.35 
 
 		 428 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.9 
 
 		 584 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.49 
 
 		 585 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.49 
 
 		 585 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.49 
 
 		 585 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.49 
 
 		 585 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.42 
 
 		 590 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.38 
 
 		 584 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 		 583 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 		 419 aa  104  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 		 584 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 		 583 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.99 
 
 		 580 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 411 aa  104  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  33.33 
 
 		 799 aa  103  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 		 572 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.39 
 
 		 584 aa  102  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.91 
 
 		 786 aa  101  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  29.18 
 
 		 414 aa  99.4  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  31.73 
 
 		 441 aa  98.6  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05928  hypothetical protein  40.28 
 
 		 171 aa  98.6  9e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  30.77 
 
 		 422 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  30.77 
 
 		 424 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0320  putative membrane associated signaling protein  31.67 
 
 		 531 aa  97.8  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.938948  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 		 422 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  30.77 
 
 		 424 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  29.72 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.36 
 
 		 422 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  30.36 
 
 		 422 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  30.36 
 
 		 424 aa  95.9  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.93 
 
 		 576 aa  95.9  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.77 
 
 		 528 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  30 
 
 		 528 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  30 
 
 		 528 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  30 
 
 		 528 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  30 
 
 		 528 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30 
 
 		 528 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30 
 
 		 528 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.23 
 
 		 409 aa  95.5  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003636  sensory box/GGDEF family protein  31.03 
 
 		 719 aa  95.5  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30 
 
 		 528 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.86 
 
 		 596 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  28.14 
 
 		 534 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  31.93 
 
 		 424 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  28.14 
 
 		 534 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  28.14 
 
 		 534 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  31.93 
 
 		 424 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  31.54 
 
 		 431 aa  94  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5086  diguanylate phosphodiesterase  28.09 
 
 		 546 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 		 936 aa  92.8  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 		 797 aa  93.2  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  26.92 
 
 		 522 aa  92.4  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5159  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.88 
 
 		 750 aa  92.4  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0655785  normal  0.0151156 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  29.72 
 
 		 379 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3036  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.86 
 
 		 758 aa  92  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.830853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>